Table showing results for July 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6oo3	20143	2023-07-09	2019-04-22	2.9	3.02	2.79	3.0	0.014	1.22	0.0	0.06	9.99	0.01	2.495	2.15	0.00	3.1	96.9	0.0	-2.84	0.68	0.85	4.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18236	2404	8	0	4	0	0	logfile
✘	6NQ2	0479	2023-07-05	2019-01-18	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10140	1242	4	0	2	0	0	logfile
✘	7TJ9	25920	2023-07-06	2022-01-14	2.9	3.19	—	3.1	0.017	1.02	0.0	0.06	15.70	0.01	2.167	6.06	0.09	5.0	95.0	0.0	0.12	0.56	0.82	2.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10975	1273	5	0	24	0	0	logfile
✘	7VoY	32062	2023-07-10	2021-10-15	4.2	3.14	—	3.1	0.009	0.97	0.0	0.10	14.41	0.01	2.056	16.17	1.25	4.6	95.4	0.0	0.99	0.45	0.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22119	2479	71	0	44	0	0	logfile
✘	7XQi	33397	2023-07-05	2022-05-07	3.7	4.27	3.41	4.0	0.006	0.72	0.0	0.04	14.16	0.00	2.304	5.68	2.27	2.1	97.9	0.0	-2.27	0.76	0.86	3.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9582	1176	6	0	0	0	0	logfile
✘	6oS9	20180	2023-07-06	2019-05-01	3.0	3.41	—	3.4	0.010	1.08	0.0	0.06	10.14	0.01	2.240	5.39	0.21	4.9	95.1	0.0	-2.70	0.67	0.82	3.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8969	1152	6	0	0	0	0	logfile
✘	7VB7	31874	2023-07-13	2021-08-30	2.4	2.41	—	2.4	0.007	0.77	1.0	0.05	16.42	0.01	1.988	6.35	1.28	3.0	96.9	0.1	0.48	0.76	0.90	5.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29279	3543	45	0	19	736	0	logfile
✘	7D72	30599	2023-07-16	2020-10-02	3.4	3.58	—	3.5	0.009	1.23	4.0	0.07	17.20	0.01	1.640	10.15	8.56	4.9	94.8	0.2	-2.44	0.74	0.83	2.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35458	4505	27	0	15	6	0	logfile
✘	7Fii	31598	2023-07-05	2021-07-31	4.3	4.37	—	4.1	0.002	0.36	0.0	0.04	8.97	0.00	2.073	1.66	0.00	0.9	99.1	0.0	3.08	0.64	0.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8765	1522	6	0	0	0	0	logfile
✘	7WYB	32890	2023-07-04	2022-02-15	2.97	2.33	—	2.1	0.005	0.80	0.0	0.05	12.35	0.00	2.176	5.06	0.00	7.0	93.0	0.0	-1.33	0.66	0.61	1.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8757	1115	5	0	0	0	0	logfile
✘	7W0P	32247	2023-07-06	2021-11-18	3.16	2.41	3.26	3.2	0.003	0.65	0.0	0.04	12.42	0.00	2.199	12.84	0.00	6.6	93.3	0.1	-0.97	0.67	0.67	2.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9091	1158	6	0	0	0	0	logfile
✘	7BKD	12210	2023-07-11	2021-01-15	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24799	3177	18	0	26	0	0	logfile
✘	6NQ0	0477	2023-07-05	2019-01-18	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10140	1242	4	0	2	0	0	logfile
✘	8i5G	35194	2023-07-06	2023-01-25	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13389	1565	8	0	29	5	0	logfile
✘	7PD3	13329	2023-07-03	2021-08-04	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	108076	9276	76	1522	125	0	0	logfile
✘	6SNH	10257	2023-07-05	2019-08-24	3.9	4.16	—	3.9	0.008	1.24	1.0	0.06	14.34	0.00	2.181	19.70	1.49	11.0	88.9	0.1	-4.30	0.65	0.71	2.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7315	918	4	0	1	1	0	logfile
✘	6CNF	7533	2023-07-19	2018-03-08	4.5	4.70	—	4.4	0.006	1.16	9.0	0.06	13.86	0.01	1.905	40.19	0.74	17.9	80.5	1.6	-5.23	0.74	0.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	47675	5695	27	104	69	0	0	logfile
✘	6NR3	0488	2023-07-12	2019-01-22	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25180	3232	8	0	196	0	0	logfile
✘	6TRD	10559	2023-07-12	2019-12-18	3.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	74991	6849	84	0	402	51	0	logfile
✘	7LUM	23522	2023-07-06	2021-02-22	4.5	4.68	—	4.6	0.007	0.85	0.0	0.05	14.02	0.00	1.970	26.15	0.00	7.5	92.3	0.2	-0.70	0.79	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	63978	8374	16	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 7 of 500
• next →