Table showing results for December 2022

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6FBS	4225	2022-12-18	2017-12-19	3.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-4.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13421	1665	5	8	3	0	0	logfile
✘	6S3K	10092	2022-12-18	2019-06-25	3.7	4.09	3.85	4.1	0.008	1.12	0.0	0.06	15.38	0.01	2.276	5.98	0.62	10.7	89.3	0.0	-4.54	0.57	0.75	0.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8902	1146	4	0	6	0	0	logfile
✘	3JD6	6425	2022-12-21	2016-04-12	4.1	5.00	—	4.6	0.026	2.70	34.0	0.12	14.71	0.02	0.000	5.64	0.00	13.3	86.1	0.6	-3.14	0.59	0.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	45781	2839	17	0	0	0	22542	logfile
✘	2XEA	1730	2022-12-19	2010-05-12	4.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	63950	7700	100	150	0	0	0	logfile
✘	4CE4	2490	2022-12-19	2013-11-08	4.9	5.03	—	5.0	0.004	0.79	0.0	0.04	14.48	0.00	1.398	13.86	2.64	5.3	94.5	0.2	-2.30	0.47	0.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	65473	3572	40	1437	984	0	0	logfile
✘	6BAJ	7074	2022-12-18	2017-10-13	3.2	3.67	—	3.6	0.008	1.40	0.0	0.06	15.64	0.01	2.131	6.76	1.74	6.6	93.0	0.4	-4.66	0.60	0.79	3.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24318	3042	7	0	42	1	0	logfile
✔	6MZU	9307	2022-12-18	2018-11-05	3.4	3.56	—	3.5	0.006	0.72	0.0	0.05	8.11	0.01	2.309	6.63	0.03	2.5	97.5	0.0	-4.73	0.78	0.85	4.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32833	4523	42	0	0	0	0	logfile
✘	6Mi8	9126	2022-12-18	2018-09-19	4.3	4.20	—	4.2	0.007	1.17	0.0	0.07	11.58	0.01	1.262	6.40	0.13	8.8	91.2	0.0	-5.13	0.56	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7139	911	6	0	2	0	0	logfile
✘	6EF0	9042	2022-12-18	2018-08-15	4.43	3.84	—	4.1	0.011	1.07	0.0	0.06	12.59	0.01	2.089	8.62	0.00	16.8	83.2	0.0	-5.24	0.62	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24748	3318	20	0	6	0	0	logfile
✘	6HCY	0199	2022-12-18	2018-08-17	3.1	3.48	3.04	3.4	0.015	1.26	0.0	0.06	13.94	0.01	2.017	2.66	0.79	6.2	93.8	0.0	-6.30	0.67	0.89	5.10	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11007	1308	6	0	15	0	0	logfile
✘	6UiA	20784	2022-12-18	2019-09-30	4.3	4.41	—	4.3	0.020	1.71	18.0	0.09	15.65	0.01	1.174	14.61	1.60	8.4	90.9	0.7	-4.29	0.70	0.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31720	4084	6	0	2	0	0	logfile
✘	6Po1	20406	2022-12-19	2019-07-03	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53244	3407	20	0	18	0	26717	logfile
✘	5G06	3366	2022-12-18	2016-03-17	4.2	4.89	—	4.7	0.036	3.53	246.0	0.21	17.03	0.03	1.189	3.07	3.01	5.9	92.3	1.9	-2.39	0.66	0.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26794	3420	11	0	0	0	0	logfile
✘	6G2H	4343	2022-12-19	2018-03-23	4.6	4.69	—	4.5	0.013	1.94	46.0	0.11	13.54	0.01	1.921	14.14	2.29	8.3	91.0	0.7	-3.04	0.79	0.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	103896	6454	6	0	0	0	51852	logfile
✘	5YKG	6833	2022-12-22	2017-10-14	4.57	4.68	4.39	4.4	0.005	0.71	4.0	0.04	13.41	0.01	2.245	13.43	7.90	4.2	95.6	0.1	-2.42	0.73	0.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	50868	6536	16	0	12	0	0	logfile
✘	6iP2	9698	2022-12-18	2018-11-01	3.7	3.82	—	3.8	0.008	1.38	0.0	0.06	11.73	0.01	2.237	6.67	0.26	12.2	87.7	0.1	-5.47	0.70	0.77	1.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24660	3120	12	0	12	0	0	logfile
✘	6Bo5	7119	2022-12-18	2017-11-18	3.6	3.71	—	3.6	0.005	1.08	0.0	0.05	12.89	0.01	2.277	11.47	1.84	9.1	90.5	0.4	-5.44	0.66	0.72	1.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17236	2228	4	0	0	0	0	logfile
✘	6KMX	0727	2022-12-19	2019-08-01	2.41	2.47	—	2.4	0.025	2.34	0.0	0.08	19.68	0.03	1.209	6.49	2.13	3.1	96.8	0.1	-4.21	0.75	0.87	4.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	65112	5919	72	0	363	636	0	logfile
✘	6JP5	9866	2022-12-18	2019-03-25	2.9	3.03	—	3.1	0.016	1.53	4.0	0.12	14.51	0.01	1.921	28.88	6.11	7.7	91.7	0.6	-3.65	0.56	0.62	2.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22068	2694	14	0	39	0	0	logfile
✘	6JPB	9869	2022-12-18	2019-03-26	2.9	3.09	—	3.1	0.015	1.47	3.0	0.12	14.12	0.01	1.739	21.21	4.38	8.5	91.1	0.4	-4.25	0.61	0.77	2.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21989	2694	14	0	35	0	0	logfile

• ← previous
• Page 5 of 443
• next →