Table showing results for April 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7VGS	31978	2023-04-23	2021-09-18	2.8	3.28	—	3.3	0.002	0.66	0.0	0.04	12.19	0.01	2.230	9.89	0.38	7.0	93.0	0.0	-1.16	0.67	0.75	2.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9700	1254	6	0	0	0	0	logfile
✘	6W1J	21511	2023-04-24	2020-03-04	2.92	3.34	2.83	3.2	0.010	1.17	0.0	0.10	10.28	0.01	2.337	2.46	0.82	5.6	94.4	0.0	-5.20	0.76	0.88	4.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16861	1965	25	0	41	0	0	logfile
✘	7Wo4	32638	2023-04-26	2022-01-20	4.47	3.18	—	3.4	0.003	0.48	0.0	0.04	8.44	0.00	2.234	5.78	3.89	6.1	93.9	0.0	-3.76	0.83	0.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	71208	9096	24	0	90	0	0	logfile
✘	7Wo7	32641	2023-04-20	2022-01-20	3.8	3.99	—	3.9	0.003	0.71	0.0	0.04	11.20	0.00	2.163	6.93	8.82	9.7	90.3	0.0	-4.70	0.72	0.74	1.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4870	634	3	0	1	0	0	logfile
✘	6VUM	21390	2023-04-23	2020-02-16	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14388	1636	8	0	22	0	0	logfile
✘	6KMX	0727	2023-04-23	2019-08-01	2.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	65112	5919	72	0	363	636	0	logfile
✘	7ZUB	14971	2023-04-28	2022-05-12	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28082	1722	7	0	7	0	14035	logfile
✘	7STX	25438	2023-04-20	2021-11-15	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8611	1049	5	0	30	0	0	logfile
✘	7B05	11957	2023-04-25	2020-11-18	3.8	3.93	—	3.8	0.009	0.82	0.0	0.04	15.44	0.00	2.267	8.97	0.00	8.1	91.9	0.0	-0.12	0.81	0.85	2.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21056	2580	8	0	12	0	0	logfile
✘	7VYH	32205	2023-04-28	2021-11-14	2.9	3.02	—	3.1	0.007	0.74	0.0	0.05	14.31	0.01	2.198	8.58	0.00	3.6	96.3	0.1	0.11	0.75	0.86	3.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27933	3488	27	0	16	0	0	logfile
✘	7QiC	13987	2023-04-20	2021-12-14	4.1	4.27	4.00	4.2	0.003	0.65	0.0	0.04	12.83	0.00	2.221	13.06	0.20	7.7	92.3	0.0	-0.78	0.64	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4841	639	4	0	1	0	0	logfile
✘	7SB2	24961	2023-04-20	2021-09-23	3.4	3.66	3.14	3.3	0.007	0.79	0.0	0.04	14.92	0.00	2.178	23.65	0.00	8.4	91.4	0.2	-0.29	0.83	0.84	1.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4715	598	2	0	0	0	0	logfile
✘	6UZV	20963	2023-04-27	2019-11-15	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72606	6711	60	0	408	0	0	logfile
✘	5BK4	9400	2023-04-22	2017-09-12	3.9	4.14	—	4.1	0.008	1.24	0.0	0.06	14.44	0.01	2.234	5.12	1.24	12.2	87.6	0.2	-4.81	0.81	0.79	2.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	62482	7636	22	120	8	0	0	logfile
✘	6HYD	0308	2023-04-22	2018-10-19	3.9	4.01	—	4.0	0.004	0.85	0.0	0.05	9.33	0.01	2.319	2.63	0.24	5.7	94.0	0.3	-6.69	0.74	0.77	2.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12168	1543	1	0	31	0	0	logfile
✘	7ZL1	14774	2023-04-28	2022-04-13	2.5	2.06	2.45	2.4	0.007	0.88	0.0	0.06	14.64	0.01	2.033	2.59	0.65	5.7	93.3	1.0	-0.02	0.73	0.86	6.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27257	1720	24	0	8	379	13574	logfile
✘	7UV9	26809	2023-04-23	2022-04-29	3.2	2.64	3.07	3.0	0.009	0.89	0.0	0.06	26.20	0.01	1.561	5.75	0.30	1.4	98.6	0.0	1.22	0.77	0.75	1.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15342	1164	11	292	2	0	0	logfile
✘	6S5T	10100	2023-04-20	2019-07-02	4.15	4.28	4.17	4.2	0.007	1.48	3.0	0.09	17.31	0.00	2.450	5.08	3.93	7.1	92.4	0.6	-4.05	0.75	0.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6958	896	3	0	1	0	0	logfile
✘	8EAG	27975	2023-04-26	2022-08-29	3.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24218	3008	17	9	14	12	0	logfile
✘	8EAi	27977	2023-04-26	2022-08-29	2.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24218	3008	17	9	14	12	0	logfile

• ← previous
• Page 6 of 372
• next →