Table showing results for July 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7ARM	11887	2023-07-06	2020-10-25	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-5.79	—	—	0.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.73	—	—	—	1.11	10971	1438	7	0	2	0	0	logfile
✘	6G1K	4339	2023-07-10	2018-03-21	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21428	2592	8	0	8	0	0	logfile
✘	5GAQ	8015	2023-07-10	2016-01-05	3.1	3.36	—	3.2	0.006	1.02	0.0	0.08	11.97	0.00	2.289	1.94	0.80	7.3	92.7	0.0	-3.69	0.56	0.50	3.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20574	2592	9	0	0	0	0	logfile
✘	5Z96	6901	2023-07-10	2018-02-02	3.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21494	2665	8	0	13	0	0	logfile
✘	5T4D	8354	2023-07-07	2016-08-29	3.0	3.12	2.96	3.1	0.010	0.81	0.0	0.05	8.91	0.00	2.120	12.34	0.26	4.4	95.6	0.0	-2.69	0.75	0.79	4.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14876	1852	8	0	12	0	0	logfile
✘	6XKT	22224	2023-07-06	2020-06-27	3.75	3.88	—	3.8	0.009	0.99	1.0	0.07	13.78	0.01	1.732	26.25	0.08	16.5	83.1	0.4	-4.20	0.75	0.79	2.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13079	1678	12	0	8	0	0	logfile
✘	7DXA	30902	2023-07-07	2021-01-18	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15162	1629	23	0	50	0	0	logfile
✘	6PM5	20388	2023-07-07	2019-07-01	3.1	3.38	—	3.4	0.002	0.49	0.0	0.06	6.82	0.00	2.275	4.99	0.00	2.4	97.6	0.0	-4.42	0.52	0.78	3.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13975	1735	15	0	15	0	0	logfile
✘	8DDX	27345	2023-07-16	2022-06-19	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35500	4295	14	0	81	0	0	logfile
✘	6S5T	10100	2023-07-04	2019-07-02	4.15	4.28	4.17	4.2	0.007	1.48	3.0	0.09	17.31	0.00	2.450	5.08	3.93	7.1	92.4	0.6	-4.05	0.75	0.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6958	896	3	0	1	0	0	logfile
✘	6PEK	20327	2023-07-06	2019-06-20	4.2	4.25	—	4.2	0.005	0.73	0.0	0.03	13.79	0.00	1.913	4.42	0.00	0.8	99.2	0.0	-2.47	0.70	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11106	1405	11	0	13	0	0	logfile
✘	6WTi	21897	2023-07-05	2020-05-02	2.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9980	1207	8	0	14	0	0	logfile
✘	7SiD	25141	2023-07-19	2021-10-13	2.53	2.17	—	2.7	0.003	0.53	0.0	0.04	14.33	0.01	2.072	4.12	0.77	1.7	98.3	0.0	2.49	0.61	0.61	1.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	44650	5566	6	0	4	0	0	logfile
✘	7LHG	23339	2023-07-06	2021-01-23	3.8	4.27	—	4.2	0.008	1.67	1.0	0.08	14.92	0.01	2.325	7.96	0.00	5.3	94.6	0.1	-4.42	0.73	0.76	1.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11592	1492	4	0	0	0	0	logfile
✘	5M5W	3446	2023-07-16	2016-10-23	3.8	3.89	—	3.9	0.003	0.62	4.0	0.05	12.18	0.00	1.405	11.80	1.35	4.3	95.6	0.1	-4.15	0.68	0.68	1.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	34780	4271	21	43	7	0	0	logfile
✘	7o3C	12703	2023-07-19	2021-04-01	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	48532	5967	51	0	41	0	0	logfile
✘	7YPA	33997	2023-07-12	2022-08-03	3.05	3.16	3.05	3.1	0.003	0.59	0.0	0.04	14.85	0.01	2.191	3.02	0.08	3.1	96.9	0.0	-3.59	0.76	0.81	2.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26022	3129	10	86	3	0	0	logfile
✘	6PVN	20494	2023-07-10	2019-07-21	4.07	4.15	—	4.1	0.006	1.33	0.0	0.06	12.87	0.01	2.256	4.31	1.23	14.2	85.3	0.5	-6.84	0.68	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20874	2576	6	0	2	0	0	logfile
✘	7RKM	24500	2023-07-05	2021-07-22	3.5	3.62	—	3.5	0.005	0.97	0.0	0.06	12.31	0.00	2.181	7.47	0.00	3.7	96.3	0.0	-1.13	0.74	0.83	3.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9491	1201	6	0	1	0	0	logfile
✘	6RBE	4795	2023-07-11	2019-04-10	3.8	3.81	4.03	5.1	0.007	1.27	0.0	0.06	18.44	0.01	2.076	9.10	1.35	11.9	86.8	1.2	-4.17	0.38	0.09	0.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72721	4512	33	1750	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 5 of 500
• next →