Table showing results for August 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8AYH	15713	2023-08-15	2022-09-02	3.35	3.45	3.40	3.4	0.007	0.91	0.0	0.06	14.44	0.01	2.114	5.00	0.65	6.5	93.4	0.1	-4.12	0.83	0.85	2.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19109	2414	5	0	2	0	0	logfile
✘	6oES	20036	2023-08-14	2019-03-27	3.06	3.17	—	3.1	0.005	0.77	2.0	0.05	19.56	0.01	2.226	4.56	2.87	3.4	96.4	0.2	-3.12	0.81	0.83	3.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16829	1784	14	128	4	2	0	logfile
✘	7WU5	32820	2023-08-10	2022-02-05	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6948	888	4	0	2	0	0	logfile
✘	6UXA	20931	2023-08-11	2019-11-07	4.5	5.05	—	6.0	0.005	0.77	0.0	0.06	4.56	0.00	2.628	0.00	0.00	3.8	96.2	0.0	-2.56	0.71	0.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10344	2104	8	0	0	0	0	logfile
✘	7F7F	31487	2023-08-12	2021-06-29	3.81	3.37	—	3.8	0.008	1.12	0.0	0.06	11.80	0.01	2.121	6.53	0.31	9.6	90.3	0.1	-5.60	0.64	0.70	2.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12076	1497	6	0	8	0	0	logfile
✔	6LHW	0901	2023-08-13	2019-12-10	4.84	5.29	—	4.6	0.008	1.37	1.0	0.05	5.28	0.00	1.530	14.43	0.00	0.0	0.0	0.0	—	0.64	0.56	—	4.6	0.008	1.29	0.0	0.04	6.56	0.00	2.027	44.00	0.00	0.0	0.0	0.0	—	3.20	0.83	0.64	—	7644	0	3	0	1541	0	0	logfile
✘	6ioL	9696	2023-08-27	2018-10-30	3.76	3.62	3.77	3.8	0.005	0.97	0.0	0.06	10.77	0.01	2.201	5.12	0.33	5.6	94.4	0.0	-4.06	0.63	0.80	2.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	49077	6450	12	0	0	0	0	logfile
✘	7E0H	30932	2023-08-10	2021-01-28	3.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8017	661	6	0	57	0	0	logfile
✘	8A5E	15166	2023-08-13	2022-06-14	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13611	1769	8	0	19	0	0	logfile
✘	7A5R	11648	2023-08-11	2020-08-21	3.7	3.90	3.68	3.8	0.004	0.81	0.0	0.05	13.99	0.01	2.218	3.92	0.67	7.6	92.3	0.2	-1.97	0.73	0.78	2.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10608	1358	8	0	4	0	0	logfile
✘	7XL4	33272	2023-08-18	2022-04-21	3.86	3.92	—	3.8	0.001	0.36	0.0	0.04	9.42	0.00	2.274	4.13	0.00	1.4	98.6	0.0	-4.82	0.78	0.75	1.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24560	3479	8	0	3	0	0	logfile
✘	6UXB	20932	2023-08-11	2019-11-07	4.9	5.50	—	6.0	0.005	0.77	0.0	0.06	4.56	0.00	2.627	0.00	0.00	3.8	96.2	0.0	-2.56	0.74	0.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10344	2104	8	0	0	0	0	logfile
✘	6S5T	10100	2023-08-10	2019-07-02	4.15	4.28	4.17	4.2	0.007	1.48	3.0	0.09	17.31	0.00	2.450	5.08	3.93	7.1	92.4	0.6	-4.05	0.75	0.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6958	896	3	0	1	0	0	logfile
✘	6UKN	20807	2023-08-09	2019-10-05	3.65	3.85	—	3.8	0.005	0.83	0.0	0.05	13.77	0.01	2.280	4.10	0.47	7.7	92.3	0.0	-2.59	0.70	0.82	2.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4109	536	4	0	8	0	0	logfile
✘	6WHA	21669	2023-08-10	2020-04-07	3.36	3.16	—	3.4	0.012	1.20	2.0	0.08	13.68	0.01	2.284	6.97	2.99	4.1	95.9	0.0	-0.19	0.78	0.85	2.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7888	1074	6	0	1	0	0	logfile
✘	6PPL	20442	2023-08-10	2019-07-08	3.02	3.14	—	3.1	0.010	0.99	0.0	0.25	14.17	0.01	1.917	3.20	0.23	2.7	97.3	0.0	-6.00	0.74	0.86	4.10	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8155	980	6	0	4	0	0	logfile
✘	6RAK	4778	2023-08-11	2019-04-06	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10180	1280	5	0	4	0	0	logfile
✘	6i53	4411	2023-08-14	2018-11-12	3.2	3.37	3.20	3.3	0.007	0.90	0.0	0.05	9.13	0.01	2.264	3.96	0.00	3.7	96.3	0.0	-4.72	0.52	0.70	4.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15362	1821	16	0	34	0	0	logfile
✘	6H4N	0137	2023-08-30	2018-07-22	3.0	3.20	—	3.1	0.007	0.96	4.0	0.05	14.51	0.01	0.418	5.99	0.74	10.1	89.4	0.5	-4.18	0.86	0.87	3.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	147282	6188	57	4636	0	0	0	logfile
✘	5NUG	3698	2023-08-26	2017-04-30	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	46232	5840	4	0	10	0	0	logfile

• ← previous
• Page 7 of 542
• next →