Table showing results for December 2022

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7D7R	30610	2022-12-18	2020-10-05	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-3.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7680	1160	2	0	0	0	0	logfile
✘	6YBP	10770	2022-12-19	2020-03-17	3.48	3.86	—	3.8	0.008	0.76	0.0	0.05	14.57	0.01	1.184	8.10	0.00	6.4	93.6	0.0	-2.69	0.74	0.85	2.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36410	4702	24	0	12	0	0	logfile
✘	7CQK	30442	2022-12-18	2020-08-11	3.3	3.38	—	3.3	0.010	1.35	3.0	0.08	19.24	0.01	0.963	30.09	21.66	11.3	87.7	1.0	-5.35	0.70	0.84	2.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8859	1116	7	0	2	0	0	logfile
✘	6XZR	10666	2022-12-19	2020-02-05	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6VXZ	21453	2022-12-18	2020-02-25	3.42	3.56	3.37	3.6	0.011	1.06	0.0	0.06	19.90	0.01	1.959	12.76	2.40	8.1	91.9	0.0	-3.97	0.71	0.81	1.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13324	1556	8	0	28	0	0	logfile
✘	6XZG	10662	2022-12-19	2020-02-04	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✔	6RPK	4977	2022-12-19	2019-05-14	2.84	2.92	—	2.9	0.006	0.83	0.0	0.05	13.25	0.01	0.152	22.63	0.00	5.5	94.0	0.5	-3.71	0.71	0.83	2.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	103090	12261	61	0	0	0	0	logfile
✘	7CKR	30391	2022-12-18	2020-07-18	3.0	3.32	—	3.4	0.009	1.22	9.0	0.09	17.22	0.01	1.896	18.48	11.04	8.0	91.9	0.2	-2.89	0.45	0.60	2.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4094	597	3	0	1	0	0	logfile
✘	6VEF	21156	2022-12-18	2019-12-31	4.08	4.14	—	4.1	0.009	1.19	0.0	0.07	11.76	0.01	1.866	12.30	0.00	10.4	89.5	0.1	-4.48	0.77	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13414	1688	4	0	4	0	0	logfile
✘	6TRC	10558	2022-12-19	2019-12-18	2.98	3.06	—	3.1	0.010	1.16	0.0	0.07	19.32	0.02	1.220	9.53	1.42	7.9	92.1	0.0	-3.92	0.71	0.79	3.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	75591	6849	99	0	402	651	0	logfile
✘	6ZKS	11260	2022-12-19	2020-06-30	3.1	2.60	—	2.9	0.007	0.99	0.0	1.03	11.39	0.01	2.218	6.07	0.10	3.9	96.1	0.0	-3.09	0.57	0.78	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	66294	8070	67	0	36	0	0	logfile
✔	7RTM	24683	2022-12-18	2021-08-13	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9161	1142	6	0	12	0	0	logfile
✘	7CUM	30472	2022-12-18	2020-08-23	3.52	3.83	—	3.8	0.007	1.14	3.0	0.08	14.62	0.01	1.183	10.92	0.34	7.1	92.9	0.0	-4.26	0.69	0.76	2.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22214	1358	4	0	19	0	10852	logfile
✘	6X93	22098	2022-12-18	2020-06-02	3.5	3.96	—	3.7	0.007	1.13	0.0	0.06	13.58	0.01	2.173	17.99	0.42	5.0	95.0	0.0	-3.25	0.70	0.61	1.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6846	1042	6	0	0	0	0	logfile
✘	6LQA	0942	2022-12-18	2020-01-13	3.3	3.51	—	3.5	0.008	1.28	0.0	0.07	14.15	0.01	1.369	15.42	6.02	7.8	91.4	0.9	-4.09	0.56	0.77	2.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9387	1151	1	0	10	0	0	logfile
✘	6XZD	10659	2022-12-19	2020-02-04	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7CMi	30407	2022-12-18	2020-07-27	2.9	3.36	—	3.3	0.006	1.00	0.0	0.05	15.26	0.01	1.904	7.49	1.44	7.2	91.4	1.4	-5.99	0.62	0.67	0.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7353	928	7	0	10	6	0	logfile
✘	7CKZ	30395	2022-12-18	2020-07-20	3.1	3.23	—	3.2	0.003	0.52	0.0	0.04	13.75	0.00	1.570	23.13	0.93	3.1	96.9	0.0	-3.38	0.59	0.71	2.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8133	1037	5	0	3	0	0	logfile
✘	6WLW	21844	2022-12-18	2020-04-20	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22145	2749	35	0	61	0	0	logfile
✘	7D0J	30536	2022-12-19	2020-09-10	3.42	3.77	—	3.7	0.011	1.27	0.0	0.09	18.65	0.01	1.058	17.22	0.04	9.4	90.3	0.3	-2.31	0.77	0.79	2.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	68860	5923	56	0	453	0	0	logfile

• ← previous
• Page 3 of 443
• next →