Table showing results for July 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7D74	30601	2023-07-16	2020-10-02	3.1	2.42	—	3.0	0.009	1.38	1.0	0.08	19.73	0.01	1.922	10.36	8.87	4.8	94.8	0.4	-2.46	0.51	0.65	2.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35353	4503	24	0	12	0	0	logfile
✘	8E97	27958	2023-07-10	2022-08-26	4.19	3.55	4.21	3.4	0.007	1.06	6.0	0.07	13.30	0.01	1.822	12.52	1.35	13.4	85.9	0.7	-5.58	0.60	0.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20374	3074	10	0	15	0	0	logfile
✘	6oPC	20149	2023-07-14	2019-04-24	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30015	4455	13	0	48	0	0	logfile
✘	6M5R	30090	2023-07-06	2020-03-11	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-3.65	—	—	2.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11055	1440	4	0	2	0	0	logfile
✘	6NT3	0500	2023-07-05	2019-01-28	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10934	1278	5	0	20	0	0	logfile
✘	7ZDW	14675	2023-07-05	2022-03-29	3.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9039	1159	2	0	3	0	0	logfile
✘	7XEo	33157	2023-07-09	2022-03-31	2.89	3.27	3.13	3.3	0.003	0.70	4.0	0.05	12.94	0.00	2.214	13.56	0.74	4.3	94.7	1.0	0.03	0.75	0.82	2.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19980	2456	4	0	0	0	0	logfile
✘	6LMK	0917	2023-07-05	2019-12-26	3.7	3.89	—	3.8	0.009	0.96	0.0	0.06	15.10	0.01	2.283	7.02	0.62	6.5	93.5	0.0	-4.19	0.68	0.82	1.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9240	1178	6	0	0	0	0	logfile
✘	8i5G	35194	2023-07-06	2023-01-25	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13389	1565	8	0	29	5	0	logfile
✘	7Y81	33677	2023-07-06	2022-06-22	2.54	2.77	2.62	2.8	0.006	0.86	0.0	0.06	19.33	0.01	2.034	7.10	2.91	1.2	98.8	0.0	-1.88	0.65	0.80	3.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11044	1223	4	55	5	0	0	logfile
✘	7W01	32233	2023-07-06	2021-11-17	3.3	3.43	—	3.4	0.011	1.11	1.0	0.06	15.95	0.01	1.717	9.85	0.60	13.3	85.9	0.8	-4.55	0.68	0.86	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12724	1598	1	0	7	0	0	logfile
✘	8FE1	29019	2023-07-07	2022-12-05	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15445	1772	10	0	48	0	0	logfile
✘	6C9A	7435	2023-07-06	2018-01-25	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12182	1446	6	0	8	0	0	logfile
✘	7SCJ	25036	2023-07-05	2021-09-28	3.4	2.31	2.97	2.0	0.004	0.60	0.0	0.05	11.12	0.01	2.200	9.22	0.00	5.7	94.3	0.0	-0.25	0.75	0.72	3.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9336	1131	6	2	7	0	0	logfile
✘	7K9X	22755	2023-07-05	2020-09-29	3.8	3.44	—	3.7	0.008	0.96	0.0	0.05	15.20	0.01	2.254	6.36	6.12	3.8	96.2	0.0	-1.99	0.79	0.81	0.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10472	1372	4	0	0	0	0	logfile
✘	7WYZ	32899	2023-07-10	2022-02-16	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22682	2654	22	0	78	4	0	logfile
✘	7W9T	32372	2023-07-07	2021-12-10	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14841	1709	8	0	39	0	0	logfile
✘	7W9P	32371	2023-07-07	2021-12-10	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14817	1705	8	0	40	0	0	logfile
✘	7KDV	22830	2023-07-20	2020-10-09	4.59	8.08	5.28	6.0	0.005	0.85	0.0	0.05	12.44	0.01	2.109	12.96	0.98	5.4	94.2	0.4	-1.39	0.88	0.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	51696	6312	42	0	72	0	0	logfile
✘	7T92	25750	2023-07-10	2021-12-17	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18777	1159	8	0	25	0	9156	logfile

• ← previous
• Page 6 of 500
• next →