Table showing results for April 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	3JC6	6534	2023-04-26	2015-11-24	3.7	4.01	—	3.9	0.009	1.54	0.0	0.06	12.91	0.01	1.203	39.73	0.87	9.8	89.0	1.1	-3.87	0.79	0.76	1.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23732	2953	12	0	1	0	0	logfile
✘	8GNJ	34166	2023-04-20	2022-08-24	3.78	3.60	3.67	3.6	0.012	1.34	0.0	0.07	15.38	0.01	1.811	12.03	0.00	4.6	95.4	0.0	-3.73	0.66	0.81	1.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5832	746	4	0	1	0	0	logfile
✘	6oES	20036	2023-04-24	2019-03-27	3.06	3.17	—	3.1	0.005	0.77	2.0	0.05	19.56	0.01	2.226	4.56	2.87	3.4	96.4	0.2	-3.12	0.81	0.83	3.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16829	1784	14	128	4	2	0	logfile
✘	5MLV	3527	2023-04-20	2016-12-07	4.5	4.47	—	4.4	0.010	1.21	0.0	0.06	17.43	0.01	2.060	8.31	0.20	9.0	91.0	0.0	-4.85	0.67	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	56928	7218	36	6	24	0	0	logfile
✘	6R0C	4692	2023-04-22	2019-03-12	4.2	4.33	4.09	4.2	0.008	0.86	0.0	0.05	27.85	0.01	1.900	5.06	0.00	3.1	96.9	0.0	-2.35	0.88	0.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11737	747	11	284	1	0	0	logfile
✘	7ZR8	14886	2023-04-20	2022-05-03	3.7	3.81	3.43	3.8	0.003	0.46	0.0	0.04	8.45	0.00	2.181	7.02	0.74	3.9	96.1	0.0	-0.94	0.72	0.82	2.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3693	471	4	0	1	0	0	logfile
✘	6TF9	10491	2023-04-23	2019-11-13	4.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7E0H	30932	2023-04-20	2021-01-28	3.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8017	661	6	0	57	0	0	logfile
✘	6Q05	20543	2023-04-28	2019-08-01	2.8	2.78	—	2.7	0.025	2.06	27.0	0.16	11.50	0.01	2.255	2.06	0.91	1.7	98.3	0.1	0.58	0.76	0.80	4.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28977	3477	42	0	144	195	0	logfile
✘	7WU5	32820	2023-04-20	2022-02-05	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6948	888	4	0	2	0	0	logfile
✘	6Hio	0226	2023-04-23	2018-08-30	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16085	1925	20	0	30	0	0	logfile
✘	6HUo	0282	2023-04-23	2018-10-09	3.26	3.38	3.25	3.3	0.006	0.89	0.0	0.06	8.62	0.01	2.257	4.69	0.00	3.8	96.2	0.0	-4.15	0.74	0.83	4.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15227	1808	16	0	35	0	0	logfile
✘	7WU4	32819	2023-04-20	2022-02-05	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6887	888	4	0	2	0	0	logfile
✘	7SWo	25477	2023-04-20	2021-11-20	4.1	3.78	—	3.8	0.007	0.89	0.0	0.05	14.43	0.01	2.215	26.02	0.19	10.0	90.0	0.0	-2.59	0.65	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4784	627	3	0	0	0	0	logfile
✘	6i53	4411	2023-04-23	2018-11-12	3.2	3.37	3.20	3.3	0.007	0.90	0.0	0.05	9.13	0.01	2.264	3.96	0.00	3.7	96.3	0.0	-4.72	0.52	0.70	4.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15362	1821	16	0	34	0	0	logfile
✘	7YPA	33997	2023-04-27	2022-08-03	3.05	3.16	3.05	3.1	0.003	0.59	0.0	0.04	14.85	0.01	2.191	3.02	0.08	3.1	96.9	0.0	-3.59	0.76	0.81	2.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26022	3129	10	86	3	0	0	logfile
✘	6AEi	9615	2023-04-25	2018-08-05	2.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21142	2568	8	0	13	0	0	logfile
✘	6HiQ	0227	2023-04-23	2018-08-30	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16110	1925	20	0	30	0	0	logfile
✘	7XL4	33272	2023-04-27	2022-04-21	3.86	3.92	—	3.8	0.001	0.36	0.0	0.04	9.42	0.00	2.274	4.13	0.00	1.4	98.6	0.0	-4.82	0.78	0.75	1.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24560	3479	8	0	3	0	0	logfile
✘	7DEG	30657	2023-04-22	2020-11-04	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12852	1520	12	0	18	0	0	logfile

• Page 1 of 372
• next →