Table showing results for August 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8EAH	27976	2023-08-20	2022-08-29	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28500	3534	18	11	16	15	0	logfile
✘	7W2Z	32268	2023-08-11	2021-11-24	2.8	3.01	—	3.0	0.009	1.13	1.0	0.06	14.53	0.01	2.078	8.01	0.82	3.6	96.3	0.1	-4.01	0.60	0.80	4.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9080	1154	7	0	3	0	0	logfile
✘	5GJV	9513	2023-08-17	2016-07-02	3.6	3.69	—	3.7	0.013	1.62	32.0	0.08	14.85	0.01	1.695	18.01	4.57	11.6	86.4	2.0	-5.08	0.54	0.79	2.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21904	2661	14	0	43	0	0	logfile
✘	8DMM	27544	2023-08-11	2022-07-08	3.47	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9314	1152	4	0	4	0	0	logfile
✘	6TRA	10557	2023-08-18	2019-12-18	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25197	2283	33	0	134	217	0	logfile
✘	7B5P	12043	2023-08-17	2020-12-05	3.2	3.34	—	3.3	0.009	1.00	1.0	0.06	13.44	0.00	1.894	24.69	1.78	8.9	89.6	1.4	-2.84	0.70	0.83	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22527	3013	3	0	0	0	0	logfile
✘	6A69	6987	2023-08-10	2018-06-27	4.11	4.21	—	4.1	0.011	1.48	0.0	0.07	11.86	0.01	2.275	7.51	1.81	13.5	86.4	0.1	-4.69	0.61	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7851	1038	2	0	1	0	0	logfile
✘	7S9Z	24942	2023-08-10	2021-09-21	4.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7274	890	1	0	2	0	0	logfile
✘	6Mi8	9126	2023-08-10	2018-09-19	4.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7139	911	6	0	2	0	0	logfile
✘	8AXN	15702	2023-08-23	2022-08-31	3.34	3.51	3.30	3.5	0.003	0.58	0.0	0.04	9.93	0.00	2.125	6.78	3.52	5.4	94.6	0.0	-0.25	0.76	0.84	2.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	94656	11704	64	0	0	0	0	logfile
✘	7PD3	13329	2023-08-09	2021-08-04	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	108076	9276	76	1522	125	0	0	logfile
✘	7L6U	23208	2023-08-12	2020-12-23	3.3	3.73	3.39	3.7	0.009	0.79	0.0	0.05	14.09	0.01	2.365	6.06	0.72	8.7	91.3	0.0	-1.06	0.71	0.83	3.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12675	1555	5	0	0	0	0	logfile
✘	5GUP	9539	2023-08-10	2016-08-30	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	109982	13895	107	0	77	0	0	logfile
✘	7Y7W	33672	2023-08-09	2022-06-22	2.4	2.70	2.46	2.7	0.006	0.78	0.0	0.08	17.46	0.00	1.907	5.88	1.11	3.0	97.0	0.0	0.06	0.68	0.85	4.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4310	529	1	0	7	48	0	logfile
✘	6SJE	10215	2023-08-18	2019-08-13	4.1	4.27	—	4.1	0.003	0.59	0.0	0.04	13.69	0.01	2.264	4.40	3.06	2.1	97.9	0.0	-3.60	0.82	0.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24115	2847	4	68	0	0	0	logfile
✘	7EQ9	31256	2023-08-12	2021-04-30	3.3	3.70	3.42	3.6	0.002	0.47	0.0	0.04	15.65	0.00	2.267	3.70	0.00	3.3	96.7	0.0	1.85	0.60	0.53	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	62520	7620	60	0	0	0	0	logfile
✘	7N62	24192	2023-08-09	2021-06-07	4.0	3.42	—	3.9	0.006	0.82	0.0	0.05	13.98	0.01	2.203	21.20	0.00	14.9	85.1	0.0	-2.74	0.73	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5613	712	4	0	5	0	0	logfile
✘	7Ji3	22343	2023-08-09	2020-07-22	3.46	4.28	—	4.0	0.005	0.79	0.0	0.05	13.46	0.01	2.365	6.77	0.00	3.6	96.4	0.0	-5.13	0.64	0.72	2.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6000	777	3	0	0	0	0	logfile
✘	7VB7	31874	2023-08-20	2021-08-30	2.4	2.41	—	2.4	0.007	0.77	1.0	0.05	16.42	0.01	1.988	6.35	1.28	3.0	96.9	0.1	0.48	0.76	0.90	5.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29279	3543	45	0	19	736	0	logfile
✘	8A6T	15212	2023-08-16	2022-06-19	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21132	2704	12	0	28	0	0	logfile

• ← previous
• Page 5 of 542
• next →