cryo-EM Re-Refine

Table showing results for July 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# other	# H	Logfile
✘	6WPW	21866	2023-07-05	2020-04-28	3.1	3.57	—	3.5	0.007	0.95	0.0	0.06	10.18	0.01	1.735	6.24	0.00	5.9	94.1	0.0	-4.62	0.57	0.80	4.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9262	1176	6	0	0	logfile
✘	7D74	30601	2023-07-16	2020-10-02	3.1	2.42	—	3.0	0.009	1.38	1.0	0.08	19.73	0.01	1.922	10.36	8.87	4.8	94.8	0.4	-2.46	0.51	0.65	2.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35353	4503	24	12	0	logfile
✘	7W01	32233	2023-07-06	2021-11-17	3.3	3.43	—	3.4	0.011	1.11	1.0	0.06	15.95	0.01	1.717	9.85	0.60	13.3	85.9	0.8	-4.55	0.68	0.86	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12724	1598	1	7	0	logfile
✘	7ZRG	14913	2023-07-06	2022-05-04	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.09	—	—	1.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	0.49	—	—	—	1.40	11032	1448	6	10	0	logfile
✘	6oS9	20180	2023-07-06	2019-05-01	3.0	3.41	—	3.4	0.010	1.08	0.0	0.06	10.14	0.01	2.240	5.39	0.21	4.9	95.1	0.0	-2.70	0.67	0.82	3.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8969	1152	6	0	0	logfile
✘	6NT4	0501	2023-07-06	2019-01-28	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11924	1406	5	20	0	logfile
✘	7VDD	31914	2023-07-06	2021-09-06	3.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11940	1044	10	0	3736	logfile
✘	6LMK	0917	2023-07-05	2019-12-26	3.7	3.89	—	3.8	0.009	0.96	0.0	0.06	15.10	0.01	2.283	7.02	0.62	6.5	93.5	0.0	-4.19	0.68	0.82	1.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9240	1178	6	0	0	logfile
✘	7Fii	31598	2023-07-05	2021-07-31	4.3	4.37	—	4.1	0.002	0.36	0.0	0.04	8.97	0.00	2.073	1.66	0.00	0.9	99.1	0.0	3.08	0.64	0.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8765	1522	6	0	0	logfile
✘	8F2S	28826	2023-07-08	2022-11-08	2.9	3.73	2.80	3.3	0.015	0.82	0.0	0.18	15.95	0.00	2.129	3.82	0.00	4.3	95.7	0.0	0.98	0.81	0.89	4.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17158	2023	15	38	0	logfile
✘	7DX4	30895	2023-07-05	2021-01-18	3.6	3.96	—	3.8	0.007	1.00	0.0	0.06	9.71	0.01	0.766	7.28	0.23	6.0	93.7	0.3	-4.20	0.71	0.79	3.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8234	1027	6	5	0	logfile
✘	7W9M	32370	2023-07-07	2021-12-10	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14219	1710	7	18	0	logfile
✘	7EJ8	31156	2023-07-04	2021-04-01	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8647	1100	6	1	0	logfile
✘	7LX0	23563	2023-07-11	2021-03-02	2.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72462	6699	60	447	0	logfile
✘	6NT3	0500	2023-07-05	2019-01-28	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10934	1278	5	20	0	logfile
✘	7NNL	12478	2023-07-06	2021-02-25	3.1	3.27	3.06	3.2	0.006	0.91	0.0	0.05	15.46	0.01	2.230	6.05	0.00	3.7	96.3	0.0	-1.05	0.70	0.85	2.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11099	1456	6	13	0	logfile
✘	7BKD	12210	2023-07-11	2021-01-15	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24799	3177	18	26	0	logfile
✘	6WXV	21964	2023-07-05	2020-05-12	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10605	1319	5	15	0	logfile
✘	3JC7	6536	2023-07-18	2015-11-24	4.8	5.23	—	4.8	0.009	1.57	7.0	0.07	12.16	0.01	0.163	42.92	0.45	8.5	90.1	1.3	-4.10	0.75	0.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40298	5075	12	1	0	logfile
✘	6LHS	0896	2023-07-10	2019-12-10	3.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22737	1456	2	0	11313	logfile