cryo-EM Re-Refine

Table showing results for April 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7A69	11667	2023-04-22	2020-08-25	3.2	3.36	—	3.3	0.014	1.06	0.0	0.18	14.34	0.00	2.042	11.79	4.42	4.7	95.2	0.1	-2.83	0.63	0.76	2.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12637	1596	4	0	9	0	0	logfile
✘	7WLD	32582	2023-04-25	2022-01-13	2.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19732	2393	11	0	29	0	0	logfile
✘	6VWK	21419	2023-04-20	2020-02-20	3.3	3.56	—	3.5	0.010	1.30	4.0	0.07	12.71	0.01	2.355	0.98	0.59	0.9	99.1	0.0	-0.35	0.65	0.83	2.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8423	1133	13	0	0	0	0	logfile
✘	6VVY	21407	2023-04-29	2020-02-18	3.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30033	3516	12	130	4	0	0	logfile
✘	7CZY	30521	2023-04-29	2020-09-09	3.3	3.38	—	3.3	0.011	1.02	0.0	0.07	17.97	0.01	1.865	25.79	12.01	10.3	87.0	2.6	-3.80	0.62	0.70	1.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31186	3880	33	0	76	0	0	logfile
✘	7DXF	30907	2023-04-26	2021-01-18	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22940	2740	8	0	40	0	0	logfile
✘	6TRD	10559	2023-04-28	2019-12-18	3.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	74991	6849	84	0	402	51	0	logfile
✘	7SQ7	25378	2023-04-23	2021-11-04	2.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15305	1852	16	0	13	8	0	logfile
✘	7WST	32766	2023-04-21	2022-02-01	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9438	1202	4	0	8	0	0	logfile
✘	7PSL	13613	2023-04-21	2021-09-23	3.3	3.77	—	3.7	0.006	0.65	0.0	0.04	14.91	0.00	2.258	5.27	0.00	3.9	96.1	0.0	-3.04	0.61	0.76	2.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9612	1200	4	0	4	0	0	logfile
✘	6UKJ	20806	2023-04-20	2019-10-05	3.3	3.53	3.32	3.4	0.007	0.91	0.0	0.05	13.71	0.01	2.114	6.29	0.79	4.5	95.1	0.3	-3.21	0.62	0.81	3.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4625	582	4	0	1	0	0	logfile
✘	7CUW	30475	2023-04-21	2020-08-25	2.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9839	1199	6	0	9	0	0	logfile
✘	6VM0	21234	2023-04-23	2020-01-27	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15355	1815	15	0	20	0	0	logfile
✘	7MiY	23868	2023-04-25	2021-04-18	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21483	2598	10	0	28	0	0	logfile
✘	6UD3	20731	2023-04-23	2019-09-18	3.5	4.06	3.46	3.8	0.018	1.60	0.0	0.11	11.86	0.01	2.293	7.45	0.00	4.6	95.4	0.0	-1.90	0.79	0.78	1.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14346	1765	10	0	6	0	0	logfile
✘	7M7B	23709	2023-04-20	2021-03-27	2.95	3.73	2.93	3.1	0.012	1.87	5.0	0.11	13.12	0.02	2.512	0.10	0.00	3.5	96.5	0.0	-0.73	0.62	0.86	4.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4898	635	4	0	2	0	0	logfile
✘	7M5Y	23685	2023-04-23	2021-03-25	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15447	1000	1	0	24	8	7534	logfile
✘	6JP5	9866	2023-04-26	2019-03-25	2.9	3.03	—	3.1	0.016	1.54	4.0	0.13	14.11	0.01	1.921	28.83	6.11	7.7	91.7	0.6	-3.65	0.56	0.62	2.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22068	2694	14	0	39	0	0	logfile
✘	7WDB	32436	2023-04-26	2021-12-21	2.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22400	2660	8	0	28	0	0	logfile
✘	6U8Q	20689	2023-04-25	2019-09-05	4.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21129	2442	18	96	6	0	0	logfile