Table showing results for July 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	5M64	3449	2023-07-16	2016-10-24	4.6	4.57	—	4.5	0.003	0.69	2.0	0.05	12.90	0.00	1.067	13.00	2.03	4.9	95.0	0.1	-4.55	0.71	0.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35876	4383	22	51	6	0	0	logfile
✘	6R0Y	4700	2023-07-18	2019-03-13	3.9	3.89	—	3.9	0.009	1.08	0.0	0.06	10.27	0.01	2.169	5.26	0.31	7.3	92.7	0.0	-4.22	0.84	0.84	2.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40169	5845	28	0	3	0	0	logfile
✘	8B3o	15831	2023-07-10	2022-09-16	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6KUR	9581	2023-07-06	2019-09-02	3.7	3.80	—	3.8	0.004	0.79	0.0	0.05	10.86	0.01	2.143	6.20	1.01	7.0	92.9	0.1	-4.96	0.74	0.78	2.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12384	1465	5	28	0	0	0	logfile
✘	7BSP	30163	2023-07-06	2020-03-31	4.0	4.12	—	4.0	0.005	0.66	0.0	0.04	13.90	0.01	1.928	53.93	0.00	14.6	85.4	0.0	-7.27	0.68	0.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11010	1352	5	0	5	0	0	logfile
✘	6GDG	4390	2023-07-04	2018-04-23	4.11	3.92	—	4.0	0.008	1.10	0.0	0.06	12.81	0.00	2.449	0.87	2.07	4.9	94.6	0.5	-3.15	0.76	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7223	997	6	0	1	0	0	logfile
✘	7VDM	31923	2023-07-04	2021-09-07	2.98	2.90	—	3.0	0.008	1.29	0.0	0.07	13.54	0.01	2.261	4.17	0.22	4.5	95.5	0.0	-2.74	0.66	0.77	3.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8563	1096	7	0	1	0	0	logfile
✘	5UK1	8563	2023-07-16	2017-01-19	4.8	7.30	—	7.0	0.010	1.28	0.0	0.07	10.82	0.01	2.106	4.22	0.16	8.1	91.8	0.1	-3.97	0.88	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	33948	2196	21	0	33	0	16401	logfile
✘	7DBH	30631	2023-07-05	2020-10-20	3.6	4.18	—	3.4	0.007	0.74	1.0	0.05	28.88	0.00	1.451	11.99	0.17	3.2	96.8	0.0	0.54	0.91	0.85	2.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10631	697	10	252	0	0	0	logfile
✘	8DQ0	27645	2023-07-10	2022-07-18	3.74	3.61	3.79	3.6	0.008	0.98	0.0	0.05	15.88	0.01	2.203	6.20	1.20	4.9	95.1	0.0	-1.54	0.53	0.72	2.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17129	1075	6	0	2	0	8445	logfile
✘	5ZAK	6904	2023-07-06	2018-02-07	4.4	3.52	—	3.2	0.009	1.61	1.0	0.07	11.72	0.01	2.185	17.87	0.72	17.3	82.4	0.3	-5.20	0.80	0.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11112	1389	2	0	0	0	0	logfile
✘	5UK2	8564	2023-07-16	2017-01-19	4.8	4.64	—	4.6	0.012	1.36	0.0	0.07	11.26	0.01	2.083	3.96	0.16	8.7	91.1	0.1	-4.11	0.80	0.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	33948	2196	21	0	33	0	16401	logfile
✘	7ND7	12278	2023-07-16	2021-01-30	3.6	3.91	—	3.8	0.004	0.63	0.0	0.05	11.00	0.00	2.229	3.62	0.38	3.7	96.2	0.2	-0.12	0.77	0.72	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29591	3699	30	0	64	0	0	logfile
✘	6MZU	9307	2023-07-15	2018-11-05	3.4	3.56	—	3.5	0.006	0.72	0.0	0.05	8.11	0.01	2.309	6.63	0.03	2.5	97.5	0.0	-4.73	0.78	0.85	4.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32833	4523	42	0	0	0	0	logfile
✘	5UCY	8539	2023-07-11	2016-12-22	4.6	4.99	—	4.6	0.011	1.21	3.0	0.06	13.21	0.01	0.244	89.25	0.68	11.3	88.3	0.5	-4.47	0.50	0.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24990	2610	12	3	6	0	4452	logfile
✘	7XJi	33228	2023-07-04	2022-04-18	3.9	3.60	3.70	3.9	0.003	0.60	0.0	0.04	13.86	0.00	2.165	9.02	0.00	4.3	95.7	0.0	-0.25	0.61	0.78	2.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7851	1027	6	0	1	0	0	logfile
✘	7oY8	13110	2023-07-11	2021-06-23	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22902	2293	103	0	68	372	0	logfile
✘	5M5W	3446	2023-07-16	2016-10-23	3.8	3.89	—	3.9	0.003	0.62	4.0	0.05	12.18	0.00	1.405	11.80	1.35	4.3	95.6	0.1	-4.15	0.68	0.68	1.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	34780	4271	21	43	7	0	0	logfile
✘	6XKT	22224	2023-07-06	2020-06-27	3.75	3.88	—	3.8	0.009	0.99	1.0	0.07	13.78	0.01	1.732	26.25	0.08	16.5	83.1	0.4	-4.20	0.75	0.79	2.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13079	1678	12	0	8	0	0	logfile
✘	6RAJ	4777	2023-07-05	2019-04-06	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10198	1282	5	0	4	0	0	logfile

• ← previous
• Page 3 of 500
• next →