Table showing results for August 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8DQ1	27646	2023-08-17	2022-07-18	4.1	3.85	3.29	3.9	0.011	1.10	3.0	0.06	18.76	0.01	2.082	14.69	0.87	5.7	94.3	0.0	-1.40	0.44	0.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17754	1075	8	36	2	0	8343	logfile
✘	7DXA	30902	2023-08-14	2021-01-18	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15162	1629	23	0	50	0	0	logfile
✘	6oLL	20116	2023-08-16	2019-04-16	4.1	4.59	—	4.4	0.004	1.05	0.0	0.06	6.94	0.01	2.400	0.40	0.00	2.0	97.8	0.2	-0.51	0.67	0.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10426	2114	6	0	0	0	0	logfile
✘	6TM2	10517	2023-08-10	2019-12-03	2.95	3.12	—	3.1	0.008	1.01	0.0	0.06	9.31	0.01	2.181	3.02	0.10	11.3	88.7	0.0	-4.14	0.44	0.47	2.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	55254	7230	60	0	54	138	0	logfile
✘	6R0Z	4702	2023-08-25	2019-03-13	3.8	3.83	—	3.8	0.007	0.97	1.0	0.06	9.78	0.01	2.152	4.34	0.19	6.2	93.8	0.0	-3.88	0.85	0.85	3.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40184	5847	27	0	3	0	0	logfile
✘	6TM5	10518	2023-08-12	2019-12-03	3.9	4.07	—	4.1	0.010	1.11	0.0	0.05	15.92	0.01	1.619	28.83	0.76	11.9	87.8	0.3	-4.46	0.36	0.48	0.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	63885	8117	23	0	3	0	0	logfile
✘	7JPT	22422	2023-08-11	2020-08-09	3.2	3.54	3.50	3.5	0.002	0.55	0.0	0.04	13.65	0.00	2.267	8.72	3.48	6.8	93.2	0.1	-4.02	0.66	0.71	2.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10220	1327	3	0	5	0	0	logfile
✘	7oY8	13110	2023-08-17	2021-06-23	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22902	2293	103	0	68	372	0	logfile
✘	5WC3	8795	2023-08-13	2017-06-29	3.5	3.53	—	3.5	0.015	1.18	0.0	0.06	9.37	0.01	1.925	12.86	0.00	8.0	90.5	1.5	-5.20	0.79	0.76	2.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	65880	4170	30	0	0	0	33390	logfile
✘	8DQ0	27645	2023-08-17	2022-07-18	3.74	3.61	3.79	3.6	0.008	0.98	0.0	0.05	15.88	0.01	2.203	6.20	1.20	4.9	95.1	0.0	-1.54	0.53	0.72	2.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17129	1075	6	0	2	0	8445	logfile
✘	6KUR	9581	2023-08-12	2019-09-02	3.7	3.80	—	3.8	0.004	0.79	0.0	0.05	10.86	0.01	2.143	6.20	1.01	7.0	92.9	0.1	-4.96	0.74	0.78	2.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12384	1465	5	28	0	0	0	logfile
✘	5UK2	8564	2023-08-22	2017-01-19	4.8	4.64	—	4.6	0.012	1.36	0.0	0.07	11.26	0.01	2.083	3.96	0.16	8.7	91.1	0.1	-4.11	0.80	0.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	33948	2196	21	0	33	0	16401	logfile
✘	7ND7	12278	2023-08-22	2021-01-30	3.6	3.91	—	3.8	0.004	0.63	0.0	0.05	11.00	0.00	2.229	3.62	0.38	3.7	96.2	0.2	-0.12	0.77	0.72	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29591	3699	30	0	64	0	0	logfile
✘	7LHG	23339	2023-08-12	2021-01-23	3.8	4.27	—	4.2	0.008	1.67	1.0	0.08	14.92	0.01	2.325	7.96	0.00	5.3	94.6	0.1	-4.42	0.73	0.76	1.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11592	1492	4	0	0	0	0	logfile
✘	8HJ9	34835	2023-08-09	2022-11-22	3.12	3.29	3.00	3.2	0.004	0.65	0.0	0.04	15.54	0.00	2.234	10.94	0.00	2.7	97.3	0.0	1.80	0.43	0.76	3.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3274	416	1	0	1	0	0	logfile
✘	7DBH	30631	2023-08-11	2020-10-20	3.6	4.18	—	3.4	0.007	0.74	1.0	0.05	28.88	0.00	1.451	11.99	0.17	3.2	96.8	0.0	0.54	0.91	0.85	2.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10631	697	10	252	0	0	0	logfile
✘	5UK0	8562	2023-08-22	2017-01-19	4.8	5.42	—	5.2	0.010	1.26	0.0	0.06	10.88	0.01	2.096	3.58	0.16	8.3	91.6	0.1	-3.58	0.84	0.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	33948	2196	21	0	33	0	16401	logfile
✘	5UK1	8563	2023-08-22	2017-01-19	4.8	7.30	—	7.0	0.010	1.28	0.0	0.07	10.82	0.01	2.106	4.22	0.16	8.1	91.8	0.1	-3.97	0.88	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	33948	2196	21	0	33	0	16401	logfile
✘	6PPL	20442	2023-08-10	2019-07-08	3.02	3.14	—	3.1	0.010	0.99	0.0	0.25	14.17	0.01	1.917	3.20	0.23	2.7	97.3	0.0	-6.00	0.74	0.86	4.10	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8155	980	6	0	4	0	0	logfile
✘	6YLF	10837	2023-08-15	2020-04-07	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile

• ← previous
• Page 2 of 542
• next →