Table showing results for April 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7DXE	30906	2023-04-26	2021-01-18	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22280	2740	8	0	20	0	0	logfile
✘	7DXB	30903	2023-04-26	2021-01-18	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24244	2952	8	0	32	0	0	logfile
✘	6CFW	7468	2023-04-25	2018-02-17	3.7	3.82	—	3.8	0.010	1.27	1.0	0.07	12.05	0.01	1.968	4.52	1.60	10.7	89.0	0.4	-4.93	0.70	0.86	3.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19589	2530	17	0	4	0	0	logfile
✘	7WMV	32617	2023-04-20	2022-01-17	3.2	3.46	3.34	3.6	0.007	0.94	0.0	0.05	12.40	0.01	2.213	9.72	1.75	4.9	94.9	0.2	-0.06	0.44	0.74	3.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4899	636	3	0	1	0	0	logfile
✘	6VVX	21406	2023-04-29	2020-02-18	3.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29858	3508	12	128	4	0	0	logfile
✘	7WLD	32582	2023-04-25	2022-01-13	2.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19732	2393	11	0	29	0	0	logfile
✘	6VM3	21237	2023-04-23	2020-01-27	3.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15180	1810	15	0	15	0	0	logfile
✘	7DXF	30907	2023-04-26	2021-01-18	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22940	2740	8	0	40	0	0	logfile
✘	7MiY	23868	2023-04-25	2021-04-18	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21483	2598	10	0	28	0	0	logfile
✘	7oWG	13097	2023-04-22	2021-06-18	4.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	114114	7078	8	0	110	0	57040	logfile
✘	7CQ7	30438	2023-04-23	2020-08-08	3.55	3.95	—	4.0	0.008	1.07	0.0	0.06	10.33	0.01	1.915	5.84	0.07	9.3	90.7	0.0	-4.47	0.39	0.42	0.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13810	1766	8	0	9	0	0	logfile
✘	6TRC	10558	2023-04-28	2019-12-18	2.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	75591	6849	99	0	402	651	0	logfile
✘	7LTo	23517	2023-04-20	2021-02-19	3.2	3.37	—	3.3	0.003	0.71	0.0	0.05	15.41	0.00	2.232	11.24	3.25	9.1	90.9	0.0	-4.26	0.71	0.77	2.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4754	605	2	0	0	0	0	logfile
✘	6VVY	21407	2023-04-29	2020-02-18	3.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30033	3516	12	130	4	0	0	logfile
✘	6TRD	10559	2023-04-28	2019-12-18	3.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	74991	6849	84	0	402	51	0	logfile
✘	7LUM	23522	2023-04-22	2021-02-22	4.5	4.68	—	4.6	0.007	0.85	0.0	0.05	14.02	0.00	1.970	26.15	0.00	7.5	92.3	0.2	-0.70	0.79	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	63978	8374	16	0	0	0	0	logfile
✘	7XSQ	33431	2023-04-24	2022-05-15	2.88	2.17	2.83	2.1	0.009	0.93	3.0	0.06	17.11	0.01	2.157	2.60	2.74	6.1	93.8	0.1	-2.88	0.77	0.75	2.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16573	1967	4	34	4	0	0	logfile
✘	7DXC	30904	2023-04-26	2021-01-18	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22896	2808	8	0	20	0	0	logfile
✘	8H0X	34417	2023-04-27	2022-09-30	2.57	2.80	2.62	2.7	0.008	0.93	0.0	0.06	12.74	0.01	2.257	1.76	1.11	3.3	96.7	0.0	-0.82	0.81	0.86	3.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25122	3117	6	0	48	0	0	logfile
✘	7DXG	30908	2023-04-26	2021-01-18	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23432	2792	8	0	40	0	0	logfile

• Page 1 of 372
• next →