Table showing results for February 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6UXA	20931	2023-02-19	2019-11-07	4.5	5.05	—	6.0	0.005	0.77	0.0	0.06	4.56	0.00	2.628	0.00	0.00	3.8	96.2	0.0	-2.56	0.71	0.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10344	2104	8	0	0	0	0	logfile
✘	6XP5	22284	2023-02-23	2020-07-08	4.2	4.73	—	4.3	0.004	0.90	0.0	0.05	14.32	0.00	2.131	14.85	0.27	15.9	83.2	0.9	-5.23	0.79	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21065	2707	15	0	221	0	0	logfile
✘	8GWN	34317	2023-02-24	2022-09-17	3.38	3.97	3.47	3.7	0.015	1.23	0.0	0.06	18.41	0.01	1.979	38.61	14.07	23.5	75.0	1.5	-6.16	0.86	0.83	1.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21860	2655	12	52	9	0	0	logfile
✘	8AVV	15684	2023-02-18	2022-08-27	3.4	3.53	3.39	3.5	0.008	1.38	0.0	0.08	18.27	0.01	2.580	1.80	5.03	4.7	95.1	0.2	-3.08	0.76	0.87	2.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7794	1010	4	0	2	0	0	logfile
✘	6RDZ	4836	2023-02-21	2019-04-12	3.5	3.36	—	3.4	0.009	0.96	1.0	0.06	14.94	0.01	1.846	6.04	0.43	5.4	94.4	0.2	-4.22	0.69	0.82	2.47	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53720	7099	37	0	11	0	0	logfile
✘	6ZZX	11588	2023-02-22	2020-08-05	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	56369	4684	68	0	403	99	0	logfile
✘	7KJ2	22891	2023-02-26	2020-10-25	3.6	3.68	—	3.6	0.013	1.80	11.0	0.14	13.76	0.01	1.596	6.81	1.69	6.4	93.1	0.5	-2.22	0.69	0.71	2.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28560	3502	25	0	70	0	0	logfile
✘	7KHR	22880	2023-02-23	2020-10-21	3.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	61913	8212	44	0	36	0	0	logfile
✘	7JRo	22447	2023-02-20	2020-08-12	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12747	1492	17	0	26	0	0	logfile
✘	6WC9	21603	2023-02-20	2020-03-30	2.64	2.43	—	2.6	0.006	0.54	0.0	0.04	15.75	0.00	1.949	3.96	2.10	3.9	96.1	0.0	-0.42	0.53	0.77	3.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11713	734	6	0	7	106	5904	logfile
✘	6QC5	4497	2023-02-24	2018-12-26	4.3	4.44	4.37	4.3	0.009	1.29	0.0	1.03	11.80	0.01	2.162	8.02	0.72	12.3	87.5	0.2	-4.12	0.64	0.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	65691	8136	57	0	16	0	0	logfile
✘	7T9i	25758	2023-02-24	2021-12-19	2.9	2.43	—	1.9	0.005	0.91	1.0	0.05	12.72	0.01	2.016	3.30	0.62	3.6	96.4	0.0	-0.16	0.69	0.63	2.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23529	1532	11	0	8	0	11557	logfile
✘	6ZZY	11589	2023-02-22	2020-08-05	3.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	54609	4594	44	0	379	0	0	logfile
✘	7UT6	26756	2023-02-22	2022-04-26	1.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16442	1998	12	0	8	415	0	logfile
✘	7JZM	22533	2023-02-16	2020-09-02	3.5	3.74	3.50	3.7	0.015	1.37	0.0	0.08	9.25	0.01	2.420	1.01	0.00	2.0	98.0	0.0	0.75	0.75	0.78	4.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2033	258	3	0	3	0	0	logfile
✘	3A5X	1641	2023-02-17	2009-08-13	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-4.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3616	494	1	0	0	0	0	logfile
✘	6XXD	10647	2023-02-21	2020-01-27	3.22	2.31	—	3.1	0.007	1.05	0.0	0.06	11.45	0.00	2.647	2.40	0.00	5.7	94.3	0.0	-2.51	0.70	0.68	2.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14896	2000	16	0	0	0	0	logfile
✘	6XXE	10648	2023-02-20	2020-01-27	3.49	2.31	—	3.3	0.007	1.09	0.0	0.06	11.82	0.00	2.471	6.11	2.27	11.0	89.0	0.0	-4.99	0.62	0.57	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12816	1776	16	0	0	0	0	logfile
✘	7ELA	31178	2023-02-20	2021-04-09	3.4	3.44	—	3.4	0.003	0.57	0.0	0.04	15.25	0.00	2.153	11.82	2.79	7.9	92.1	0.0	-2.61	0.72	0.78	2.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11791	1451	5	7	3	0	0	logfile
✘	6RoH	4972	2023-02-20	2019-05-13	2.8	2.94	2.83	2.9	0.006	0.88	0.0	0.05	13.67	0.01	1.709	4.00	0.23	3.4	96.6	0.0	-4.73	0.68	0.79	3.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11758	1449	7	0	9	2	0	logfile

• ← previous
• Page 4 of 353
• next →