Table showing results for August 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6RBE	4794	2023-08-17	2019-04-10	3.8	4.03	3.73	40.0	0.007	1.27	0.0	0.06	18.44	0.01	2.076	9.10	1.35	11.9	86.8	1.2	-4.17	0.25	0.02	0.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72721	4512	33	1750	0	0	0	logfile
✘	5H64	6668	2023-08-26	2016-11-10	4.4	3.65	—	3.4	0.011	1.57	0.0	0.07	11.97	0.01	1.144	72.33	0.80	17.3	80.2	2.4	-5.94	0.74	0.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	45252	6430	6	0	0	0	0	logfile
✘	6W1J	21511	2023-08-14	2020-03-04	2.92	3.34	2.83	3.2	0.010	1.17	0.0	0.10	10.28	0.01	2.337	2.46	0.82	5.6	94.4	0.0	-5.20	0.76	0.88	4.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16861	1965	25	0	41	0	0	logfile
✘	7XX2	33498	2023-08-23	2022-05-28	3.6	3.49	3.64	3.3	0.006	0.95	4.0	0.06	13.96	0.01	2.033	16.70	1.27	9.9	90.0	0.0	-1.28	0.86	0.82	1.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36436	4528	11	0	5	0	0	logfile
✘	7K5B	22679	2023-08-14	2020-09-16	4.5	4.62	—	3.9	0.018	1.93	50.0	0.10	12.72	0.01	0.384	37.45	2.43	4.6	94.6	0.8	-0.04	0.66	0.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	119573	15602	21	0	18	0	156	logfile
✘	7NT5	12581	2023-08-25	2021-03-09	3.5	2.99	3.35	3.3	0.013	2.20	210.0	0.16	15.27	0.01	1.889	6.59	1.47	3.3	96.5	0.2	-2.37	0.67	0.73	2.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40200	5118	14	78	0	0	0	logfile
✘	6HWH	0289	2023-08-25	2018-10-12	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40632	4916	40	0	420	0	0	logfile
✘	7P13	13154	2023-08-13	2021-07-01	2.29	1.96	2.28	1.7	0.016	1.06	0.0	0.07	14.07	0.01	2.430	5.24	0.00	3.3	96.7	0.0	2.06	0.82	0.87	4.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13727	1743	7	0	0	0	154	logfile
✘	6QEL	4537	2023-08-12	2019-01-08	3.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64816	4092	24	0	24	0	32302	logfile
✘	6Y5A	10692	2023-08-22	2020-02-25	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32403	1940	10	0	5	0	16272	logfile
✘	7ZUB	14971	2023-08-19	2022-05-12	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28082	1722	7	0	7	0	14035	logfile
✘	6VDK	21151	2023-08-12	2019-12-27	4.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12309	1274	14	104	6	0	0	logfile
✘	7B05	11957	2023-08-16	2020-11-18	3.8	3.93	—	3.8	0.009	0.82	0.0	0.04	15.44	0.00	2.267	8.97	0.00	8.1	91.9	0.0	-0.12	0.81	0.85	2.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21056	2580	8	0	12	0	0	logfile
✘	7Wo4	32638	2023-08-17	2022-01-20	4.47	3.18	—	3.4	0.003	0.48	0.0	0.04	8.44	0.00	2.234	5.78	3.89	6.1	93.9	0.0	-3.76	0.83	0.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	71208	9096	24	0	90	0	0	logfile
✘	7UV9	26809	2023-08-14	2022-04-29	3.2	2.64	3.07	3.0	0.009	0.89	0.0	0.06	26.20	0.01	1.561	5.75	0.30	1.4	98.6	0.0	1.22	0.77	0.75	1.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15342	1164	11	292	2	0	0	logfile
✘	6U0M	20607	2023-08-25	2019-08-14	3.9	4.53	—	4.3	0.005	1.05	2.0	0.06	16.74	0.01	2.211	9.80	0.47	13.2	86.7	0.2	-5.28	0.81	0.63	-0.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	41146	5105	16	34	3	0	0	logfile
✘	7RKM	24500	2023-08-11	2021-07-22	3.5	3.62	—	3.5	0.005	0.97	0.0	0.06	12.31	0.00	2.181	7.47	0.00	3.7	96.3	0.0	-1.13	0.74	0.83	3.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9491	1201	6	0	1	0	0	logfile
✘	7VYH	32205	2023-08-19	2021-11-14	2.9	3.02	—	3.1	0.007	0.74	0.0	0.05	14.31	0.01	2.198	8.58	0.00	3.6	96.3	0.1	0.11	0.75	0.86	3.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27933	3488	27	0	16	0	0	logfile
✘	7RL5	24516	2023-08-18	2021-07-23	3.8	3.61	—	3.8	0.013	2.04	24.0	0.11	16.71	0.02	0.524	3.05	2.05	3.3	96.3	0.4	-1.86	0.40	0.52	2.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	106032	6708	24	0	24	0	52716	logfile
✘	7QDS	13925	2023-08-13	2021-11-30	3.8	3.53	3.57	3.7	0.005	0.86	1.0	0.05	14.59	0.01	2.067	14.28	0.00	5.7	94.3	0.0	-0.33	0.80	0.82	1.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13798	1771	4	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 542
• next →