Table showing results for February 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8DKU	27491	2023-02-20	2022-07-06	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10644	1300	5	0	3	0	0	logfile
✘	6oo5	20146	2023-02-22	2019-04-22	4.2	4.30	4.10	4.2	0.012	1.05	0.0	0.06	9.23	0.01	2.246	3.18	0.00	4.5	95.5	0.0	-2.74	0.65	0.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17548	2440	8	0	4	0	0	logfile
✘	7PQ5	13587	2023-02-18	2021-09-16	3.17	3.58	3.09	3.4	0.005	0.85	0.0	0.05	15.55	0.01	2.255	3.50	2.82	4.5	95.3	0.2	-0.13	0.85	0.87	5.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8512	1047	1	0	0	0	0	logfile
✘	7R8B	24314	2023-02-19	2021-06-26	3.1	3.48	—	3.3	0.002	0.55	0.0	0.04	13.48	0.00	2.103	6.66	1.94	3.5	96.5	0.0	-1.73	0.67	0.85	2.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10868	1371	6	0	2	0	0	logfile
✘	6KLL	0711	2023-02-20	2019-07-30	3.0	3.78	—	3.3	0.007	0.78	0.0	0.05	15.55	0.00	1.944	7.72	7.64	5.4	94.6	0.0	-3.74	0.68	0.87	3.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11748	1488	8	0	8	0	0	logfile
✘	6o0Y	0584	2023-02-20	2019-02-17	3.37	4.01	—	3.7	0.005	0.74	0.0	0.05	16.71	0.01	2.272	2.52	0.37	5.5	94.5	0.0	-4.11	0.85	0.88	2.93	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11828	1146	5	150	0	0	0	logfile
✘	7F3T	31440	2023-02-17	2021-06-17	3.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5632	660	4	0	2	0	0	logfile
✘	7XR6	33408	2023-02-19	2022-05-09	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10199	1272	6	0	39	0	0	logfile
✘	7WGX	32491	2023-02-25	2021-12-29	3.5	3.82	—	3.8	0.017	1.17	0.0	0.04	13.21	0.00	2.256	4.67	0.00	3.9	95.6	0.5	-0.06	0.79	0.83	2.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25629	3165	21	0	60	0	0	logfile
✘	7Eo4	31226	2023-02-18	2021-04-21	2.86	2.93	—	2.9	0.019	1.00	0.0	0.17	14.00	0.01	2.220	2.30	0.00	7.2	92.8	0.0	-1.38	0.60	0.71	2.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8302	1059	6	0	1	0	0	logfile
✘	7AHE	11784	2023-02-19	2020-09-24	4.1	4.22	4.11	4.1	0.009	1.23	0.0	0.09	12.74	0.00	2.205	16.70	0.45	9.6	90.4	0.0	-5.40	0.69	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10060	1308	5	0	1	0	0	logfile
✘	6WXV	21964	2023-02-19	2020-05-12	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10605	1319	5	0	15	0	0	logfile
✘	7N0L	24108	2023-02-17	2021-05-25	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5270	626	4	0	2	0	0	logfile
✘	6CNA	7529	2023-02-23	2018-03-07	4.6	5.89	—	5.8	0.006	0.91	0.0	0.05	10.19	0.01	2.021	26.49	0.00	9.7	90.1	0.3	-4.80	0.57	0.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21426	3160	14	0	22	0	0	logfile
✘	7QFQ	13947	2023-02-19	2021-12-06	3.6	3.83	3.58	4.0	0.002	0.54	0.0	0.04	12.93	0.00	2.177	8.31	0.00	5.4	94.6	0.0	-0.70	0.65	0.70	1.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10659	1291	1	0	0	0	0	logfile
✘	6WB0	21583	2023-02-18	2020-03-26	4.2	4.26	—	4.2	0.002	0.51	0.0	0.04	11.69	0.00	2.131	11.89	0.81	4.1	95.9	0.0	-4.46	0.79	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8518	948	4	77	0	0	0	logfile
✘	6LHS	0896	2023-02-24	2019-12-10	3.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22737	1456	2	0	0	0	11313	logfile
✘	7Z10	14436	2023-02-20	2022-02-24	3.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12574	1556	13	0	9	0	0	logfile
✘	6JXR	9895	2023-02-18	2019-04-24	3.7	3.95	—	3.9	0.008	1.01	0.0	0.06	10.83	0.01	2.273	5.82	0.74	7.2	92.6	0.2	-3.45	0.69	0.78	2.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8437	1073	8	0	0	0	0	logfile
✘	6VVY	21407	2023-02-27	2020-02-18	3.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30033	3516	12	130	4	0	0	logfile

• ← previous
• Page 5 of 353
• next →