Table showing results for November 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6ZY9	11555	2023-11-16	2020-07-30	3.3	3.42	—	3.5	0.004	0.81	0.0	0.05	12.81	0.01	2.174	2.45	0.25	4.7	95.3	0.0	-5.76	0.62	0.71	1.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14973	1985	14	0	4	0	0	logfile
✘	5GW4	9540	2023-11-15	2016-09-08	4.7	4.89	—	4.8	0.001	0.42	0.0	0.04	7.26	0.00	2.187	6.49	0.00	4.3	95.6	0.1	-3.58	0.77	0.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64544	8446	16	0	0	0	0	logfile
✘	6oMB	20124	2023-11-18	2019-04-18	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21815	2775	11	0	48	0	0	logfile
✘	7DK4	30702	2023-11-21	2020-11-23	3.8	3.20	—	3.4	0.003	0.55	0.0	0.04	7.92	0.00	2.106	1.33	0.15	2.8	97.2	0.0	-3.26	0.58	0.47	1.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	34707	4470	9	0	0	0	0	logfile
✘	7V26	31637	2023-11-21	2021-08-07	3.85	3.78	—	3.8	0.003	0.53	0.0	0.04	10.87	0.00	2.234	7.30	0.16	5.3	94.7	0.0	-3.84	0.87	0.77	1.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35157	4506	12	0	45	0	0	logfile
✘	7E0H	30932	2023-11-14	2021-01-28	3.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8017	661	6	0	57	0	0	logfile
✘	7ZR8	14886	2023-11-13	2022-05-03	3.7	3.81	3.43	3.8	0.003	0.46	0.0	0.04	8.45	0.00	2.181	7.02	0.74	3.9	96.1	0.0	-0.94	0.72	0.82	2.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3693	471	4	0	1	0	0	logfile
✘	6UZV	20963	2023-11-18	2019-11-15	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72606	6711	60	0	408	0	0	logfile
✔	6UES	20755	2023-11-13	2019-09-23	3.7	3.94	—	3.2	0.002	0.48	0.0	0.02	17.15	0.00	2.100	7.29	0.00	0.0	0.0	0.0	—	0.87	0.76	—	3.3	0.007	0.89	0.0	0.04	21.28	0.01	1.783	38.25	0.00	0.0	0.0	0.0	—	1.34	0.88	0.83	—	3842	0	1	119	0	0	1291	logfile
✘	7MW6	24064	2023-11-21	2021-05-15	3.22	2.55	—	1.7	0.005	0.84	1.0	0.09	12.90	0.01	1.556	11.05	0.13	5.1	94.2	0.7	-1.15	0.80	0.77	2.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35247	4446	45	0	87	0	0	logfile
✘	7XL4	33272	2023-11-18	2022-04-21	3.86	3.92	—	3.8	0.001	0.36	0.0	0.04	9.42	0.00	2.274	4.13	0.00	1.4	98.6	0.0	-4.82	0.78	0.75	1.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24560	3479	8	0	3	0	0	logfile
✘	6Z16	11027	2023-11-20	2020-05-12	2.98	2.98	—	3.1	0.008	1.13	0.0	0.06	12.51	0.01	2.238	3.49	0.10	4.5	95.5	0.0	-2.64	0.73	0.83	3.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30250	3744	24	0	30	0	0	logfile
✘	7Lo6	23462	2023-11-17	2021-02-09	3.9	4.03	—	3.8	0.011	0.99	0.0	0.07	14.12	0.01	1.951	19.52	0.64	12.9	87.1	0.0	-5.44	0.85	0.85	2.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18006	2198	27	0	62	0	0	logfile
✘	5NiK	3652	2023-11-21	2017-03-24	3.3	3.47	—	3.4	0.010	1.29	0.0	0.04	10.30	0.01	0.941	22.00	0.24	6.4	91.6	1.9	-1.88	0.64	0.59	1.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35215	4582	11	0	0	0	0	logfile
✘	3JC6	6534	2023-11-18	2015-11-24	3.7	4.01	—	3.9	0.009	1.54	0.0	0.06	12.91	0.01	1.203	39.73	0.87	9.8	89.0	1.1	-3.87	0.79	0.76	1.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23732	2953	12	0	1	0	0	logfile
✘	6K0A	30036	2023-11-18	2019-05-05	4.6	4.81	—	4.5	0.003	0.70	0.0	0.04	15.45	0.01	2.316	2.94	0.83	5.3	94.7	0.0	-4.65	0.80	0.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22276	1364	14	516	2	0	0	logfile
✘	6PM5	20388	2023-11-16	2019-07-01	3.1	3.38	—	3.4	0.002	0.49	0.0	0.06	6.82	0.00	2.275	4.99	0.00	2.4	97.6	0.0	-4.42	0.52	0.78	3.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13975	1735	15	0	15	0	0	logfile
✘	7A95	11685	2023-11-20	2020-09-01	4.3	4.83	4.39	4.3	0.003	0.47	2.0	0.04	5.77	0.00	2.226	3.53	0.90	11.0	89.0	0.0	-4.57	0.87	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29887	3794	4	0	0	0	0	logfile
✘	6RBD	4792	2023-11-19	2019-04-10	3.47	3.74	3.51	2.5	0.006	0.97	0.0	0.05	16.65	0.01	2.223	6.31	0.28	5.3	94.6	0.0	-3.01	0.90	0.81	1.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	81048	5450	35	1777	0	0	0	logfile
✘	7NiB	12353	2023-11-21	2021-02-11	3.51	3.80	—	3.6	0.007	0.78	0.0	0.05	11.53	0.00	2.108	14.77	0.00	4.0	96.0	0.0	-1.37	0.77	0.85	2.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35037	4543	8	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 6 of 528
• next →