Table showing results for November 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8FPJ	29366	2023-11-19	2023-01-04	2.74	2.94	2.78	3.0	0.004	0.69	0.0	0.04	14.26	0.00	2.008	5.89	0.00	5.7	94.3	0.0	-0.24	0.69	0.82	2.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25960	1596	6	0	1	0	13143	logfile
✘	8D7R	27231	2023-11-14	2022-06-07	3.9	4.13	3.91	4.0	0.003	0.54	0.0	0.04	11.99	0.00	2.345	5.62	0.00	8.1	91.9	0.0	-3.25	0.60	0.56	0.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9627	1167	12	0	16	0	0	logfile
✘	8JB0	36139	2023-11-20	2023-05-07	4.2	4.12	4.27	3.8	0.003	0.62	0.0	0.04	16.01	0.00	2.196	13.62	0.09	2.8	97.0	0.2	2.31	0.76	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31387	3858	48	0	36	0	0	logfile
✘	6LY5	30012	2023-11-19	2020-02-13	2.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	81344	6510	76	0	723	153	0	logfile
✘	7WT7	32770	2023-11-19	2022-02-04	3.4	3.87	—	3.8	0.005	0.92	15.0	0.06	13.84	0.01	2.132	9.81	0.91	7.1	92.6	0.3	-1.79	0.78	0.77	1.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28322	3523	12	0	50	0	0	logfile
✘	8AJB	15476	2023-11-20	2022-07-28	4.3	2.93	4.02	3.1	0.006	1.03	0.0	0.05	15.63	0.00	1.475	32.06	0.07	4.8	95.2	0.0	0.79	0.62	0.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30088	3898	24	0	0	0	0	logfile
✘	6QC3	4495	2023-11-21	2018-12-26	4.2	4.28	4.21	4.2	0.010	1.32	1.0	0.85	12.09	0.01	1.873	8.18	0.75	11.7	88.1	0.1	-3.94	0.67	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	96897	12010	84	0	77	0	0	logfile
✘	5GJR	9512	2023-11-22	2016-07-01	3.5	3.65	—	3.5	0.013	1.53	38.0	0.08	16.77	0.01	1.114	63.72	11.56	13.2	81.8	5.0	-4.66	0.71	0.77	1.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	142753	19945	76	0	12	0	0	logfile
✘	8iDE	35365	2023-11-14	2023-02-13	3.21	3.58	3.38	3.5	0.003	0.71	0.0	0.04	13.14	0.00	1.906	14.45	0.24	14.1	85.4	0.5	-1.37	0.75	0.77	2.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8393	1177	3	0	1	0	0	logfile
✘	8G1A	29665	2023-11-16	2023-02-01	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13725	1574	7	0	37	0	0	logfile
✘	7RBU	24402	2023-11-13	2021-07-06	3.7	2.38	—	2.2	0.006	0.80	0.0	0.05	12.53	0.00	2.167	6.95	0.00	9.1	90.7	0.2	-2.50	0.74	0.77	4.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4107	510	6	0	7	0	0	logfile
✘	7UT6	26756	2023-11-16	2022-04-26	1.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16442	1998	12	0	8	415	0	logfile
✘	7YMM	33933	2023-11-19	2022-07-28	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	136856	13220	120	0	788	0	0	logfile
✘	8ESZ	28582	2023-11-16	2022-10-15	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	67757	8114	68	0	95	0	0	logfile
✘	5VFR	8665	2023-11-22	2017-04-09	4.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-4.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	99908	12868	51	0	5	0	0	logfile
✘	7NFC	12299	2023-11-20	2021-02-05	4.14	8.92	4.34	7.1	0.003	0.60	0.0	0.04	15.55	0.00	2.040	16.12	0.06	6.8	93.1	0.1	0.21	0.89	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	89069	10887	18	110	40	0	0	logfile
✘	8GHV	40052	2023-11-17	2023-03-12	2.8	3.09	2.84	3.1	0.005	0.92	0.0	0.05	14.04	0.01	2.190	3.46	0.76	3.3	96.7	0.0	0.26	0.59	0.79	3.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15874	1125	6	0	1	0	7637	logfile
✘	8i6S	35205	2023-11-14	2023-01-29	4.4	4.82	4.39	4.4	0.006	1.39	2.0	0.06	15.97	0.01	2.073	4.55	0.97	4.1	95.7	0.2	-5.18	0.73	0.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8641	1125	7	0	4	0	0	logfile
✘	6BZE	7314	2023-11-16	2017-12-23	4.0	4.03	—	4.0	0.009	1.42	0.0	0.08	17.34	0.01	1.648	79.81	9.00	13.2	86.4	0.4	-5.34	0.37	0.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7072	848	8	0	0	0	0	logfile
✘	6PDT	20309	2023-11-20	2019-06-19	3.8	3.95	—	3.9	0.022	2.06	0.0	0.21	11.05	0.01	1.771	0.92	0.00	1.9	97.7	0.4	0.40	0.73	0.73	1.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31364	2000	8	0	12	0	15636	logfile

• ← previous
• Page 5 of 528
• next →