Table showing results for December 2022

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6YUZ	10936	2022-12-18	2020-04-27	2.8	2.85	2.72	2.9	0.006	0.55	1.0	0.04	13.88	0.00	2.235	6.15	2.33	3.8	95.9	0.3	-3.67	0.66	0.85	3.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9782	1188	4	0	10	0	0	logfile
✘	7KDK	22825	2022-12-18	2020-10-08	2.8	3.18	—	3.1	0.013	1.77	8.0	0.10	12.82	0.01	2.490	0.43	0.12	5.2	94.7	0.1	-0.98	0.75	0.77	3.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23688	2916	21	0	63	0	0	logfile
✘	7CRB	30449	2022-12-18	2020-08-13	3.16	3.51	—	3.4	0.005	0.81	2.0	0.05	13.84	0.00	2.288	8.72	0.77	8.8	91.2	0.0	-2.29	0.75	0.82	3.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6806	851	2	0	0	0	0	logfile
✘	7AQD	11864	2022-12-19	2020-10-21	3.1	3.48	—	3.2	0.005	1.09	11.0	0.05	16.55	0.01	0.152	6.46	1.12	5.2	94.5	0.3	-2.11	0.78	0.72	1.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	94357	3543	32	3106	0	0	0	logfile
✘	7CUM	30472	2022-12-18	2020-08-23	3.52	3.83	—	3.8	0.007	1.14	3.0	0.08	14.62	0.01	1.183	10.92	0.34	7.1	92.9	0.0	-4.26	0.69	0.76	2.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22214	1358	4	0	19	0	10852	logfile
✘	6YAC	10746	2022-12-20	2020-03-12	2.5	2.57	—	2.5	0.025	2.74	2.0	0.12	21.32	0.02	1.192	16.75	0.48	6.3	93.5	0.2	-2.59	0.72	0.84	3.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	38469	3332	45	0	243	56	0	logfile
✘	7KC2	22805	2022-12-18	2020-10-04	2.67	3.44	—	3.4	0.008	0.70	0.0	0.05	13.47	0.00	2.216	9.56	0.00	5.2	94.8	0.0	-2.73	0.76	0.82	3.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10192	1388	12	0	12	4	0	logfile
✘	6TU7	10590	2022-12-18	2020-01-03	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7D0J	30536	2022-12-19	2020-09-10	3.42	3.77	—	3.7	0.011	1.27	0.0	0.09	18.65	0.01	1.058	17.22	0.04	9.4	90.3	0.3	-2.31	0.77	0.79	2.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	68860	5923	56	0	453	0	0	logfile
✘	6WLW	21844	2022-12-18	2020-04-20	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22145	2749	35	0	61	0	0	logfile
✘	6PLR	20373	2022-12-18	2019-07-01	3.2	3.44	—	3.4	0.007	0.93	0.0	0.05	8.76	0.01	1.522	4.62	0.00	3.8	96.2	0.0	-4.64	0.64	0.81	4.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14685	1735	15	0	75	0	0	logfile
✘	6PLV	20377	2022-12-18	2019-07-01	3.3	3.42	—	3.4	0.010	1.05	0.0	0.06	9.18	0.01	1.521	4.41	0.00	5.6	94.4	0.0	-5.00	0.68	0.84	4.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14655	1725	15	0	75	0	0	logfile
✘	7CM7	30403	2022-12-20	2020-07-25	2.6	2.33	—	2.7	0.004	0.84	0.0	0.05	8.33	0.01	2.319	3.35	0.00	4.1	95.9	0.0	-4.15	0.66	0.73	1.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39216	4960	16	0	8	0	0	logfile
✘	7CGY	30366	2022-12-18	2020-07-03	3.2	2.64	—	3.2	0.008	1.15	0.0	0.06	15.89	0.00	1.554	8.83	0.27	4.9	94.9	0.2	-4.82	0.46	0.82	2.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7212	915	6	0	6	0	0	logfile
✘	7K8S	22729	2022-12-18	2020-09-27	3.4	4.15	—	3.9	0.008	0.87	5.0	0.06	13.12	0.01	1.841	17.81	0.34	6.7	93.0	0.3	-1.35	0.80	0.84	2.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29649	3708	27	0	57	0	0	logfile
✘	7JRP	22448	2022-12-21	2020-08-12	3.8	3.87	—	3.9	0.008	0.87	0.0	0.05	15.33	0.01	1.282	11.98	0.11	7.4	92.5	0.1	0.07	0.61	0.85	2.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	45166	5472	46	0	57	0	0	logfile
✘	6XP5	22284	2022-12-18	2020-07-08	4.2	4.73	—	4.3	0.004	0.90	0.0	0.05	14.32	0.00	2.131	15.02	0.27	15.9	83.2	0.9	-5.23	0.79	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21065	2707	15	0	221	0	0	logfile
✘	7JRo	22447	2022-12-18	2020-08-12	3.8	3.86	3.82	3.9	0.009	1.03	0.0	0.05	15.90	0.01	1.282	14.56	0.08	9.2	90.8	0.1	-0.46	0.61	0.85	2.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12747	1492	17	0	26	0	0	logfile
✘	7AKJ	11813	2022-12-18	2020-10-01	3.8	3.63	—	3.6	0.005	0.83	0.0	0.07	13.19	0.01	2.143	6.11	0.09	2.9	97.1	0.0	-1.03	0.79	0.79	2.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31812	3930	30	0	96	0	0	logfile
✘	6ZY5	11550	2022-12-18	2020-07-30	3.6	3.95	3.56	4.1	0.011	1.17	0.0	0.09	13.75	0.01	2.219	6.20	0.15	1.8	98.2	0.0	-0.64	0.73	0.74	0.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13504	1520	8	60	2	0	0	logfile

• ← previous
• Page 5 of 443
• next →