Table showing results for August 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	5LZE	4125	2023-08-31	2016-09-29	3.5	3.59	3.51	3.5	0.012	1.24	14.0	0.08	14.19	0.02	2.158	3.96	0.72	7.7	90.1	2.2	-3.34	0.76	0.87	2.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	148018	5817	59	4782	2	0	0	logfile
✘	7XYA	33515	2023-08-19	2022-06-01	3.3	3.39	3.24	3.2	0.004	0.68	1.0	0.04	18.79	0.00	1.962	11.59	1.00	4.0	95.9	0.0	-0.19	0.81	0.84	1.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26550	3479	11	126	1	0	0	logfile
✘	8EFQ	28088	2023-08-10	2022-09-08	3.3	3.58	3.24	3.6	0.004	0.81	0.0	0.05	8.64	0.01	2.298	3.12	0.00	1.4	98.6	0.0	-1.52	0.60	0.72	1.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7046	892	6	0	2	0	0	logfile
✘	4CE4	2490	2023-08-13	2013-11-08	4.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	65473	3572	40	1437	984	0	0	logfile
✘	6PSW	20466	2023-08-22	2019-07-13	3.7	3.46	—	3.5	0.008	0.89	0.0	0.05	18.69	0.00	1.987	42.40	0.40	11.4	88.4	0.2	-4.03	0.69	0.78	1.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32695	3831	13	124	6	0	0	logfile
✘	6VAD	21137	2023-08-18	2019-12-17	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37613	2321	2	0	0	0	19096	logfile
✘	5oJQ	3566	2023-08-11	2017-07-22	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-5.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	113346	14364	54	0	0	0	0	logfile
✘	7o7Q	12753	2023-08-25	2021-04-13	3.6	4.18	—	4.0	0.010	1.54	10.0	0.08	14.43	0.01	1.769	11.99	0.63	14.5	84.1	1.4	-4.14	0.83	0.76	0.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40530	5126	16	0	40	0	0	logfile
✘	7DoK	30795	2023-08-12	2020-12-14	2.73	2.84	—	2.9	0.009	1.01	0.0	0.07	13.35	0.01	1.695	5.72	0.60	2.4	97.6	0.0	-2.40	0.71	0.85	3.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11534	1323	8	44	9	2	0	logfile
✘	7XSQ	33431	2023-08-14	2022-05-15	2.88	2.17	2.83	2.1	0.009	0.93	3.0	0.06	17.11	0.01	2.157	2.60	2.74	6.1	93.8	0.1	-2.88	0.77	0.75	2.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16573	1967	4	34	4	0	0	logfile
✘	5ZJi	6932	2023-08-26	2018-03-20	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	44708	4087	40	0	271	0	0	logfile
✘	7SXY	25510	2023-08-10	2021-11-24	2.79	3.53	—	3.2	0.005	0.84	0.0	0.06	13.35	0.01	2.303	2.81	0.00	1.3	98.7	0.0	-0.48	0.82	0.87	3.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6557	797	4	0	7	0	0	logfile
✘	5ZGB	6929	2023-08-23	2018-03-08	3.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35011	3102	31	0	215	0	0	logfile
✘	6oo7	20148	2023-08-14	2019-04-22	3.8	4.25	3.77	4.0	0.013	1.08	0.0	0.06	9.52	0.01	2.273	4.27	0.00	3.5	96.5	0.0	-1.41	0.75	0.78	2.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16860	2394	8	0	4	0	0	logfile
✘	7DXG	30908	2023-08-17	2021-01-18	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23432	2792	8	0	40	0	0	logfile
✘	6VM0	21234	2023-08-14	2020-01-27	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15355	1815	15	0	20	0	0	logfile
✘	7BYL	30244	2023-08-14	2020-04-23	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16332	2000	16	0	8	12	0	logfile
✘	3JC5	6535	2023-08-25	2015-11-24	4.7	5.02	—	4.8	0.009	1.54	5.0	0.06	12.17	0.01	0.300	46.29	0.63	9.4	88.9	1.7	-4.21	0.76	0.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40041	5039	11	0	0	0	0	logfile
✘	6L7o	0849	2023-08-23	2019-11-02	3.2	3.37	—	3.5	0.008	1.35	0.0	2.04	19.93	0.01	1.354	12.19	0.00	5.3	94.7	0.0	-2.60	0.57	0.70	0.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35037	4120	34	0	83	0	0	logfile
✘	5XNL	6741	2023-08-24	2017-05-23	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	98986	9364	136	0	490	1076	0	logfile

• ← previous
• Page 6 of 542
• next →