Table showing results for April 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7Li9	23364	2023-04-20	2021-01-26	3.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6174	767	5	0	13	0	0	logfile
✘	6JiU	9836	2023-04-21	2019-02-23	4.2	4.52	—	4.2	0.006	1.01	9.0	0.05	15.68	0.01	2.218	10.69	0.51	10.3	89.5	0.2	-5.44	0.78	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	112212	14684	20	0	24	0	0	logfile
✘	6J6Q	0692	2023-04-29	2019-01-15	3.7	3.85	—	3.7	0.008	0.99	0.0	0.09	14.74	0.01	1.463	18.21	2.93	4.9	94.2	0.9	-3.65	0.62	0.66	1.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	80535	9167	50	549	15	0	0	logfile
✘	6JV2	9889	2023-04-21	2019-04-15	4.4	5.59	—	4.4	0.011	1.30	1.0	0.06	16.74	0.01	2.116	19.38	1.92	13.3	86.5	0.3	-4.61	0.83	0.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	111080	14564	16	0	24	0	0	logfile
✘	7SPB	24769	2023-04-21	2021-11-02	3.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6JiY	9837	2023-04-22	2019-02-24	3.9	4.05	—	3.9	0.008	1.06	1.0	0.05	15.49	0.01	2.203	7.76	0.47	12.2	87.5	0.2	-5.76	0.73	0.78	1.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	115288	15056	20	0	32	0	0	logfile
✘	7BC4	12138	2023-04-28	2020-12-18	3.1	2.99	2.99	3.0	0.008	0.88	1.0	0.06	15.49	0.01	2.285	5.33	1.19	6.4	93.6	0.0	-5.07	0.51	0.85	3.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27610	3514	2	0	1	0	0	logfile
✘	6Ji8	9833	2023-04-22	2019-02-20	3.6	3.80	—	3.7	0.010	1.26	8.0	0.06	11.98	0.01	2.196	8.60	1.03	10.5	89.0	0.5	-4.77	0.73	0.77	2.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	115060	15024	16	0	4	0	0	logfile
✘	6JHN	9826	2023-04-21	2019-02-18	4.5	7.49	—	4.4	0.010	1.23	0.0	0.06	16.52	0.01	2.114	19.26	1.44	13.9	85.8	0.3	-4.27	0.85	0.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	109488	14332	12	0	12	0	0	logfile
✘	6J6G	0686	2023-04-29	2019-01-15	3.2	3.37	—	3.2	0.007	0.94	0.0	0.09	14.14	0.01	1.903	15.53	3.03	4.6	94.9	0.5	-3.38	0.67	0.71	2.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	79042	8981	47	550	14	0	0	logfile
✘	7JN3	22400	2023-04-23	2020-08-03	3.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15666	1807	14	68	8	0	0	logfile
✘	5TAV	8386	2023-04-24	2016-09-10	4.8	4.96	5.58	4.7	0.004	0.89	4.0	0.05	9.80	0.01	1.373	4.75	0.39	9.7	90.1	0.2	-4.80	0.77	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	121452	13500	12	0	3716	0	0	logfile
✘	6J6N	0691	2023-04-29	2019-01-15	3.86	3.99	—	3.8	0.008	1.02	1.0	0.09	14.52	0.01	1.820	15.60	2.51	5.1	94.2	0.8	-3.41	0.60	0.63	1.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	78937	8982	47	544	14	0	0	logfile
✘	7WZN	32907	2023-04-28	2022-02-18	4.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27190	3726	30	0	211	0	0	logfile
✘	7SQV	25396	2023-04-20	2021-11-06	2.3	2.95	2.29	2.8	0.001	0.38	0.0	0.04	16.08	0.00	2.314	1.47	0.63	0.7	99.3	0.0	1.86	0.76	0.88	3.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4471	573	5	0	0	7	0	logfile
✘	7S6L	24879	2023-04-27	2021-09-14	4.0	4.77	4.03	4.2	0.020	1.74	0.0	0.11	10.10	0.01	2.336	0.63	0.04	2.2	97.8	0.0	0.74	0.84	0.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24755	3117	15	0	30	0	0	logfile
✘	5TAY	8389	2023-04-24	2016-09-10	4.6	4.71	4.77	4.5	0.004	0.86	4.0	0.05	9.86	0.01	1.374	4.89	0.46	10.4	89.4	0.2	-4.90	0.75	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	121276	13500	12	0	3712	0	0	logfile
✘	7WYi	32892	2023-04-27	2022-02-16	3.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25007	3631	28	0	171	0	0	logfile
✘	6PLT	20375	2023-04-23	2019-07-01	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14445	1725	15	0	60	0	0	logfile
✘	7W92	32359	2023-04-27	2021-12-09	3.1	2.79	—	3.3	0.003	0.67	0.0	0.05	13.05	0.01	2.306	2.89	0.11	3.7	96.3	0.0	-4.34	0.80	0.76	2.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25071	3206	3	0	0	0	0	logfile

• Page 1 of 372
• next →