Table showing results for February 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7MD3	23764	2023-02-26	2021-04-03	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	45992	3133	13	0	8	0	22961	logfile
✘	6WXV	21964	2023-02-19	2020-05-12	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10605	1319	5	0	15	0	0	logfile
✘	6PCV	20308	2023-02-18	2019-06-18	3.2	2.93	3.33	3.3	0.006	0.98	0.0	0.06	14.31	0.01	2.235	6.84	0.71	4.0	96.0	0.0	-3.37	0.71	0.72	2.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9035	1155	3	0	0	0	0	logfile
✘	7R8B	24314	2023-02-19	2021-06-26	3.1	3.48	—	3.3	0.002	0.55	0.0	0.04	13.48	0.00	2.103	6.66	1.94	3.5	96.5	0.0	-1.73	0.67	0.85	2.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10868	1371	6	0	2	0	0	logfile
✘	8D4T	27196	2023-02-26	2022-06-02	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27974	1738	17	0	12	0	13710	logfile
✘	7WF7	32461	2023-02-18	2021-12-26	3.4	3.19	—	3.2	0.004	0.83	0.0	0.05	13.56	0.00	2.288	2.88	0.00	4.4	95.6	0.0	-1.14	0.55	0.64	1.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8136	1034	6	0	1	0	0	logfile
✘	6oo3	20143	2023-02-22	2019-04-22	2.9	3.02	2.79	3.0	0.014	1.22	0.0	0.06	9.99	0.01	2.495	2.15	0.00	3.1	96.9	0.0	-2.84	0.68	0.85	4.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18236	2404	8	0	4	0	0	logfile
✘	7WGV	32490	2023-02-26	2021-12-29	3.2	3.63	—	3.6	0.017	1.25	0.0	0.05	13.96	0.00	2.151	5.03	0.00	3.2	96.8	0.0	-0.59	0.79	0.83	3.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26931	3309	21	0	69	0	0	logfile
✘	6WB0	21583	2023-02-18	2020-03-26	4.2	4.26	—	4.2	0.002	0.51	0.0	0.04	11.69	0.00	2.131	11.89	0.81	4.1	95.9	0.0	-4.46	0.79	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8518	948	4	77	0	0	0	logfile
✘	6oPC	20149	2023-02-27	2019-04-24	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30015	4455	13	0	48	0	0	logfile
✘	7WGX	32491	2023-02-25	2021-12-29	3.5	3.82	—	3.8	0.017	1.17	0.0	0.04	13.21	0.00	2.256	4.67	0.00	3.9	95.6	0.5	-0.06	0.79	0.83	2.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25629	3165	21	0	60	0	0	logfile
✘	7VDD	31914	2023-02-20	2021-09-06	3.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11940	1044	10	0	0	0	3736	logfile
✘	8DKU	27491	2023-02-20	2022-07-06	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10644	1300	5	0	3	0	0	logfile
✘	7EJ8	31156	2023-02-18	2021-04-01	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8647	1100	6	0	1	0	0	logfile
✘	6NT4	0501	2023-02-20	2019-01-28	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11924	1406	5	0	20	0	0	logfile
✘	7NG8	12309	2023-02-23	2021-02-08	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20173	1341	4	0	0	0	9979	logfile
✘	7NNL	12478	2023-02-20	2021-02-25	3.1	3.27	3.06	3.2	0.006	0.91	0.0	0.05	15.46	0.01	2.230	6.05	0.00	3.7	96.3	0.0	-1.05	0.70	0.85	2.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11099	1456	6	0	13	0	0	logfile
✘	6oo5	20146	2023-02-22	2019-04-22	4.2	4.30	4.10	4.2	0.012	1.05	0.0	0.06	9.23	0.01	2.246	3.18	0.00	4.5	95.5	0.0	-2.74	0.65	0.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17548	2440	8	0	4	0	0	logfile
✘	6JXR	9895	2023-02-18	2019-04-24	3.7	3.95	—	3.9	0.008	1.01	0.0	0.06	10.83	0.01	2.273	5.82	0.74	7.2	92.6	0.2	-3.45	0.69	0.78	2.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8437	1073	8	0	0	0	0	logfile
✘	6VVY	21407	2023-02-27	2020-02-18	3.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30033	3516	12	130	4	0	0	logfile

• ← previous
• Page 5 of 353
• next →