Table showing results for April 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6XZR	10666	2023-04-23	2020-02-05	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7WYX	32897	2023-04-26	2022-02-16	3.4	3.47	—	3.5	0.011	1.35	0.0	0.07	19.01	0.01	1.893	10.48	10.43	8.3	91.0	0.7	-3.31	0.74	0.80	1.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22714	2654	22	0	78	6	0	logfile
✘	7NKZ	12451	2023-04-20	2021-02-19	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6424	792	4	0	5	42	0	logfile
✘	7XQi	33397	2023-04-21	2022-05-07	3.7	4.27	3.41	4.0	0.006	0.72	0.0	0.04	14.16	0.00	2.304	5.68	2.27	2.1	97.9	0.0	-2.27	0.76	0.86	3.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9582	1176	6	0	0	0	0	logfile
✘	3J5Q	5776	2023-04-24	2013-10-28	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18556	2448	8	0	44	0	292	logfile
✘	7QFQ	13947	2023-04-21	2021-12-06	3.6	3.83	3.58	4.0	0.002	0.54	0.0	0.04	12.93	0.00	2.177	8.31	0.00	5.4	94.6	0.0	-0.70	0.65	0.70	1.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10659	1291	1	0	0	0	0	logfile
✘	6NQ2	0479	2023-04-21	2019-01-18	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10140	1242	4	0	2	0	0	logfile
✘	7AoC	11840	2023-04-29	2020-10-14	3.84	3.91	—	3.9	0.007	0.88	0.0	0.05	15.05	0.01	1.929	15.82	0.33	11.2	88.5	0.3	-4.08	0.70	0.81	1.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29724	3746	17	0	6	0	0	logfile
✘	7SWP	25478	2023-04-20	2021-11-20	3.8	3.74	—	4.0	0.008	0.92	0.0	0.05	12.87	0.01	2.202	40.14	0.00	12.1	87.9	0.0	-2.17	0.51	0.71	1.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3372	436	3	0	0	0	0	logfile
✘	7W9T	32372	2023-04-23	2021-12-10	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14841	1709	8	0	39	0	0	logfile
✘	7KUE	23036	2023-04-20	2020-11-24	3.5	2.53	3.43	2.0	0.010	1.62	3.0	0.11	15.46	0.01	2.205	5.73	0.78	8.4	91.6	0.0	-4.55	0.71	0.69	2.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4726	577	4	0	2	0	0	logfile
✘	6C9A	7435	2023-04-22	2018-01-25	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12182	1446	6	0	8	0	0	logfile
✘	6P19	20234	2023-04-28	2019-05-19	3.8	3.94	3.94	3.8	0.008	0.92	0.0	0.06	16.49	0.01	2.061	7.97	0.46	6.1	93.9	0.0	-3.93	0.84	0.82	1.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27416	3323	10	66	3	0	0	logfile
✘	7W9M	32370	2023-04-23	2021-12-10	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14219	1710	7	0	18	0	0	logfile
✘	7UAE	26422	2023-04-20	2022-03-12	2.6	2.71	2.62	2.3	0.012	1.76	2.0	0.10	12.76	0.02	2.282	0.11	0.00	3.9	96.1	0.0	-0.18	0.66	0.87	6.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4513	535	7	0	18	0	0	logfile
✘	6WXV	21964	2023-04-21	2020-05-12	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10605	1319	5	0	15	0	0	logfile
✘	7XEo	33157	2023-04-25	2022-03-31	2.89	3.27	3.13	3.3	0.003	0.70	4.0	0.05	12.94	0.00	2.214	13.56	0.74	4.3	94.7	1.0	0.03	0.75	0.82	2.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19980	2456	4	0	0	0	0	logfile
✘	7NNL	12478	2023-04-22	2021-02-25	3.1	3.27	3.06	3.2	0.006	0.91	0.0	0.05	15.46	0.01	2.230	6.05	0.00	3.7	96.3	0.0	-1.05	0.70	0.85	2.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11099	1456	6	0	13	0	0	logfile
✘	7PD3	13329	2023-04-20	2021-08-04	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	108076	9276	76	1522	125	0	0	logfile
✘	7SCJ	25036	2023-04-21	2021-09-28	3.4	2.31	2.97	2.0	0.004	0.60	0.0	0.05	11.12	0.01	2.200	9.22	0.00	5.7	94.3	0.0	-0.25	0.75	0.72	3.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9336	1131	6	2	7	0	0	logfile

• ← previous
• Page 3 of 372
• next →