cryo-EM Re-Refine

Table showing results for July 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	5GJW	9515	2023-07-10	2016-07-02	3.9	4.02	—	4.0	0.012	1.51	20.0	0.08	11.56	0.01	1.844	12.82	1.50	12.8	85.5	1.7	-5.28	0.55	0.80	1.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21561	2676	14	0	29	0	0	logfile
✘	7SQ7	25378	2023-07-07	2021-11-04	2.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15305	1852	16	0	13	8	0	logfile
✘	7XAV	33100	2023-07-04	2022-03-19	2.87	3.03	2.89	3.1	0.009	1.05	0.0	0.06	14.14	0.01	1.494	7.90	0.71	8.3	91.7	0.0	-4.66	0.63	0.77	2.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8410	1140	6	0	1	0	0	logfile
✘	7VZR	32229	2023-07-10	2021-11-16	2.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21354	2266	22	0	117	6	0	logfile
✘	8F0A	28754	2023-07-09	2022-11-02	2.6	3.77	2.61	3.4	0.031	1.77	0.0	0.13	9.86	0.01	2.388	0.56	0.00	0.8	99.2	0.0	0.72	0.68	0.66	4.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18060	1212	9	0	0	0	9189	logfile
✘	5XTH	6775	2023-07-06	2017-06-19	3.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	115642	14193	113	0	63	0	0	logfile
✘	7oY2	13108	2023-07-04	2021-06-23	2.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7166	858	7	0	7	24	0	logfile
✘	8EAG	27975	2023-07-11	2022-08-29	3.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24218	3008	17	9	14	12	0	logfile
✘	7Ji3	22343	2023-07-04	2020-07-22	3.46	4.28	—	4.0	0.005	0.79	0.0	0.05	13.46	0.01	2.365	6.77	0.00	3.6	96.4	0.0	-5.13	0.64	0.72	2.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6000	777	3	0	0	0	0	logfile
✘	8EAL	27980	2023-07-13	2022-08-29	2.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28500	3534	18	11	16	15	0	logfile
✘	7D5i	30582	2023-07-04	2020-09-26	2.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6232	793	3	0	3	0	0	logfile
✘	8EAF	27974	2023-07-13	2022-08-29	2.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28500	3534	18	11	16	15	0	logfile
✘	7DSX	30849	2023-07-06	2021-01-03	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-2.95	—	—	2.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11106	1388	6	0	8	0	0	logfile
✘	7MHS	23835	2023-07-10	2021-04-15	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21148	2652	11	0	48	0	0	logfile
✘	5GJV	9513	2023-07-10	2016-07-02	3.6	3.69	—	3.7	0.013	1.62	32.0	0.08	14.85	0.01	1.695	18.01	4.57	11.6	86.4	2.0	-5.08	0.54	0.79	2.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21904	2661	14	0	43	0	0	logfile
✘	6NT5	0502	2023-07-03	2019-01-28	4.1	4.28	—	4.1	0.006	0.93	0.0	0.05	10.32	0.01	2.300	3.59	0.41	4.7	95.3	0.0	-2.40	0.73	0.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4586	584	2	0	0	0	0	logfile
✘	6L4U	0835	2023-07-05	2019-10-21	2.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	62199	5075	72	0	557	156	0	logfile
✘	7YPQ	34011	2023-07-03	2022-08-04	3.1	3.22	2.15	3.2	0.005	0.63	0.0	0.05	17.29	0.00	2.261	7.93	0.00	2.2	97.8	0.0	-0.66	0.52	0.79	2.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2915	327	2	11	0	0	0	logfile
✘	7Y81	33677	2023-07-06	2022-06-22	2.54	2.77	2.62	2.8	0.006	0.86	0.0	0.06	19.33	0.01	2.034	7.10	2.91	1.2	98.8	0.0	-1.88	0.65	0.80	3.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11044	1223	4	55	5	0	0	logfile
✘	7EJ8	31156	2023-07-04	2021-04-01	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8647	1100	6	0	1	0	0	logfile