Table showing results for December 2022

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	3J5Q	5776	2022-12-18	2013-10-28	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18556	2448	8	0	44	0	292	logfile
✔	3J7H	5995	2022-12-18	2014-06-30	3.2	2.58	3.45	3.4	0.005	1.17	0.0	0.06	17.98	0.01	1.085	133.11	12.24	2.5	97.4	0.2	2.39	0.77	0.79	2.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32828	4088	8	0	4	0	0	logfile
✘	6PP7	20421	2022-12-18	2019-07-05	4.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32499	2081	13	0	25	0	16296	logfile
✘	6BAJ	7074	2022-12-18	2017-10-13	3.2	3.67	—	3.6	0.008	1.40	0.0	0.06	15.64	0.01	2.131	6.76	1.74	6.6	93.0	0.4	-4.66	0.60	0.79	3.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24318	3042	7	0	42	1	0	logfile
✘	5TV4	8469	2022-12-18	2016-11-08	4.2	4.13	—	4.0	0.008	1.22	0.0	0.06	12.84	0.01	1.248	46.46	0.48	13.1	86.2	0.7	-5.82	0.48	0.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6548	1140	5	0	17	0	0	logfile
✘	5ZJi	6932	2022-12-21	2018-03-20	3.3	3.39	—	3.4	0.012	1.48	0.0	0.11	16.64	0.01	1.204	8.01	0.45	6.4	93.6	0.0	-3.56	0.68	0.84	3.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	44708	4087	40	0	271	0	0	logfile
✔	6E8G	9005	2022-12-19	2018-07-29	2.9	3.09	2.96	3.0	0.006	0.89	0.0	0.05	10.62	0.01	2.201	2.53	0.34	0.9	99.1	0.0	-1.52	0.59	0.84	2.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	97272	12276	72	0	0	0	0	logfile
✘	6NT4	0501	2022-12-18	2019-01-28	3.5	4.11	3.77	4.0	0.008	1.07	1.0	0.53	14.99	0.00	1.184	12.03	0.64	12.9	86.7	0.4	-4.72	0.51	0.76	1.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11924	1406	5	0	20	0	0	logfile
✘	6CNA	7529	2022-12-18	2018-03-07	4.6	5.89	—	5.8	0.006	0.91	0.0	0.05	10.19	0.01	2.021	26.65	0.00	9.7	90.1	0.3	-4.80	0.57	0.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21426	3160	14	0	22	0	0	logfile
✘	6MCC	9067	2022-12-18	2018-08-31	3.9	4.31	—	4.2	0.006	1.04	0.0	0.15	14.86	0.01	2.290	6.05	1.08	8.5	91.5	0.0	-4.52	0.79	0.81	1.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14175	1494	3	115	1	0	0	logfile
✘	3JC7	6536	2022-12-20	2015-11-24	4.8	5.23	—	4.8	0.009	1.57	7.0	0.07	12.16	0.01	0.163	42.96	0.45	8.5	90.1	1.3	-4.10	0.75	0.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40298	5075	12	0	1	0	0	logfile
✔	3JBX	6487	2022-12-18	2015-10-22	3.4	3.51	—	3.6	0.006	1.24	1.0	0.05	21.13	0.01	1.816	16.87	11.74	6.1	93.8	0.1	-3.11	0.75	0.80	2.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16670	1802	14	116	6	0	0	logfile
✘	6oRQ	20178	2022-12-18	2019-04-30	4.4	4.71	4.38	4.5	0.007	1.26	0.0	0.07	12.59	0.01	2.039	6.79	1.04	16.3	83.4	0.3	-4.97	0.65	0.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20176	2430	40	0	83	0	0	logfile
✘	5WPV	8883	2022-12-18	2017-08-07	3.59	3.68	—	3.7	0.006	0.90	0.0	0.05	10.97	0.01	2.329	2.80	0.18	3.7	96.3	0.0	-4.61	0.62	0.81	2.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14889	1816	9	0	9	0	0	logfile
✘	6FBS	4225	2022-12-18	2017-12-19	3.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-4.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13421	1665	5	8	3	0	0	logfile
✘	6PR5	20457	2022-12-18	2019-07-10	3.3	3.71	—	3.6	0.008	0.78	0.0	0.05	22.82	0.00	1.963	13.80	0.71	1.4	98.3	0.3	-3.27	0.76	0.82	2.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10194	960	10	124	6	0	0	logfile
✘	6JEo	9807	2022-12-19	2019-02-06	3.3	3.44	—	3.4	0.009	1.14	0.0	0.06	18.11	0.02	1.212	7.53	0.24	4.8	95.2	0.0	-5.26	0.73	0.81	4.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	94576	8774	88	0	504	0	0	logfile
✘	5GJW	9515	2022-12-18	2016-07-02	3.9	4.02	—	4.0	0.011	1.50	20.0	0.08	11.50	0.01	1.844	12.84	1.50	12.8	85.5	1.7	-5.28	0.55	0.80	1.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21561	2676	14	0	29	0	0	logfile
✘	5A7U	3079	2022-12-18	2015-07-10	4.8	3.82	—	4.6	0.020	3.41	3.0	0.25	21.78	0.08	2.651	30.77	25.00	24.0	72.0	4.0	-6.05	-0.01	0.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	455	27	1	0	1	0	231	logfile
✘	6N7R	0361	2022-12-19	2018-11-28	3.2	3.34	—	3.3	0.017	1.37	6.0	0.08	15.58	0.01	1.205	6.64	4.50	4.8	94.8	0.4	-2.74	0.75	0.84	3.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35750	2908	19	568	91	0	0	logfile

• ← previous
• Page 4 of 443
• next →