Table showing results for April 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6MN7	9166	2023-04-25	2018-10-01	4.8	5.01	—	5.0	0.016	2.23	12.0	0.12	10.62	0.02	1.395	35.74	0.57	8.6	89.4	2.0	-2.34	0.50	0.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21447	2418	66	0	192	0	0	logfile
✘	5UCY	8539	2023-04-27	2016-12-22	4.6	4.99	—	4.6	0.011	1.21	3.0	0.06	13.21	0.01	0.244	89.25	0.68	11.3	88.3	0.5	-4.47	0.50	0.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24990	2610	12	3	6	0	4452	logfile
✘	7FiL	31602	2023-04-20	2021-07-31	3.0	2.84	—	3.6	0.008	1.05	2.0	0.06	18.46	0.01	2.213	19.35	8.76	7.7	91.1	1.2	-1.82	0.71	0.75	1.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3993	504	1	0	0	0	0	logfile
✘	7Ji3	22343	2023-04-20	2020-07-22	3.46	4.28	—	4.0	0.005	0.79	0.0	0.05	13.46	0.01	2.365	6.77	0.00	3.6	96.4	0.0	-5.13	0.64	0.72	2.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6000	777	3	0	0	0	0	logfile
✘	7DBH	30631	2023-04-21	2020-10-20	3.6	4.18	—	3.4	0.007	0.74	1.0	0.05	28.88	0.00	1.451	11.99	0.17	3.2	96.8	0.0	0.54	0.91	0.85	2.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10631	697	10	252	0	0	0	logfile
✘	8DQ1	27646	2023-04-26	2022-07-18	4.1	3.85	3.29	3.9	0.011	1.10	3.0	0.06	18.76	0.01	2.082	14.69	0.87	5.7	94.3	0.0	-1.40	0.44	0.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17754	1075	8	36	2	0	8343	logfile
✘	7XTC	33446	2023-04-23	2022-05-16	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16301	1038	5	0	2	0	8097	logfile
✘	7X26	32959	2023-04-20	2022-02-25	3.685	3.39	—	3.9	0.011	1.46	1.0	0.09	14.53	0.01	2.186	10.90	9.27	16.2	81.1	2.7	-3.21	0.68	0.74	2.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4828	641	3	0	0	0	0	logfile
✘	6GDG	4390	2023-04-20	2018-04-23	4.11	3.92	—	4.0	0.008	1.10	0.0	0.06	12.81	0.00	2.449	0.87	2.07	4.9	94.6	0.5	-3.15	0.76	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7223	997	6	0	1	0	0	logfile
✘	6KUR	9581	2023-04-22	2019-09-02	3.7	3.80	—	3.8	0.004	0.79	0.0	0.05	10.86	0.01	2.143	6.20	1.01	7.0	92.9	0.1	-4.96	0.74	0.78	2.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12384	1465	5	28	0	0	0	logfile
✘	7DXH	30909	2023-04-25	2021-01-18	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20054	2150	31	0	69	0	0	logfile
✘	8EAL	27980	2023-04-28	2022-08-29	2.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28500	3534	18	11	16	15	0	logfile
✘	8DQ0	27645	2023-04-26	2022-07-18	3.74	3.61	3.79	3.6	0.008	0.98	0.0	0.05	15.88	0.01	2.203	6.20	1.20	4.9	95.1	0.0	-1.54	0.53	0.72	2.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17129	1075	6	0	2	0	8445	logfile
✘	7JPT	22422	2023-04-21	2020-08-09	3.2	3.54	3.50	3.5	0.002	0.55	0.0	0.04	13.65	0.00	2.267	8.72	3.48	6.8	93.2	0.1	-4.02	0.66	0.71	2.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10220	1327	3	0	5	0	0	logfile
✘	6RAJ	4777	2023-04-21	2019-04-06	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10198	1282	5	0	4	0	0	logfile
✘	7VD6	31906	2023-04-26	2021-09-06	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23937	1916	31	0	196	13	0	logfile
✘	7CFS	30346	2023-04-21	2020-06-28	3.56	3.72	—	3.7	0.008	0.94	0.0	0.06	15.94	0.01	1.835	5.64	0.60	5.9	94.1	0.0	-5.35	0.79	0.84	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9974	1278	6	0	10	0	0	logfile
✘	7QEV	13942	2023-04-19	2021-12-03	2.9	3.46	—	3.1	0.009	0.86	0.0	0.05	13.68	0.00	2.164	5.92	0.00	4.3	95.7	0.0	-0.15	0.79	0.86	3.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3204	383	6	0	8	8	0	logfile
✘	6oLL	20116	2023-04-25	2019-04-16	4.1	4.59	—	4.4	0.004	1.05	0.0	0.06	6.94	0.01	2.400	0.40	0.00	2.0	97.8	0.2	-0.51	0.67	0.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10426	2114	6	0	0	0	0	logfile
✘	7XJi	33228	2023-04-20	2022-04-18	3.9	3.60	3.70	3.9	0.003	0.60	0.0	0.04	13.86	0.00	2.165	9.02	0.00	4.3	95.7	0.0	-0.25	0.61	0.78	2.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7851	1027	6	0	1	0	0	logfile

• Page 1 of 372
• next →