Table showing results for July 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6ZWo	11492	2023-07-12	2020-07-28	3.0	3.30	3.09	3.2	0.004	0.58	0.0	0.04	14.53	0.00	2.167	6.24	1.26	3.7	96.3	0.0	-2.70	0.70	0.84	1.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24994	3126	7	0	5	0	0	logfile
✘	8DJK	27460	2023-07-04	2022-06-30	3.33	3.77	3.32	3.7	0.029	1.52	1.0	1.03	15.27	0.01	1.327	7.25	0.82	5.0	95.0	0.0	-1.84	0.48	0.73	2.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7091	870	7	0	8	0	0	logfile
✘	7JN3	22400	2023-07-08	2020-08-03	3.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15666	1807	14	68	8	0	0	logfile
✘	7XVE	33484	2023-07-07	2022-05-21	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13659	1569	8	0	42	0	0	logfile
✘	8F6C	28879	2023-07-09	2022-11-16	3.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19344	2396	12	0	12	0	0	logfile
✘	7UB5	26435	2023-07-11	2022-03-14	3.35	3.64	3.34	3.5	0.004	0.67	0.0	0.05	13.29	0.01	2.287	3.61	0.00	3.5	96.5	0.0	-0.85	0.85	0.87	3.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24923	3104	16	0	47	0	0	logfile
✘	7CUQ	30474	2023-07-05	2020-08-24	2.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9834	1199	6	0	9	0	0	logfile
✘	8GWA	34307	2023-07-17	2022-09-16	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37660	4006	27	0	160	0	0	logfile
✘	6YP7	10865	2023-07-11	2020-04-15	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	71784	7002	77	0	325	0	0	logfile
✘	7JR7	22443	2023-07-08	2020-08-11	3.3	3.18	—	3.3	0.010	1.34	4.0	0.08	11.83	0.01	2.254	3.49	0.57	2.6	97.0	0.4	0.62	0.65	0.79	2.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15799	2020	6	0	0	0	0	logfile
✘	7YQM	34029	2023-07-03	2022-08-08	2.89	3.15	2.89	3.2	0.005	0.58	0.0	0.05	11.88	0.00	2.294	1.86	0.17	4.7	95.3	0.0	-0.02	0.67	0.78	4.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5656	723	1	0	0	0	0	logfile
✘	6SWC	10322	2023-07-10	2019-09-20	3.3	4.36	3.31	3.3	0.015	0.97	0.0	0.05	16.16	0.04	1.823	9.66	0.13	13.4	86.6	0.0	-5.19	0.83	0.72	1.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	70744	4519	48	1593	41	42	0	logfile
✘	8BE0	15996	2023-07-16	2022-10-20	2.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36361	2179	14	44	3	95	17924	logfile
✘	8E6W	27928	2023-07-10	2022-08-23	4.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21145	2502	13	58	18	0	53	logfile
✘	5WP6	8871	2023-07-13	2017-08-03	3.8	4.03	—	3.8	0.062	4.81	0.0	0.06	10.88	0.01	2.083	3.10	0.30	6.7	93.3	0.0	-3.61	0.70	0.83	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29036	3908	8	0	8	0	0	logfile
✘	6SW9	10320	2023-07-10	2019-09-20	4.2	5.88	4.46	3.0	0.016	1.26	0.0	0.06	18.23	0.04	1.769	31.76	0.80	19.0	80.8	0.2	-5.60	0.85	0.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	70661	4508	47	1593	41	42	0	logfile
✘	6J6G	0686	2023-07-13	2019-01-15	3.2	3.37	—	3.2	0.007	0.94	0.0	0.09	14.14	0.01	1.903	15.53	3.03	4.6	94.9	0.5	-3.38	0.67	0.71	2.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	79042	8981	47	550	14	0	0	logfile
✘	6YMX	10847	2023-07-19	2020-04-10	3.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	47034	5759	47	0	38	0	0	logfile
✘	8AC2	15331	2023-07-12	2022-07-05	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25611	3184	8	36	3	0	0	logfile
✘	6ZJi	11234	2023-07-05	2020-06-29	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile

• ← previous
• Page 5 of 500
• next →