Table showing results for July 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7VZR	32229	2023-07-10	2021-11-16	2.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21354	2266	22	0	117	6	0	logfile
✘	7D73	30600	2023-07-16	2020-10-02	3.0	2.48	—	2.7	0.011	1.23	7.0	0.07	19.92	0.01	1.302	10.00	10.36	6.3	93.4	0.3	-3.01	0.55	0.71	2.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35292	4495	24	0	12	0	0	logfile
✘	8F0A	28754	2023-07-09	2022-11-02	2.6	3.77	2.61	3.4	0.031	1.77	0.0	0.13	9.86	0.01	2.388	0.56	0.00	0.8	99.2	0.0	0.72	0.68	0.66	4.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18060	1212	9	0	0	0	9189	logfile
✘	6oF3	20041	2023-07-06	2019-03-28	3.0	2.82	—	3.7	0.008	1.59	2.0	0.08	14.70	0.01	2.058	3.96	0.85	16.1	81.9	2.0	-4.36	0.70	0.65	0.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11096	1430	6	0	4	0	0	logfile
✘	6ZLT	11273	2023-07-11	2020-07-01	3.9	3.82	—	3.8	0.005	0.82	0.0	0.05	15.48	0.01	2.198	6.02	0.98	8.0	92.0	0.0	-4.15	0.80	0.79	2.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23386	2970	4	0	0	0	0	logfile
✘	7XAV	33100	2023-07-04	2022-03-19	2.87	3.03	2.89	3.1	0.009	1.05	0.0	0.06	14.14	0.01	1.494	7.90	0.71	8.3	91.7	0.0	-4.66	0.63	0.77	2.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8410	1140	6	0	1	0	0	logfile
✘	6WB0	21583	2023-07-04	2020-03-26	4.2	4.26	—	4.2	0.002	0.51	0.0	0.04	11.69	0.00	2.131	11.89	0.81	4.1	95.9	0.0	-4.46	0.79	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8518	948	4	77	0	0	0	logfile
✘	7PQ5	13587	2023-07-04	2021-09-16	3.17	3.58	3.09	3.4	0.005	0.85	0.0	0.05	15.55	0.01	2.255	3.50	2.82	4.5	95.3	0.2	-0.13	0.85	0.87	5.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8512	1047	1	0	0	0	0	logfile
✘	7DSX	30849	2023-07-06	2021-01-03	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-2.95	—	—	2.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11106	1388	6	0	8	0	0	logfile
✘	8E4L	27891	2023-07-04	2022-08-18	3.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	54556	3592	8	0	16	0	26580	logfile
✘	6LSS	0964	2023-07-16	2020-01-20	3.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	140545	7369	67	3750	250	16	0	logfile
✘	6LSR	0963	2023-07-16	2020-01-20	3.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	141172	7581	57	3757	246	7	0	logfile
✘	6NQ0	0477	2023-07-05	2019-01-18	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10140	1242	4	0	2	0	0	logfile
✘	6P19	20234	2023-07-13	2019-05-19	3.8	3.94	3.94	3.8	0.008	0.92	0.0	0.06	16.49	0.01	2.061	7.97	0.46	6.1	93.9	0.0	-3.93	0.84	0.82	1.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27416	3323	10	66	3	0	0	logfile
✘	6CMX	7526	2023-07-05	2018-03-06	3.1	3.31	—	3.3	0.009	1.01	0.0	0.14	10.09	0.01	1.638	21.48	1.51	9.6	90.2	0.2	-3.85	0.72	0.76	3.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10139	1300	4	0	17	0	0	logfile
✘	6X2L	22011	2023-07-05	2020-05-20	2.85	2.95	—	2.9	0.009	0.96	0.0	0.06	13.68	0.01	2.078	2.99	0.00	2.5	97.5	0.0	-6.46	0.64	0.88	2.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9396	1233	3	0	0	0	0	logfile
✘	8EAF	27974	2023-07-13	2022-08-29	2.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28500	3534	18	11	16	15	0	logfile
✘	6XZR	10666	2023-07-07	2020-02-05	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7WGX	32491	2023-07-12	2021-12-29	3.5	3.82	—	3.8	0.017	1.20	0.0	0.05	13.43	0.00	2.256	4.67	0.00	3.9	95.6	0.5	-0.06	0.79	0.83	2.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25629	3165	21	0	60	0	0	logfile
✘	6oo5	20146	2023-07-08	2019-04-22	4.2	4.30	4.10	4.2	0.012	1.05	0.0	0.06	9.23	0.01	2.246	3.18	0.00	4.5	95.5	0.0	-2.74	0.65	0.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17548	2440	8	0	4	0	0	logfile

• ← previous
• Page 7 of 500
• next →