cryo-EM Re-Refine

Table showing results for April 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# other	# water	# H	Logfile
✘	7Pi0	13429	2023-04-28	2021-08-19	2.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	77465	7442	133	354	1724	0	logfile
✘	7Pi5	13430	2023-04-28	2021-08-19	2.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	76287	7455	123	343	718	0	logfile
✘	7RBV	24403	2023-04-29	2021-07-06	3.6	3.85	—	3.8	0.005	0.79	0.0	0.05	13.64	0.00	2.167	6.90	0.19	8.0	91.8	0.2	-1.94	0.72	0.74	2.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30431	3718	40	111	0	0	logfile
✘	8APA	15563	2023-04-27	2022-08-09	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	126495	7873	60	36	0	62392	logfile
✘	7oY8	13110	2023-04-26	2021-06-23	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22902	2293	103	68	372	0	logfile
✘	8APK	15573	2023-04-27	2022-08-09	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	126493	7873	61	36	0	62392	logfile
✘	6XP5	22284	2023-04-25	2020-07-08	4.2	4.73	—	4.3	0.004	0.90	0.0	0.05	14.32	0.00	2.131	14.90	0.27	15.9	83.2	0.9	-5.23	0.79	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21065	2707	15	221	0	0	logfile
✘	7XTC	33446	2023-04-23	2022-05-16	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16301	1038	5	2	0	8097	logfile
✘	8B14	15802	2023-04-24	2022-09-09	2.6	2.13	2.61	2.0	0.007	0.68	0.0	0.05	16.80	0.01	2.163	5.79	0.79	2.8	97.2	0.0	0.27	0.80	0.81	5.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18810	1243	3	2	0	9112	logfile
✘	6ZZX	11588	2023-04-21	2020-08-05	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	56369	4684	68	403	99	0	logfile
✘	7JRo	22447	2023-04-22	2020-08-12	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12747	1492	17	26	0	0	logfile
✘	7DXA	30902	2023-04-23	2021-01-18	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15162	1629	23	50	0	0	logfile
✘	6ZZY	11589	2023-04-20	2020-08-05	3.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	54609	4594	44	379	0	0	logfile
✘	7RBU	24402	2023-04-20	2021-07-06	3.7	2.38	—	2.2	0.006	0.80	0.0	0.05	12.53	0.00	2.167	6.95	0.00	9.1	90.7	0.2	-2.50	0.74	0.77	4.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4107	510	6	7	0	0	logfile
✘	7UT7	26757	2023-04-24	2022-04-26	1.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16442	1998	12	8	415	0	logfile
✘	8APE	15567	2023-04-27	2022-08-09	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	126495	7873	60	36	0	62392	logfile
✘	7KHR	22880	2023-04-22	2020-10-21	3.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	61913	8212	44	36	0	0	logfile
✘	8APB	15564	2023-04-27	2022-08-09	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	126495	7873	61	36	0	62392	logfile
✘	8HJ9	34835	2023-04-20	2022-11-22	3.12	3.29	3.00	3.2	0.004	0.65	0.0	0.04	15.54	0.00	2.234	10.94	0.00	2.7	97.3	0.0	1.80	0.43	0.76	3.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3274	416	1	1	0	0	logfile
✘	7XL4	33272	2023-04-27	2022-04-21	3.86	3.92	—	3.8	0.001	0.36	0.0	0.04	9.42	0.00	2.274	4.13	0.00	1.4	98.6	0.0	-4.82	0.78	0.75	1.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24560	3479	8	3	0	0	logfile