Table showing results for May 2022

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7AGG	11779	2022-05-12	2020-09-22	3.3	3.68	—	3.6	0.007	0.79	0.0	0.05	13.16	0.01	1.980	6.95	0.00	4.2	95.8	0.0	-1.18	0.83	0.80	3.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8252	1056	5	0	0	0	0	logfile
✘	6X17	21991	2022-05-13	2020-05-18	3.66	3.75	—	3.7	0.007	1.05	0.0	0.05	15.45	0.01	2.284	4.19	0.00	3.4	96.6	0.0	-3.74	0.64	0.85	2.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9390	1245	9	0	3	3	0	logfile
✘	6YEF	10791	2022-05-18	2020-03-24	3.2	3.11	—	3.1	0.007	0.89	1.0	0.04	15.63	0.02	1.232	3.08	1.06	4.2	95.8	0.0	-4.14	0.67	0.77	3.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	141837	5351	60	4639	288	0	0	logfile
✘	6ZVJ	11458	2022-05-13	2020-07-24	3.8	3.00	—	3.1	0.010	1.33	7.0	0.07	17.39	0.01	1.731	5.51	1.39	0.2	99.8	0.0	-4.19	0.59	0.64	1.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	115020	10127	55	1720	9	0	0	logfile
✘	6VVY	21407	2022-05-16	2020-02-18	3.42	4.20	—	3.8	0.007	0.87	1.0	0.05	19.81	0.01	1.180	6.21	4.85	7.6	92.3	0.1	-3.95	0.90	0.87	1.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30033	3516	12	130	4	0	0	logfile
✘	6WLW	21844	2022-05-14	2020-04-20	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22145	2749	35	0	61	0	0	logfile
✘	6oPo	20151	2022-05-14	2019-04-25	3.5	3.84	3.60	3.7	0.022	1.75	0.0	0.10	10.56	0.01	2.392	1.09	0.41	1.8	98.0	0.2	1.10	0.77	0.82	2.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21441	2565	51	0	93	0	0	logfile
✘	7LUM	23522	2022-05-13	2021-02-22	4.5	4.68	—	4.6	0.007	0.85	0.0	0.05	14.02	0.00	1.970	26.31	0.00	7.5	92.3	0.2	-0.70	0.79	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	63978	8374	16	0	0	0	0	logfile
✘	6TRC	10558	2022-05-15	2019-12-18	2.98	3.06	—	3.1	0.010	1.16	0.0	0.07	19.32	0.02	1.220	9.53	1.42	7.9	92.1	0.0	-3.92	0.71	0.79	3.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	75591	6849	99	0	402	651	0	logfile
✘	7AHQ	11790	2022-05-13	2020-09-25	3.6	4.20	3.44	3.7	0.011	1.08	0.0	0.07	14.40	0.01	1.179	8.04	0.00	2.5	97.5	0.0	-2.65	0.77	0.82	2.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15055	1855	10	0	20	0	0	logfile
✘	6TRA	10557	2022-05-15	2019-12-18	2.85	3.02	—	3.0	0.006	0.96	0.0	0.04	18.82	0.02	1.225	8.56	0.05	4.7	95.3	0.0	-3.41	0.73	0.83	4.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25197	2283	33	0	134	217	0	logfile
✘	7CKR	30391	2022-05-12	2020-07-18	3.0	3.32	—	3.4	0.009	1.22	9.0	0.09	17.22	0.01	1.896	18.22	11.04	8.0	91.9	0.2	-2.89	0.45	0.60	2.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4094	597	3	0	1	0	0	logfile
✘	6XZP	10664	2022-05-14	2020-02-05	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7JTK	22475	2022-05-15	2020-08-17	3.2	3.51	—	3.2	0.005	0.75	2.0	0.05	13.43	0.00	1.951	9.36	0.51	3.2	96.8	0.0	-0.30	0.80	0.74	2.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72807	9482	43	0	38	0	0	logfile
✘	7ND4	12275	2022-05-16	2021-01-30	3.6	3.31	—	3.2	0.003	0.58	3.0	0.05	11.05	0.00	2.233	3.89	0.28	4.1	95.6	0.2	-0.12	0.74	0.79	2.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29848	3729	30	0	71	0	0	logfile
✘	7D99	30617	2022-05-13	2020-10-12	2.9	3.02	—	3.1	0.009	1.09	0.0	0.06	9.63	0.01	2.187	2.92	0.41	4.7	95.1	0.1	-5.36	0.71	0.85	3.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13800	1782	8	0	14	0	0	logfile
✘	7KY6	23069	2022-05-13	2020-12-07	3.1	3.28	—	3.2	0.006	0.68	0.0	0.04	17.68	0.00	2.092	12.88	7.34	6.9	92.9	0.2	-2.79	0.69	0.85	2.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10729	1322	7	0	10	0	0	logfile
✘	6XZR	10666	2022-05-14	2020-02-05	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7JRo	22447	2022-05-13	2020-08-12	3.8	3.86	3.82	3.9	0.009	1.03	0.0	0.05	15.90	0.01	1.282	14.56	0.08	9.2	90.8	0.1	-0.46	0.61	0.85	2.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12747	1492	17	0	26	0	0	logfile
✔	6X64	22069	2022-05-14	2020-05-27	3.7	4.01	—	3.7	0.008	1.34	0.0	0.05	9.32	0.01	2.584	0.78	0.00	0.0	0.0	0.0	—	0.68	0.84	—	3.7	0.009	1.23	0.0	0.05	5.42	0.00	2.111	10.24	0.00	0.0	0.0	0.0	—	2.35	0.69	0.86	—	15840	0	36	0	3168	0	0	logfile

• ← previous
• Page 4 of 376
• next →