Table showing results for August 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8EP0	28494	2023-08-18	2022-10-04	4.9	6.49	5.04	5.3	0.004	0.79	0.0	0.05	12.19	0.01	2.237	11.79	0.00	3.6	96.4	0.0	0.06	0.70	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24408	3372	8	0	0	0	0	logfile
✘	6L4T	0834	2023-08-17	2019-10-21	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23863	1851	26	0	192	12	0	logfile
✘	8DMM	27544	2023-08-11	2022-07-08	3.47	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9314	1152	4	0	4	0	0	logfile
✘	7VD6	31906	2023-08-17	2021-09-06	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23937	1916	31	0	196	13	0	logfile
✘	5XTH	6775	2023-08-12	2017-06-19	3.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	115642	14193	113	0	63	0	0	logfile
✘	8EAi	27977	2023-08-18	2022-08-29	2.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24218	3008	17	9	14	12	0	logfile
✘	7B5P	12043	2023-08-17	2020-12-05	3.2	3.34	—	3.3	0.009	1.00	1.0	0.06	13.44	0.00	1.894	24.69	1.78	8.9	89.6	1.4	-2.84	0.70	0.83	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22527	3013	3	0	0	0	0	logfile
✘	7RAV	24387	2023-08-09	2021-07-02	3.3	2.69	3.21	2.4	0.004	0.93	0.0	0.05	15.84	0.01	2.224	16.68	1.17	16.7	82.9	0.4	-3.36	0.72	0.71	2.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6215	773	1	0	1	0	0	logfile
✘	7L6U	23208	2023-08-12	2020-12-23	3.3	3.73	3.39	3.7	0.009	0.79	0.0	0.05	14.09	0.01	2.365	6.06	0.72	8.7	91.3	0.0	-1.06	0.71	0.83	3.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12675	1555	5	0	0	0	0	logfile
✘	8CVP	27012	2023-08-11	2022-05-18	3.4	3.75	3.50	3.7	0.003	0.58	0.0	0.04	13.05	0.00	2.231	4.87	0.12	6.1	93.8	0.1	-1.69	0.69	0.74	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10112	1484	2	0	1	0	0	logfile
✘	8AXN	15702	2023-08-23	2022-08-31	3.34	3.51	3.30	3.5	0.003	0.58	0.0	0.04	9.93	0.00	2.125	6.78	3.52	5.4	94.6	0.0	-0.25	0.76	0.84	2.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	94656	11704	64	0	0	0	0	logfile
✘	7X93	33065	2023-08-12	2022-03-15	3.3	4.15	3.28	3.9	0.003	0.54	0.0	0.07	13.01	0.00	1.890	6.39	0.00	5.6	94.3	0.1	-0.89	0.81	0.82	2.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12742	828	8	0	8	0	6162	logfile
✘	7VZR	32229	2023-08-16	2021-11-16	2.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21354	2266	22	0	117	6	0	logfile
✘	8E4L	27891	2023-08-10	2022-08-18	3.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	54556	3592	8	0	16	0	26580	logfile
✘	6oUA	20200	2023-08-09	2019-05-04	4.18	4.32	—	4.3	0.008	1.37	1.0	0.07	13.97	0.01	2.294	7.03	2.35	17.4	82.3	0.3	-5.89	0.72	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5208	637	3	0	0	0	0	logfile
✘	6QoZ	4610	2023-08-15	2019-02-13	3.4	3.65	3.13	3.5	0.011	1.46	4.0	0.09	15.40	0.01	1.243	4.20	5.13	6.0	93.1	0.9	-3.28	0.40	0.62	0.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17987	2307	9	0	0	0	0	logfile
✘	8EAM	27981	2023-08-18	2022-08-29	2.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24218	3008	17	9	14	12	0	logfile
✘	7DR0	30820	2023-08-17	2020-12-25	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22745	2171	20	0	111	0	0	logfile
✘	6P19	20234	2023-08-19	2019-05-19	3.8	3.94	3.94	3.8	0.008	0.92	0.0	0.06	16.49	0.01	2.061	7.97	0.46	6.1	93.9	0.0	-3.93	0.84	0.82	1.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27416	3323	10	66	3	0	0	logfile
✘	6V3H	21037	2023-08-11	2019-11-25	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9926	1232	8	0	21	0	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 542
• next →