Table showing results for December 2022

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6VVZ	21408	2022-12-18	2020-02-18	3.72	4.46	—	4.0	0.008	0.92	0.0	0.05	20.23	0.01	1.180	9.80	6.36	7.1	92.8	0.1	-3.51	0.90	0.85	1.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29860	3508	12	127	4	0	0	logfile
✘	6YBP	10770	2022-12-19	2020-03-17	3.48	3.86	—	3.8	0.008	0.76	0.0	0.05	14.57	0.01	1.184	8.10	0.00	6.4	93.6	0.0	-2.69	0.74	0.85	2.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36410	4702	24	0	12	0	0	logfile
✘	7AoE	11842	2022-12-18	2020-10-14	3.9	4.08	—	4.0	0.007	0.92	0.0	0.05	15.84	0.01	1.910	21.75	0.57	11.4	88.3	0.3	-4.07	0.71	0.78	1.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30828	3768	20	46	6	0	0	logfile
✘	7CQK	30442	2022-12-18	2020-08-11	3.3	3.38	—	3.3	0.010	1.35	3.0	0.08	19.24	0.01	0.963	30.09	21.66	11.3	87.7	1.0	-5.35	0.70	0.84	2.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8859	1116	7	0	2	0	0	logfile
✘	6RPo	4979	2022-12-19	2019-05-14	2.39	2.44	—	2.4	0.006	0.92	0.0	0.05	15.02	0.01	2.326	7.31	0.00	3.7	95.8	0.5	-2.67	0.72	0.86	4.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	101400	12060	60	0	0	0	0	logfile
✘	7LUM	23522	2022-12-19	2021-02-22	4.5	4.68	—	4.6	0.007	0.85	0.0	0.05	14.02	0.00	1.970	26.31	0.00	7.5	92.3	0.2	-0.70	0.79	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	63978	8374	16	0	0	0	0	logfile
✔	6RPK	4977	2022-12-19	2019-05-14	2.84	2.92	—	2.9	0.006	0.83	0.0	0.05	13.25	0.01	0.152	22.63	0.00	5.5	94.0	0.5	-3.71	0.71	0.83	2.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	103090	12261	61	0	0	0	0	logfile
✘	6VVX	21406	2022-12-18	2020-02-18	3.39	4.23	—	3.8	0.007	0.84	0.0	0.05	18.93	0.01	1.182	5.43	3.99	6.2	93.8	0.0	-3.74	0.90	0.87	1.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29858	3508	12	128	4	0	0	logfile
✘	6VEF	21156	2022-12-18	2019-12-31	4.08	4.14	—	4.1	0.009	1.19	0.0	0.07	11.76	0.01	1.866	12.30	0.00	10.4	89.5	0.1	-4.48	0.77	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13414	1688	4	0	4	0	0	logfile
✘	7CZY	30521	2022-12-18	2020-09-09	3.3	3.38	—	3.3	0.011	1.00	0.0	0.07	17.68	0.01	1.865	25.81	12.01	10.3	87.0	2.6	-3.80	0.62	0.70	1.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31186	3880	33	0	76	0	0	logfile
✘	6ZKS	11260	2022-12-19	2020-06-30	3.1	2.60	—	2.9	0.007	0.99	0.0	1.03	11.39	0.01	2.218	6.07	0.10	3.9	96.1	0.0	-3.09	0.57	0.78	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	66294	8070	67	0	36	0	0	logfile
✘	7LH2	23334	2022-12-18	2021-01-21	3.43	4.01	—	3.9	0.003	0.56	0.0	0.04	13.18	0.00	2.030	7.06	0.18	2.7	97.3	0.0	0.96	0.66	0.82	1.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10528	1360	4	0	4	0	0	logfile
✘	7AGG	11779	2022-12-18	2020-09-22	3.3	3.68	—	3.6	0.007	0.79	0.0	0.05	13.16	0.01	1.980	6.95	0.00	4.2	95.8	0.0	-1.18	0.83	0.80	3.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8252	1056	5	0	0	0	0	logfile
✘	6YEZ	10798	2022-12-20	2020-03-25	2.7	3.21	2.66	3.1	0.025	2.78	6.0	0.13	20.66	0.01	1.193	31.18	0.61	5.2	94.5	0.4	-1.96	0.77	0.87	2.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39217	3438	35	0	244	2	0	logfile
✘	6T7S	10371	2022-12-18	2019-10-23	4.5	4.67	—	4.5	0.004	0.93	0.0	0.06	14.16	0.01	2.278	7.26	0.28	6.0	94.0	0.0	-4.74	0.65	0.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23436	3090	3	0	0	0	0	logfile
✘	6XZD	10659	2022-12-19	2020-02-04	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7KDK	22825	2022-12-18	2020-10-08	2.8	3.18	—	3.1	0.013	1.77	8.0	0.10	12.82	0.01	2.490	0.43	0.12	5.2	94.7	0.1	-0.98	0.75	0.77	3.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23688	2916	21	0	63	0	0	logfile
✘	7CKZ	30395	2022-12-18	2020-07-20	3.1	3.23	—	3.2	0.003	0.52	0.0	0.04	13.75	0.00	1.570	23.13	0.93	3.1	96.9	0.0	-3.38	0.59	0.71	2.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8133	1037	5	0	3	0	0	logfile
✘	6WLW	21844	2022-12-18	2020-04-20	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22145	2749	35	0	61	0	0	logfile
✘	7D0J	30536	2022-12-19	2020-09-10	3.42	3.77	—	3.7	0.011	1.27	0.0	0.09	18.65	0.01	1.058	17.22	0.04	9.4	90.3	0.3	-2.31	0.77	0.79	2.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	68860	5923	56	0	453	0	0	logfile

• ← previous
• Page 3 of 443
• next →