cryo-EM Re-Refine

Table showing results for November 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	Logfile
✘	5GL0	9520	2023-11-14	2016-07-07	4.2	4.40	—	4.2	0.018	1.72	17.0	0.10	11.34	0.01	1.957	21.25	0.51	6.5	90.6	2.9	-2.58	0.74	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	111000	15068	12	0	4	0	logfile
✘	7CP9	30421	2023-11-14	2020-08-06	3.0	3.22	—	3.2	0.007	1.24	0.0	0.04	16.75	0.00	2.183	8.57	7.05	6.5	93.5	0.0	-2.50	0.57	0.74	2.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8530	1021	16	0	11	0	logfile
✘	8EE6	28047	2023-11-16	2022-09-06	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14475	1808	5	0	37	0	logfile
✘	8ED8	28032	2023-11-21	2022-09-03	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32229	3872	12	0	81	0	logfile
✘	6N7R	0361	2023-11-21	2018-11-28	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35750	2908	19	568	91	0	logfile
✘	6PLT	20375	2023-11-16	2019-07-01	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14445	1725	15	0	60	0	logfile
✘	5GKZ	9519	2023-11-14	2016-07-07	4.0	4.10	—	4.0	0.019	1.71	36.0	0.11	11.29	0.01	1.755	15.04	0.51	6.5	91.2	2.3	-2.89	0.72	0.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	111000	15068	12	0	4	0	logfile
✘	7N4U	24178	2023-11-16	2021-06-04	3.34	3.91	—	3.8	0.014	1.80	0.0	0.29	15.32	0.01	2.102	4.84	1.79	5.3	94.5	0.2	-2.74	0.58	0.74	1.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15396	1906	10	0	28	0	logfile
✘	8AD1	15357	2023-11-19	2022-07-07	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28169	3403	9	71	3	0	logfile
✘	3J8H	2807	2023-11-14	2014-10-26	3.8	3.95	—	3.8	0.006	1.31	4.0	0.05	10.89	0.01	1.488	33.49	2.47	5.3	92.8	1.9	-2.06	0.65	0.64	1.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	111160	12796	12	0	2276	0	logfile
✘	7P48	13191	2023-11-20	2021-07-09	2.9	2.80	2.94	2.8	0.020	1.48	19.0	0.07	17.99	0.01	1.822	12.33	0.92	13.5	86.2	0.4	-5.47	0.77	0.78	2.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	138826	5925	57	4329	7	0	logfile
✘	7o4L	12722	2023-11-21	2021-04-06	3.4	3.17	3.35	3.1	0.002	0.45	0.0	0.04	14.06	0.00	2.001	4.13	0.00	2.3	97.7	0.0	2.39	0.69	0.73	2.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35159	4330	25	20	15	0	logfile
✘	6U8Q	20689	2023-11-18	2019-09-05	4.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21129	2442	18	96	6	0	logfile
✘	8DGC	27421	2023-11-19	2022-06-23	3.4	3.02	3.70	3.0	0.006	0.96	2.0	0.05	13.60	0.01	1.993	1.47	0.14	1.9	98.1	0.0	-0.33	0.51	0.52	1.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	81600	10216	16	0	16	0	logfile
✘	8DPN	27639	2023-11-16	2022-07-15	2.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16067	1998	12	0	8	40	logfile
✘	7CUB	30471	2023-11-14	2020-08-22	2.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9842	1199	7	0	9	13	logfile
✘	7RR9	24656	2023-11-14	2021-08-09	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9094	1120	4	0	8	0	logfile
✘	7WDB	32436	2023-11-18	2021-12-21	2.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22400	2660	8	0	28	0	logfile
✘	7WZN	32907	2023-11-19	2022-02-18	4.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27190	3726	30	0	211	0	logfile
✘	7Y8A	33683	2023-11-13	2022-06-23	2.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53404	4518	49	0	502	0	logfile