Table showing results for November 2022

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	5A7U	3079	2022-11-29	2015-07-10	4.8	3.82	—	4.6	0.020	3.41	3.0	0.25	21.78	0.08	2.651	30.77	25.00	24.0	72.0	4.0	-6.05	-0.01	0.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	455	27	1	0	1	0	231	logfile
✔	6VU8	21388	2022-11-29	2020-02-14	4.14	4.31	4.17	4.2	0.006	1.05	0.0	0.05	16.21	0.01	2.262	7.78	0.00	9.9	90.1	0.0	-4.91	0.72	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5249	669	2	0	0	0	0	logfile
✘	6VU5	21387	2022-11-29	2020-02-14	3.5	3.59	3.38	3.5	0.007	0.99	0.0	0.06	15.26	0.01	2.230	8.48	0.00	9.0	91.0	0.0	-4.94	0.72	0.75	1.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4657	576	2	0	27	0	0	logfile
✔	5WQ8	6676	2022-11-29	2016-11-23	3.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	56460	7440	15	0	0	0	0	logfile
✘	7CKR	30391	2022-11-29	2020-07-18	3.0	3.32	—	3.4	0.009	1.22	9.0	0.09	17.22	0.01	1.896	18.48	11.04	8.0	91.9	0.2	-2.89	0.45	0.60	2.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4094	597	3	0	1	0	0	logfile
✔	7K1V	22630	2022-11-29	2020-09-08	4.6	4.95	—	4.8	0.008	1.12	0.0	0.06	15.77	0.01	2.159	13.77	0.40	11.0	89.0	0.0	-4.04	0.71	0.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4971	626	1	0	0	0	0	logfile
✔	6XLY	22252	2022-11-29	2020-06-29	3.1	4.00	3.11	3.5	0.006	0.95	0.0	0.05	15.47	0.01	2.336	4.00	0.97	4.3	95.7	0.0	-5.77	0.86	0.77	1.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5111	646	1	0	1	0	0	logfile
✔	6PCR	20305	2022-11-29	2019-06-18	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72166	967	8	3015	1	0	0	logfile
✔	6F1V	4170	2022-11-29	2017-11-23	3.4	4.10	—	3.7	0.014	1.86	0.0	0.09	11.72	0.01	2.246	13.29	0.18	11.1	88.7	0.2	-3.46	0.46	0.69	0.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5164	628	2	0	0	0	0	logfile
✔	6PZT	20537	2022-11-29	2019-08-01	3.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6062	932	2	0	0	0	0	logfile
✔	6oUA	20200	2022-11-29	2019-05-04	4.18	4.32	—	4.3	0.008	1.37	1.0	0.07	13.97	0.01	2.294	7.13	2.35	17.4	82.3	0.3	-5.89	0.72	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5208	637	3	0	0	0	0	logfile
✘	6V4D	21040	2022-11-29	2019-11-27	3.8	4.13	—	4.1	0.007	0.90	0.0	0.06	13.63	0.01	1.752	21.75	1.35	7.0	93.0	0.0	-3.84	0.49	0.80	2.10	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3095	422	1	0	0	0	0	logfile
✘	6XPE	22286	2022-11-29	2020-07-08	4.1	4.23	—	4.2	0.006	0.82	0.0	0.04	14.30	0.00	1.492	20.11	2.08	10.6	88.1	1.3	-5.36	0.60	0.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4292	554	4	0	8	0	0	logfile
✔	6ZQi	11364	2022-11-29	2020-07-09	3.8	4.13	3.63	4.1	0.002	0.56	0.0	0.04	12.40	0.00	2.336	6.43	1.12	3.1	96.9	0.0	-2.14	0.67	0.78	0.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5032	655	4	0	1	0	0	logfile
✔	6LNi	0931	2022-11-29	2019-12-30	2.702	2.94	—	2.9	0.004	0.55	0.0	0.04	14.81	0.00	2.200	10.98	0.00	12.6	87.4	0.0	-6.05	0.48	0.82	5.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4920	600	10	0	0	0	0	logfile
✘	5X1G	6701	2022-11-29	2017-01-25	4.5	7.89	—	37.0	0.008	1.42	0.0	0.05	10.05	0.01	2.345	27.78	0.00	6.9	93.1	0.0	-2.75	0.00	0.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	155	31	1	0	0	0	0	logfile
✔	6RDK	4821	2022-11-29	2019-04-12	3.7	3.64	—	3.7	0.006	0.91	0.0	0.06	14.09	0.01	2.103	6.44	0.44	4.9	94.9	0.2	-4.35	0.70	0.82	2.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53748	7103	37	0	11	0	0	logfile
✔	6W4S	21539	2022-11-29	2020-03-11	3.2	3.63	—	3.6	0.004	0.57	0.0	0.04	14.38	0.00	2.176	8.30	4.45	5.6	94.4	0.0	-1.13	0.61	0.85	2.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4986	650	3	0	0	0	0	logfile
✔	7LRS	23498	2022-11-29	2021-02-17	3.89	4.36	3.88	4.1	0.003	0.64	0.0	0.04	13.26	0.00	2.181	9.22	0.19	10.7	88.7	0.6	-2.85	0.87	0.79	2.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4912	625	5	0	8	0	0	logfile
✔	7M7B	23709	2022-11-29	2021-03-27	2.95	3.73	2.93	3.1	0.012	1.87	5.0	0.11	13.09	0.02	2.512	0.31	0.00	3.5	96.5	0.0	-0.73	0.62	0.86	4.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4898	635	4	0	2	0	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 23
• next →