Table showing results for February 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7LX0	23563	2023-02-28	2021-03-02	2.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72462	6699	60	0	447	0	0	logfile
✘	6oo3	20143	2023-02-22	2019-04-22	2.9	3.02	2.79	3.0	0.014	1.22	0.0	0.06	9.99	0.01	2.495	2.15	0.00	3.1	96.9	0.0	-2.84	0.68	0.85	4.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18236	2404	8	0	4	0	0	logfile
✘	7R8B	24314	2023-02-19	2021-06-26	3.1	3.48	—	3.3	0.002	0.55	0.0	0.04	13.48	0.00	2.103	6.66	1.94	3.5	96.5	0.0	-1.73	0.67	0.85	2.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10868	1371	6	0	2	0	0	logfile
✘	7VDD	31914	2023-02-20	2021-09-06	3.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11940	1044	10	0	0	0	3736	logfile
✘	7Fii	31598	2023-02-19	2021-07-31	4.3	4.37	—	4.1	0.002	0.36	0.0	0.04	8.97	0.00	2.073	1.59	0.00	0.9	99.1	0.0	3.08	0.64	0.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8765	1522	6	0	0	0	0	logfile
✘	6oPC	20149	2023-02-27	2019-04-24	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30015	4455	13	0	48	0	0	logfile
✘	7NNL	12478	2023-02-20	2021-02-25	3.1	3.27	3.06	3.2	0.006	0.91	0.0	0.05	15.46	0.01	2.230	6.05	0.00	3.7	96.3	0.0	-1.05	0.70	0.85	2.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11099	1456	6	0	13	0	0	logfile
✘	5X1G	6701	2023-02-16	2017-01-25	4.5	7.89	—	37.0	0.008	1.42	0.0	0.05	10.05	0.01	2.345	27.78	0.00	6.9	93.1	0.0	-2.75	0.00	0.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	155	31	1	0	0	0	0	logfile
✘	6LHS	0896	2023-02-24	2019-12-10	3.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22737	1456	2	0	0	0	11313	logfile
✘	7XR6	33408	2023-02-19	2022-05-09	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10199	1272	6	0	39	0	0	logfile
✘	6PCV	20308	2023-02-18	2019-06-18	3.2	2.93	3.33	3.3	0.006	0.98	0.0	0.06	14.31	0.01	2.235	6.84	0.71	4.0	96.0	0.0	-3.37	0.71	0.72	2.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9035	1155	3	0	0	0	0	logfile
✘	7MD3	23764	2023-02-26	2021-04-03	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	45992	3133	13	0	8	0	22961	logfile
✘	7EJA	31157	2023-02-18	2021-04-01	3.6	4.27	—	4.1	0.005	0.84	2.0	0.06	13.05	0.00	1.533	17.71	0.11	6.0	94.0	0.0	-0.43	0.70	0.80	1.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8584	1097	6	0	1	0	0	logfile
✘	6oo4	20145	2023-02-22	2019-04-22	3.3	3.45	3.23	3.5	0.013	1.10	0.0	0.06	9.30	0.01	1.858	2.96	0.00	3.4	96.6	0.0	-2.86	0.47	0.64	4.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18452	2440	8	0	4	0	0	logfile
✘	7W77	32341	2023-02-20	2021-12-03	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12051	1424	7	0	30	0	0	logfile
✘	6WB0	21583	2023-02-18	2020-03-26	4.2	4.26	—	4.2	0.002	0.51	0.0	0.04	11.69	0.00	2.131	11.89	0.81	4.1	95.9	0.0	-4.46	0.79	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8518	948	4	77	0	0	0	logfile
✘	7PSL	13613	2023-02-19	2021-09-23	3.3	3.77	—	3.7	0.006	0.65	0.0	0.04	14.91	0.00	2.258	5.27	0.00	3.9	96.1	0.0	-3.04	0.61	0.76	2.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9612	1200	4	0	4	0	0	logfile
✘	7NG8	12309	2023-02-23	2021-02-08	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20173	1341	4	0	0	0	9979	logfile
✘	6VM3	21237	2023-02-21	2020-01-27	3.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15180	1810	15	0	15	0	0	logfile
✘	6PYH	20524	2023-02-20	2019-07-29	4.3	4.52	—	4.3	0.016	1.05	0.0	0.05	14.64	0.01	2.079	28.75	0.55	18.2	81.6	0.2	-5.21	0.84	0.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13187	1648	3	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 5 of 353
• next →