Table showing results for February 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7PSL	13613	2023-02-19	2021-09-23	3.3	3.77	—	3.7	0.006	0.65	0.0	0.04	14.91	0.00	2.258	5.27	0.00	3.9	96.1	0.0	-3.04	0.61	0.76	2.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9612	1200	4	0	4	0	0	logfile
✘	7WGX	32491	2023-02-25	2021-12-29	3.5	3.82	—	3.8	0.017	1.17	0.0	0.04	13.21	0.00	2.256	4.67	0.00	3.9	95.6	0.5	-0.06	0.79	0.83	2.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25629	3165	21	0	60	0	0	logfile
✘	7NNL	12478	2023-02-20	2021-02-25	3.1	3.27	3.06	3.2	0.006	0.91	0.0	0.05	15.46	0.01	2.230	6.05	0.00	3.7	96.3	0.0	-1.05	0.70	0.85	2.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11099	1456	6	0	13	0	0	logfile
✘	6oPC	20149	2023-02-27	2019-04-24	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30015	4455	13	0	48	0	0	logfile
✘	7Z10	14436	2023-02-20	2022-02-24	3.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12574	1556	13	0	9	0	0	logfile
✘	6CNA	7529	2023-02-23	2018-03-07	4.6	5.89	—	5.8	0.006	0.91	0.0	0.05	10.19	0.01	2.021	26.49	0.00	9.7	90.1	0.3	-4.80	0.57	0.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21426	3160	14	0	22	0	0	logfile
✘	7B5P	12043	2023-02-24	2020-12-05	3.2	3.34	—	3.3	0.009	1.00	1.0	0.06	13.44	0.00	1.894	24.69	1.78	8.9	89.6	1.4	-2.84	0.70	0.83	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22527	3013	3	0	0	0	0	logfile
✘	6oZC	20224	2023-02-25	2019-05-15	3.79	4.35	—	4.2	0.022	1.83	0.0	0.11	10.38	0.01	2.303	1.05	0.00	3.1	96.2	0.7	0.38	0.79	0.82	2.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25821	3027	54	0	186	0	0	logfile
✘	6oo3	20143	2023-02-22	2019-04-22	2.9	3.02	2.79	3.0	0.014	1.22	0.0	0.06	9.99	0.01	2.495	2.15	0.00	3.1	96.9	0.0	-2.84	0.68	0.85	4.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18236	2404	8	0	4	0	0	logfile
✘	7W77	32341	2023-02-20	2021-12-03	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12051	1424	7	0	30	0	0	logfile
✘	7MD3	23764	2023-02-26	2021-04-03	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	45992	3133	13	0	8	0	22961	logfile
✘	6WXV	21964	2023-02-19	2020-05-12	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10605	1319	5	0	15	0	0	logfile
✘	7SCJ	25036	2023-02-19	2021-09-28	3.4	2.31	2.97	2.0	0.004	0.58	0.0	0.05	11.19	0.01	2.200	9.22	0.00	5.7	94.3	0.0	-0.25	0.75	0.72	3.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9336	1131	6	2	7	0	0	logfile
✘	6NR3	0488	2023-02-25	2019-01-22	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25180	3232	8	0	196	0	0	logfile
✘	6WHG	21672	2023-02-22	2020-04-08	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17116	2092	8	0	12	0	0	logfile
✘	8DCX	27330	2023-02-19	2022-06-17	2.8	3.32	3.33	3.4	0.003	0.58	0.0	0.04	14.71	0.00	2.195	13.42	0.00	5.4	94.6	0.1	-0.04	0.48	0.60	0.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9627	1166	2	0	0	0	0	logfile
✘	7W7F	32343	2023-02-20	2021-12-04	3.35	3.74	—	3.7	0.015	1.01	0.0	0.07	17.19	0.01	2.144	13.71	0.31	8.1	91.6	0.3	-1.42	0.42	0.74	1.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11987	1424	7	0	29	0	0	logfile
✘	7NG8	12309	2023-02-23	2021-02-08	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20173	1341	4	0	0	0	9979	logfile
✘	6JXR	9895	2023-02-18	2019-04-24	3.7	3.95	—	3.9	0.008	1.01	0.0	0.06	10.83	0.01	2.273	5.82	0.74	7.2	92.6	0.2	-3.45	0.69	0.78	2.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8437	1073	8	0	0	0	0	logfile
✘	6VVY	21407	2023-02-27	2020-02-18	3.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30033	3516	12	130	4	0	0	logfile

• ← previous
• Page 5 of 353
• next →