Table showing results for February 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6BWF	7298	2023-02-24	2017-12-14	4.1	4.19	—	4.2	0.008	1.49	2.0	0.07	12.82	0.01	2.204	12.32	0.59	12.1	86.6	1.3	-5.34	0.62	0.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22174	2584	4	0	480	0	0	logfile
✘	7WTC	32778	2023-02-26	2022-02-04	4.0	4.61	—	3.1	0.008	0.82	0.0	0.05	13.69	0.01	2.060	22.27	0.10	8.0	92.0	0.1	-0.78	0.86	0.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28418	3661	8	0	6	0	0	logfile
✘	3JC6	6534	2023-02-24	2015-11-24	3.7	4.01	—	3.9	0.009	1.53	0.0	0.06	12.91	0.01	1.203	39.69	0.87	9.8	89.0	1.1	-3.87	0.79	0.76	1.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23732	2953	12	0	1	0	0	logfile
✘	7XL4	33272	2023-02-25	2022-04-21	3.86	3.92	—	3.8	0.001	0.36	0.0	0.04	9.42	0.00	2.274	4.13	0.00	1.4	98.6	0.0	-4.82	0.78	0.75	1.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24560	3479	8	0	3	0	0	logfile
✘	7XL3	33271	2023-02-25	2022-04-21	3.13	3.20	—	3.2	0.002	0.39	0.0	0.04	12.03	0.00	2.263	4.77	1.08	2.9	97.1	0.0	-4.73	0.73	0.79	2.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25700	3480	8	0	3	0	0	logfile
✘	5MLV	3527	2023-02-22	2016-12-07	4.5	4.47	—	4.4	0.010	1.21	0.0	0.06	17.43	0.01	2.060	8.31	0.20	9.0	91.0	0.0	-4.85	0.67	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	56928	7218	36	6	24	0	0	logfile
✘	6RoH	4972	2023-02-20	2019-05-13	2.8	2.94	2.83	2.9	0.006	0.88	0.0	0.05	13.67	0.01	1.709	4.00	0.23	3.4	96.6	0.0	-4.73	0.68	0.79	3.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11758	1449	7	0	9	2	0	logfile
✘	7DH0	30677	2023-02-23	2020-11-12	4.2	4.70	—	4.5	0.007	1.27	0.0	0.06	11.24	0.01	1.514	6.99	0.60	16.3	83.1	0.6	-5.67	0.84	0.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	60091	7904	57	0	17	0	0	logfile
✘	7D44	30569	2023-02-26	2020-09-22	4.0	4.14	—	4.0	0.006	0.86	0.0	0.05	14.78	0.00	2.049	20.50	0.28	16.3	83.6	0.1	-5.25	0.80	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28391	3825	12	0	0	0	0	logfile
✘	6LBH	0869	2023-02-19	2019-11-14	3.7	3.79	—	3.8	0.006	0.82	0.0	0.05	13.62	0.00	2.079	18.56	0.20	7.7	92.2	0.2	-2.87	0.75	0.83	2.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9219	1236	6	0	0	0	0	logfile
✘	7ELA	31178	2023-02-20	2021-04-09	3.4	3.44	—	3.4	0.003	0.57	0.0	0.04	15.25	0.00	2.153	11.82	2.79	7.9	92.1	0.0	-2.61	0.72	0.78	2.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11791	1451	5	7	3	0	0	logfile
✘	6JZo	9898	2023-02-23	2019-05-03	3.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21405	2657	8	0	12	0	0	logfile
✘	6HiQ	0227	2023-02-21	2018-08-30	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16110	1925	20	0	30	0	0	logfile
✘	7YPA	33997	2023-02-25	2022-08-03	3.05	3.16	3.05	3.1	0.003	0.59	0.0	0.04	14.85	0.01	2.191	3.02	0.08	3.1	96.9	0.0	-3.59	0.76	0.81	2.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26022	3129	10	86	3	0	0	logfile
✘	6NZK	0557	2023-02-27	2019-02-13	2.8	2.92	—	2.9	0.025	1.80	0.0	0.17	10.31	0.01	2.033	0.97	0.39	1.6	98.3	0.1	0.52	0.79	0.85	4.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29268	3525	39	0	105	396	0	logfile
✘	6D6R	7809	2023-02-28	2018-04-22	3.45	2.80	—	3.3	0.008	0.68	0.0	0.04	10.12	0.00	1.816	9.28	0.03	10.0	90.0	0.0	-4.48	0.83	0.79	2.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31639	3889	17	61	3	0	0	logfile
✘	6i53	4411	2023-02-21	2018-11-12	3.2	3.37	3.20	3.3	0.006	0.88	0.0	0.05	9.04	0.01	2.264	3.96	0.00	3.7	96.3	0.0	-4.72	0.52	0.70	4.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15362	1821	16	0	34	0	0	logfile
✘	7ZR8	14886	2023-02-17	2022-05-03	3.7	3.81	3.43	3.8	0.003	0.46	0.0	0.04	8.45	0.00	2.181	7.02	0.74	3.9	96.1	0.0	-0.94	0.72	0.82	2.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3693	471	4	0	1	0	0	logfile
✘	6QEM	4538	2023-02-24	2019-01-08	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	65750	4104	24	26	16	0	32652	logfile
✘	7K21	22639	2023-02-20	2020-09-08	3.0	3.25	—	3.1	0.007	0.87	0.0	0.06	10.39	0.01	2.066	5.07	0.00	2.5	97.5	0.0	-4.23	0.72	0.87	4.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11848	1488	8	0	16	0	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 353
• next →