cryo-EM Re-Refine

Table showing results for August 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8oiT	16899	2023-08-12	2023-03-23	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	113095	9412	79	1704	265	0	0	logfile
✘	8HG6	34736	2023-08-10	2022-11-13	3.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7259	593	6	0	60	0	0	logfile
✘	8DFC	27404	2023-08-16	2022-06-21	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20713	2548	18	0	15	483	0	logfile
✘	7XUL	33473	2023-08-12	2022-05-18	3.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11082	1380	4	0	10	0	0	logfile
✘	7ZKA	14760	2023-08-11	2022-04-12	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9406	1177	1	0	9	4	0	logfile
✘	7RMP	24577	2023-08-22	2021-07-28	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32519	4128	12	0	19	41	0	logfile
✘	7UMH	26601	2023-08-24	2022-04-07	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	140516	12747	124	0	798	461	0	logfile
✘	8FC8	28976	2023-08-24	2022-12-01	3.47	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39152	2468	8	0	8	0	19384	logfile
✘	8oiS	16898	2023-08-18	2023-03-23	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72671	6150	48	1034	173	3	0	logfile
✘	8i5Y	35198	2023-08-13	2023-01-26	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13617	1565	9	0	39	6	0	logfile
✘	8BVH	16264	2023-08-24	2022-12-03	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	38135	2256	23	41	8	0	18879	logfile
✘	8SA5	40265	2023-08-10	2023-03-31	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7649	0	4	345	2	0	0	logfile
✘	3A5X	1641	2023-08-09	2009-08-13	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-4.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3616	494	1	0	0	0	0	logfile
✘	8ESZ	28582	2023-08-15	2022-10-15	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	67757	8114	68	0	95	0	0	logfile
✘	8SA2	40262	2023-08-11	2023-03-31	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9268	0	4	420	2	0	0	logfile
✘	7ZK8	14758	2023-08-11	2022-04-12	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9331	1181	1	0	7	4	0	logfile
✘	8C29	16389	2023-08-17	2022-12-21	2.785	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	71174	6772	117	0	358	280	0	logfile
✘	6QEM	4538	2023-08-13	2019-01-08	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	65750	4104	24	26	16	0	32652	logfile
✘	6Z3R	11063	2023-08-23	2020-05-21	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35481	2509	6	0	131	0	16494	logfile
✘	6VDK	21151	2023-08-12	2019-12-27	4.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12309	1274	14	104	6	0	0	logfile