cryo-EM Re-Refine

Table showing results for July 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8BDR	15984	2023-07-16	2022-10-19	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36256	2173	8	43	3	0	17940	logfile
✘	7SPi	24771	2023-07-04	2021-11-02	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7ZEC	14689	2023-07-05	2022-03-30	3.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8987	1148	2	0	3	0	0	logfile
✘	8DH6	27430	2023-07-06	2022-06-25	2.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12901	1560	16	0	17	0	0	logfile
✘	7ZKA	14760	2023-07-05	2022-04-12	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9406	1177	1	0	9	4	0	logfile
✘	7DWQ	30882	2023-07-09	2021-01-17	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19961	1943	18	0	100	0	0	logfile
✘	7ToS	26037	2023-07-19	2022-01-24	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7KHR	22880	2023-07-05	2020-10-21	3.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	61913	8212	44	0	36	0	0	logfile
✘	7oUi	13078	2023-07-14	2021-06-11	2.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	84427	8342	108	0	374	139	0	logfile
✘	7WG5	32477	2023-07-05	2021-12-28	3.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	112687	11759	92	0	545	0	0	logfile
✘	7VFS	31958	2023-07-09	2021-09-13	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19764	2383	8	0	41	0	0	logfile
✘	7ZDG	14645	2023-07-05	2022-03-29	2.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9007	1157	2	0	1	0	0	logfile
✘	8APH	15571	2023-07-11	2022-08-09	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	126490	7873	60	0	36	0	62387	logfile
✘	8i5Y	35198	2023-07-07	2023-01-26	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13617	1565	9	0	39	6	0	logfile
✘	7WSU	32767	2023-07-05	2022-02-01	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9440	1202	4	0	8	0	0	logfile
✘	8ENN	28274	2023-07-08	2022-09-30	2.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16749	1974	12	0	9	858	0	logfile
✘	8CRS	26957	2023-07-08	2022-05-11	2.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17888	1998	12	0	12	1692	0	logfile
✘	7ZQ9	14867	2023-07-05	2022-04-29	2.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	92130	4713	47	0	397	88	35670	logfile
✘	6o7K	0643	2023-07-04	2019-03-08	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-2.76	—	—	—	4.3	0.004	0.69	0.0	0.04	15.44	0.00	2.073	20.70	0.00	8.3	91.3	0.4	-1.56	—	0.90	0.84	—	57748	2934	25	1622	0	0	0	logfile
✘	6JZo	9898	2023-07-10	2019-05-03	3.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21405	2657	8	0	12	0	0	logfile