cryo-EM Re-Refine

Table showing results for July 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	Logfile
✘	7RL9	24522	2023-07-16	2021-07-23	3.3	3.87	—	3.6	0.003	0.73	0.0	0.04	11.05	0.00	2.210	9.51	0.00	8.1	91.6	0.3	-1.82	0.82	0.81	1.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35220	4464	12	0	12	0	logfile
✘	6VVY	21407	2023-07-14	2020-02-18	3.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30033	3516	12	130	4	0	logfile
✘	6ADQ	9610	2023-07-19	2018-08-01	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	48946	6026	44	0	74	0	logfile
✘	6KAF	9957	2023-07-19	2019-06-22	3.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	104363	9607	104	0	552	0	logfile
✘	6YEZ	10798	2023-07-17	2020-03-25	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39217	3438	35	0	244	2	logfile
✘	7XSQ	33431	2023-07-08	2022-05-15	2.88	2.17	2.83	2.1	0.009	0.93	3.0	0.06	17.11	0.01	2.157	2.60	2.74	6.1	93.8	0.1	-2.88	0.77	0.75	2.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16573	1967	4	34	4	0	logfile
✘	7DXE	30906	2023-07-10	2021-01-18	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22280	2740	8	0	20	0	logfile
✘	6CFW	7468	2023-07-09	2018-02-17	3.7	3.82	—	3.8	0.010	1.27	1.0	0.07	12.05	0.01	1.968	4.52	1.60	10.7	89.0	0.4	-4.93	0.70	0.86	3.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19589	2530	17	0	4	0	logfile
✘	6TRC	10558	2023-07-12	2019-12-18	2.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	75591	6849	99	0	402	651	logfile
✘	7KVE	23048	2023-07-06	2020-11-27	3.3	3.69	3.38	3.6	0.005	0.82	2.0	0.05	14.67	0.00	2.204	17.32	0.57	18.2	81.4	0.4	-5.88	0.75	0.73	2.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11142	1374	1	0	0	0	logfile
✘	3JAF	6346	2023-07-07	2015-06-08	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13865	1710	15	0	15	0	logfile
✘	7XYA	33515	2023-07-12	2022-06-01	3.3	3.39	3.24	3.2	0.004	0.68	1.0	0.04	18.79	0.00	1.962	11.59	1.00	4.0	95.9	0.0	-0.19	0.81	0.84	1.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26550	3479	11	126	1	0	logfile
✘	6PLV	20377	2023-07-07	2019-07-01	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14655	1725	15	0	75	0	logfile
✘	7UEB	26471	2023-07-17	2022-03-21	3.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37570	4006	25	0	106	0	logfile
✘	6UZZ	20965	2023-07-08	2019-11-16	3.1	3.48	—	3.4	0.009	0.92	0.0	0.06	10.61	0.01	2.325	2.53	0.24	1.8	98.0	0.2	-4.22	0.60	0.81	3.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15832	1984	12	0	8	0	logfile
✘	7LUM	23522	2023-07-06	2021-02-22	4.5	4.68	—	4.6	0.007	0.85	0.0	0.05	14.02	0.00	1.970	26.15	0.00	7.5	92.3	0.2	-0.70	0.79	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	63978	8374	16	0	0	0	logfile
✘	6PSW	20466	2023-07-15	2019-07-13	3.7	3.46	—	3.5	0.008	0.89	0.0	0.05	18.69	0.00	1.987	42.40	0.40	11.4	88.4	0.2	-4.03	0.69	0.78	1.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32695	3831	13	124	6	0	logfile
✘	7ZG7	14705	2023-07-17	2022-04-02	1.77	1.79	1.79	1.8	0.004	0.74	0.0	0.04	14.44	0.01	1.952	3.06	0.00	1.8	98.2	0.0	3.49	0.77	0.86	9.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39086	4128	72	0	382	2680	logfile
✘	6PNJ	20397	2023-07-11	2019-07-02	3.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	71511	6660	60	0	420	0	logfile
✘	7NJ1	12369	2023-07-06	2021-02-14	2.9	2.23	—	1.9	0.005	0.70	1.0	0.05	13.54	0.00	2.211	9.26	1.09	7.4	92.4	0.2	-2.39	0.75	0.73	2.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11096	1501	2	0	0	0	logfile