Table showing results for December 2022

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6RPo	4979	2022-12-19	2019-05-14	2.39	2.44	—	2.4	0.006	0.92	0.0	0.05	15.02	0.01	2.326	7.31	0.00	3.7	95.8	0.5	-2.67	0.72	0.86	4.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	101400	12060	60	0	0	0	0	logfile
✘	6YEZ	10798	2022-12-20	2020-03-25	2.7	3.21	2.66	3.1	0.025	2.78	6.0	0.13	20.66	0.01	1.193	31.18	0.61	5.2	94.5	0.4	-1.96	0.77	0.87	2.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39217	3438	35	0	244	2	0	logfile
✘	6XZP	10664	2022-12-19	2020-02-05	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6PLT	20375	2022-12-18	2019-07-01	3.2	3.64	—	3.5	0.009	1.00	0.0	0.06	9.13	0.01	1.522	4.03	0.00	5.6	94.4	0.0	-4.61	0.67	0.83	4.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14445	1725	15	0	60	0	0	logfile
✘	6XZG	10662	2022-12-19	2020-02-04	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6VXZ	21453	2022-12-18	2020-02-25	3.42	3.56	3.37	3.6	0.011	1.06	0.0	0.06	19.90	0.01	1.959	12.76	2.40	8.1	91.9	0.0	-3.97	0.71	0.81	1.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13324	1556	8	0	28	0	0	logfile
✘	6ZJi	11234	2022-12-18	2020-06-29	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7A6C	11670	2022-12-18	2020-08-25	3.6	3.51	—	3.6	0.017	1.37	0.0	0.08	16.36	0.01	2.143	25.79	3.00	11.0	88.7	0.3	-4.28	0.66	0.79	1.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12717	1596	4	0	12	0	0	logfile
✘	6YAC	10746	2022-12-20	2020-03-12	2.5	2.57	—	2.5	0.025	2.74	2.0	0.12	21.32	0.02	1.192	16.75	0.48	6.3	93.5	0.2	-2.59	0.72	0.84	3.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	38469	3332	45	0	243	56	0	logfile
✘	7LL2	23412	2022-12-19	2021-02-03	3.73	4.36	3.97	3.8	0.013	1.77	3.0	0.10	13.21	0.02	2.531	0.77	0.63	5.9	93.7	0.4	-0.81	0.82	0.76	2.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25512	3060	48	0	132	0	0	logfile
✘	7CMi	30407	2022-12-18	2020-07-27	2.9	3.36	—	3.3	0.006	1.00	0.0	0.05	15.26	0.01	1.904	7.49	1.44	7.2	91.4	1.4	-5.99	0.62	0.67	0.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7353	928	7	0	10	6	0	logfile
✘	6WM2	21847	2022-12-19	2020-04-20	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	73243	9171	56	0	63	0	0	logfile
✔	6W1S	21514	2022-12-22	2020-03-04	4.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	47275	6862	25	0	567	0	0	logfile
✘	7K0K	22600	2022-12-18	2020-09-04	2.6	2.96	—	2.9	0.006	0.68	0.0	0.05	12.44	0.00	1.915	7.70	0.00	2.2	97.8	0.0	0.53	0.68	0.85	4.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7615	964	4	0	2	0	0	logfile
✔	7LXY	23579	2022-12-18	2021-03-05	2.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	33987	4446	36	0	69	729	0	logfile
✘	7RYP	24744	2022-12-18	2021-08-25	4.8	5.38	4.84	6.5	0.015	1.50	0.0	0.07	10.94	0.01	2.098	5.34	0.00	6.2	92.1	1.7	-1.44	0.78	0.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11293	725	2	0	0	0	5599	logfile
✘	7D1T	30547	2022-12-19	2020-09-15	1.95	1.88	1.89	1.9	0.020	1.91	31.0	0.10	18.53	0.02	1.200	3.45	2.40	1.9	97.9	0.2	-0.93	0.77	0.85	6.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	52994	5312	108	0	196	2432	0	logfile
✘	7D7R	30610	2022-12-18	2020-10-05	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-3.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7680	1160	2	0	0	0	0	logfile
✘	6W8N	21575	2022-12-18	2020-03-20	3.2	3.39	—	3.3	0.007	0.77	0.0	0.05	16.69	0.00	2.244	12.74	8.14	7.1	92.9	0.0	-2.74	0.61	0.85	1.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6160	804	2	0	0	0	0	logfile
✔	7oL0	12974	2022-12-18	2021-05-18	3.0	2.88	2.88	2.9	0.010	0.88	0.0	0.06	15.67	0.01	2.073	6.24	0.06	3.0	97.0	0.0	-1.45	0.73	0.84	3.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32892	3912	22	79	9	0	0	logfile

• ← previous
• Page 7 of 443
• next →