Table showing results for August 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6CNF	7533	2023-08-26	2018-03-08	4.5	4.70	—	4.4	0.006	1.16	9.0	0.06	13.86	0.01	1.905	40.19	0.74	17.9	80.5	1.6	-5.23	0.74	0.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	47675	5695	27	104	69	0	0	logfile
✘	8DW2	27749	2023-08-11	2022-07-30	4.11	4.56	4.33	4.3	0.003	0.81	0.0	0.05	17.02	0.01	2.127	18.20	0.48	6.2	93.7	0.1	-0.94	0.76	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9364	1223	7	0	3	0	0	logfile
✘	6VAD	21137	2023-08-18	2019-12-17	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37613	2321	2	0	0	0	19096	logfile
✘	7oFQ	12875	2023-08-20	2021-05-05	3.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	80691	9493	90	0	849	0	0	logfile
✘	7Eo4	31226	2023-08-10	2021-04-21	2.86	2.93	—	2.9	0.019	1.00	0.0	0.17	14.00	0.01	2.220	2.30	0.00	7.2	92.8	0.0	-1.38	0.60	0.71	2.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8302	1059	6	0	1	0	0	logfile
✘	6iRS	9721	2023-08-10	2018-11-14	3.3	3.44	—	3.4	0.011	1.36	0.0	0.07	12.69	0.01	2.150	13.11	3.66	8.8	90.3	0.9	-5.69	0.62	0.77	2.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7337	926	7	0	10	0	0	logfile
✘	7XV3	33479	2023-08-10	2022-05-20	2.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8347	1044	6	0	1	2	0	logfile
✘	6WHG	21672	2023-08-14	2020-04-08	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17116	2092	8	0	12	0	0	logfile
✘	7W77	32341	2023-08-12	2021-12-03	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12051	1424	7	0	30	0	0	logfile
✘	7Fii	31598	2023-08-11	2021-07-31	4.3	4.37	—	4.1	0.002	0.36	0.0	0.04	8.97	0.00	2.073	1.66	0.00	0.9	99.1	0.0	3.08	0.64	0.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8765	1522	6	0	0	0	0	logfile
✘	6LMK	0917	2023-08-11	2019-12-26	3.7	3.89	—	3.8	0.009	0.96	0.0	0.06	15.10	0.01	2.283	7.02	0.62	6.5	93.5	0.0	-4.19	0.68	0.82	1.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9240	1178	6	0	0	0	0	logfile
✘	6WHR	21673	2023-08-17	2020-04-08	3.99	4.51	—	4.3	0.015	1.23	0.0	0.07	14.89	0.01	1.968	30.82	2.94	21.2	78.0	0.8	-5.90	0.69	0.73	1.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23370	3166	10	0	14	0	0	logfile
✘	6LHS	0896	2023-08-17	2019-12-10	3.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22737	1456	2	0	0	0	11313	logfile
✘	8B4o	15851	2023-08-09	2022-09-20	2.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6156	772	2	0	3	0	0	logfile
✘	7W9L	32369	2023-08-13	2021-12-10	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14915	1712	8	0	40	0	0	logfile
✘	7WGX	32491	2023-08-18	2021-12-29	3.5	3.82	—	3.8	0.017	1.20	0.0	0.05	13.43	0.00	2.256	4.67	0.00	3.9	95.6	0.5	-0.06	0.79	0.83	2.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25629	3165	21	0	60	0	0	logfile
✘	6WHT	21675	2023-08-16	2020-04-08	4.39	5.00	—	4.6	0.006	0.85	0.0	0.05	12.85	0.01	1.983	23.64	0.63	17.3	82.3	0.3	-5.16	0.65	0.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20532	3082	10	0	8	0	0	logfile
✘	7XR6	33408	2023-08-11	2022-05-09	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10199	1272	6	0	39	0	0	logfile
✘	7WLD	32582	2023-08-16	2022-01-13	2.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19732	2393	11	0	29	0	0	logfile
✘	7MiY	23868	2023-08-16	2021-04-18	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21483	2598	10	0	28	0	0	logfile

• ← previous
• Page 5 of 542
• next →