Table showing results for November 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7PQ5	13587	2023-11-14	2021-09-16	3.17	3.58	3.09	3.4	0.005	0.85	0.0	0.05	15.55	0.01	2.255	3.50	2.82	4.5	95.3	0.2	-0.13	0.85	0.87	5.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8512	1047	1	0	0	0	0	logfile
✘	7DXE	30906	2023-11-18	2021-01-18	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22280	2740	8	0	20	0	0	logfile
✘	5XNL	6741	2023-11-22	2017-05-23	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	98986	9364	136	0	490	1076	0	logfile
✘	7FBS	31519	2023-11-14	2021-07-12	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9274	1118	1	0	17	0	0	logfile
✘	7RL9	24522	2023-11-21	2021-07-23	3.3	3.87	—	3.6	0.003	0.73	0.0	0.04	11.05	0.00	2.210	9.51	0.00	8.1	91.6	0.3	-1.82	0.82	0.81	1.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35220	4464	12	0	12	0	0	logfile
✘	6X2L	22011	2023-11-14	2020-05-20	2.85	2.95	—	2.9	0.009	0.96	0.0	0.06	13.68	0.01	2.078	2.99	0.00	2.5	97.5	0.0	-6.46	0.64	0.88	2.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9396	1233	3	0	0	0	0	logfile
✘	7XYB	33516	2023-11-18	2022-06-01	3.7	4.48	3.71	3.3	0.005	0.75	1.0	0.05	16.21	0.00	1.956	17.39	0.62	4.8	95.0	0.2	-0.49	0.87	0.82	1.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22525	3187	10	65	1	0	0	logfile
✘	7CZY	30521	2023-11-20	2020-09-09	3.3	3.38	—	3.3	0.011	1.02	0.0	0.07	17.97	0.01	1.865	25.79	12.01	10.3	87.0	2.6	-3.80	0.62	0.70	1.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31186	3880	33	0	76	0	0	logfile
✘	8GVC	34290	2023-11-14	2022-09-14	2.89	3.10	2.90	3.2	0.002	0.48	0.0	0.04	14.66	0.00	1.670	13.40	1.14	2.0	97.8	0.2	2.06	0.64	0.82	2.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8080	1022	4	0	2	0	0	logfile
✘	7EW0	31343	2023-11-15	2021-05-24	3.42	4.10	—	4.1	0.003	0.63	0.0	0.04	14.13	0.00	2.087	6.86	0.71	2.9	97.1	0.0	-1.47	0.59	0.76	1.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8987	1142	6	0	1	0	0	logfile
✘	7PXG	13702	2023-11-20	2021-10-08	2.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28664	3540	8	0	32	0	0	logfile
✘	7K9X	22755	2023-11-15	2020-09-29	3.8	3.44	—	3.7	0.008	0.96	0.0	0.05	15.20	0.01	2.254	6.36	6.12	3.8	96.2	0.0	-1.99	0.79	0.81	0.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10472	1372	4	0	0	0	0	logfile
✘	6PLR	20373	2023-11-16	2019-07-01	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14685	1735	15	0	75	0	0	logfile
✘	8ERA	28551	2023-11-20	2022-10-11	2.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29054	3644	6	0	2	0	0	logfile
✘	6PLU	20376	2023-11-16	2019-07-01	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14665	1720	15	0	80	0	0	logfile
✘	7YMi	33929	2023-11-17	2022-07-28	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	68428	6610	60	0	394	0	0	logfile
✘	7FiZ	31607	2023-11-22	2021-08-01	3.28	3.80	—	3.6	0.008	1.14	3.0	0.06	10.85	0.01	2.212	6.62	0.31	6.9	92.9	0.2	-4.01	0.66	0.60	1.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.68	—	—	—	1.38	36970	4674	12	0	27	0	0	logfile
✘	7QFQ	13947	2023-11-15	2021-12-06	3.6	3.83	3.58	4.0	0.002	0.54	0.0	0.04	12.93	0.00	2.177	8.31	0.00	5.4	94.6	0.0	-0.70	0.65	0.70	1.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10659	1291	1	0	0	0	0	logfile
✘	6VMS	21243	2023-11-14	2020-01-28	3.8	3.48	—	3.7	0.013	0.83	0.0	0.04	11.21	0.00	2.082	5.72	0.00	2.3	97.7	0.0	-0.27	0.57	0.71	1.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8953	1135	5	0	1	0	0	logfile
✘	7DXB	30903	2023-11-18	2021-01-18	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24244	2952	8	0	32	0	0	logfile

• ← previous
• Page 5 of 528
• next →