cryo-EM Re-Refine

Table showing results for August 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8EX4	28650	2023-08-09	2022-10-24	2.93	3.19	2.90	3.2	0.005	0.73	0.0	0.04	13.95	0.00	2.165	9.46	0.00	1.9	98.1	0.0	0.40	0.59	0.80	4.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3226	417	1	0	1	0	0	logfile
✘	7ZK8	14758	2023-08-11	2022-04-12	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9331	1181	1	0	7	4	0	logfile
✘	7Y7B	33659	2023-08-11	2022-06-22	2.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	60515	5082	55	0	562	0	0	logfile
✘	7ZKA	14760	2023-08-11	2022-04-12	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9406	1177	1	0	9	4	0	logfile
✘	7T4K	25678	2023-08-09	2021-12-10	3.25	3.56	3.27	3.4	0.005	0.88	0.0	0.05	12.76	0.01	2.287	3.74	0.15	2.3	97.7	0.0	0.51	0.73	0.84	2.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6180	782	2	0	0	0	0	logfile
✘	8G1A	29665	2023-08-13	2023-02-01	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13725	1574	7	0	37	0	0	logfile
✘	8GFA	29983	2023-08-24	2023-03-07	2.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36679	2124	12	0	46	105	17380	logfile
✘	8i5B	35193	2023-08-13	2023-01-24	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13440	1563	8	0	30	0	0	logfile
✘	8Gi9	40063	2023-08-10	2023-03-13	2.84	3.09	2.82	3.1	0.009	1.11	0.0	0.10	15.66	0.00	1.878	8.12	0.00	4.6	95.4	0.0	1.20	0.57	0.79	4.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6852	720	3	0	39	45	0	logfile
✘	8HG5	34735	2023-08-10	2022-11-13	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7794	627	6	0	64	0	0	logfile
✘	8GA8	29892	2023-08-17	2023-02-22	3.5	3.70	3.49	3.7	0.003	0.54	0.0	0.04	17.43	0.00	2.028	11.33	0.33	2.6	97.4	0.0	0.98	0.70	0.69	0.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22011	2675	12	0	2	0	0	logfile
✘	8J4F	35975	2023-08-12	2023-04-19	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12419	1446	7	0	30	0	0	logfile
✘	8AZS	15770	2023-08-11	2022-09-06	2.9	2.78	2.55	2.8	0.011	1.50	0.0	0.12	16.09	0.01	0.017	1346.55	0.00	3.1	96.9	0.0	-1.98	0.27	0.40	5.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9036	1224	36	0	0	0	0	logfile
✘	6TU7	10590	2023-08-18	2020-01-03	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	8DFC	27404	2023-08-16	2022-06-21	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20713	2548	18	0	15	483	0	logfile
✘	8HG3	34733	2023-08-10	2022-11-13	2.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7456	604	6	0	62	0	0	logfile
✘	8SA2	40262	2023-08-11	2023-03-31	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9268	0	4	420	2	0	0	logfile
✘	7R47	14282	2023-08-16	2022-02-08	2.3	2.29	—	2.3	0.008	0.81	0.0	0.85	17.14	0.01	1.921	2.60	1.15	2.1	97.9	0.0	0.85	0.73	0.90	6.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	68578	8089	116	0	51	1836	0	logfile
✘	6DPW	7975	2023-08-25	2018-06-09	3.5	3.71	—	3.7	0.009	1.43	0.0	0.08	15.58	0.01	2.040	2.61	0.82	2.3	97.6	0.1	0.22	0.68	0.85	2.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40812	5154	24	0	18	0	0	logfile
✘	6BJC	7101	2023-08-25	2017-11-05	3.3	3.68	—	3.6	0.009	1.54	12.0	0.09	16.35	0.01	1.999	1.94	2.99	3.0	96.9	0.1	-0.11	0.69	0.82	3.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	41136	5204	26	0	24	0	0	logfile