cryo-EM Re-Refine

Table showing results for August 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8APJ	15572	2023-08-18	2022-08-09	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	126490	7873	60	0	36	0	62387	logfile
✘	7UT6	26756	2023-08-14	2022-04-26	1.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16442	1998	12	0	8	415	0	logfile
✘	7ZDF	14644	2023-08-11	2022-03-29	2.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9039	1159	2	0	3	0	0	logfile
✘	8EU9	28609	2023-08-20	2022-10-18	3.48	2.61	3.59	2.9	0.006	1.06	0.0	0.06	17.26	0.01	1.528	5.67	0.00	3.6	96.4	0.0	-1.81	0.73	0.77	1.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28517	3660	16	0	6	0	0	logfile
✘	7T4K	25678	2023-08-09	2021-12-10	3.25	3.56	3.27	3.4	0.005	0.88	0.0	0.05	12.76	0.01	2.287	3.74	0.15	2.3	97.7	0.0	0.51	0.73	0.84	2.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6180	782	2	0	0	0	0	logfile
✘	8Gi9	40063	2023-08-10	2023-03-13	2.84	3.09	2.82	3.1	0.009	1.11	0.0	0.10	15.66	0.00	1.878	8.12	0.00	4.6	95.4	0.0	1.20	0.57	0.79	4.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6852	720	3	0	39	45	0	logfile
✘	8HG3	34733	2023-08-10	2022-11-13	2.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7456	604	6	0	62	0	0	logfile
✘	6PC8	20299	2023-08-17	2019-06-16	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72169	967	8	3015	1	0	0	logfile
✘	8APH	15571	2023-08-18	2022-08-09	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	126490	7873	60	0	36	0	62387	logfile
✘	7ZNL	14808	2023-08-21	2022-04-21	3.45	3.67	3.55	3.4	0.005	0.78	0.0	0.04	11.78	0.01	2.171	7.60	6.04	6.6	93.1	0.3	-2.22	0.37	0.21	0.51	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	84821	11173	28	0	0	0	0	logfile
✘	7ZK8	14758	2023-08-11	2022-04-12	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9331	1181	1	0	7	4	0	logfile
✘	8HH6	34753	2023-08-18	2022-11-16	2.9	3.16	3.03	3.1	0.003	0.58	0.0	0.04	13.04	0.00	2.002	5.07	0.00	2.3	97.7	0.0	1.53	0.80	0.89	3.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24277	3129	13	0	13	0	0	logfile
✘	7KHR	22880	2023-08-11	2020-10-21	3.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	61913	8212	44	0	36	0	0	logfile
✘	7RBU	24402	2023-08-09	2021-07-06	3.7	2.38	—	2.2	0.006	0.80	0.0	0.05	12.53	0.00	2.167	6.95	0.00	9.1	90.7	0.2	-2.50	0.74	0.77	4.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4107	510	6	0	7	0	0	logfile
✘	8ENo	28275	2023-08-14	2022-09-30	2.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16485	2047	9	0	9	0	0	logfile
✘	7A4P	11640	2023-08-27	2020-08-20	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	48636	4086	38	0	337	0	0	logfile
✘	5GJR	9512	2023-08-26	2016-07-01	3.5	3.65	—	3.5	0.013	1.53	38.0	0.08	16.77	0.01	1.114	63.72	11.56	13.2	81.8	5.0	-4.66	0.71	0.77	1.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	142753	19945	76	0	12	0	0	logfile
✘	7Y7B	33659	2023-08-11	2022-06-22	2.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	60515	5082	55	0	562	0	0	logfile
✘	8SA5	40265	2023-08-10	2023-03-31	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7649	0	4	345	2	0	0	logfile
✘	8FCA	28978	2023-08-23	2022-12-01	3.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35936	2400	8	0	8	0	17476	logfile