Table showing results for February 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6CMo	7517	2023-02-20	2018-03-05	4.5	4.24	—	4.2	0.004	0.99	0.0	0.06	10.43	0.01	2.181	3.92	0.08	1.3	98.7	0.0	-1.97	0.59	0.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11834	1516	7	0	2	0	0	logfile
✘	7YPA	33997	2023-02-25	2022-08-03	3.05	3.16	3.05	3.1	0.003	0.59	0.0	0.04	14.85	0.01	2.191	3.02	0.08	3.1	96.9	0.0	-3.59	0.76	0.81	2.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26022	3129	10	86	3	0	0	logfile
✘	7ELA	31178	2023-02-20	2021-04-09	3.4	3.44	—	3.4	0.003	0.57	0.0	0.04	15.25	0.00	2.153	11.82	2.79	7.9	92.1	0.0	-2.61	0.72	0.78	2.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11791	1451	5	7	3	0	0	logfile
✘	7WTC	32778	2023-02-26	2022-02-04	4.0	4.61	—	3.1	0.008	0.82	0.0	0.05	13.69	0.01	2.060	22.27	0.10	8.0	92.0	0.1	-0.78	0.86	0.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28418	3661	8	0	6	0	0	logfile
✘	7XL4	33272	2023-02-25	2022-04-21	3.86	3.92	—	3.8	0.001	0.36	0.0	0.04	9.42	0.00	2.274	4.13	0.00	1.4	98.6	0.0	-4.82	0.78	0.75	1.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24560	3479	8	0	3	0	0	logfile
✘	6oMB	20124	2023-02-24	2019-04-18	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21815	2775	11	0	48	0	0	logfile
✘	6oES	20036	2023-02-22	2019-03-27	3.06	3.17	—	3.1	0.005	0.77	2.0	0.05	19.56	0.01	2.226	4.56	2.87	3.4	96.4	0.2	-3.12	0.81	0.83	3.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16829	1784	14	128	4	2	0	logfile
✘	6NZK	0557	2023-02-27	2019-02-13	2.8	2.92	—	2.9	0.025	1.80	0.0	0.17	10.31	0.01	2.033	0.97	0.39	1.6	98.3	0.1	0.52	0.79	0.85	4.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29268	3525	39	0	105	396	0	logfile
✘	8GNJ	34166	2023-02-17	2022-08-24	3.78	3.60	3.67	3.6	0.012	1.34	0.0	0.07	15.38	0.01	1.811	12.03	0.00	4.6	95.4	0.0	-3.73	0.66	0.81	1.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5832	746	4	0	1	0	0	logfile
✘	6D6R	7809	2023-02-28	2018-04-22	3.45	2.80	—	3.3	0.008	0.68	0.0	0.04	10.12	0.00	1.816	9.28	0.03	10.0	90.0	0.0	-4.48	0.83	0.79	2.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31639	3889	17	61	3	0	0	logfile
✘	6Hio	0226	2023-02-21	2018-08-30	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16085	1925	20	0	30	0	0	logfile
✘	7ZR8	14886	2023-02-17	2022-05-03	3.7	3.81	3.43	3.8	0.003	0.46	0.0	0.04	8.45	0.00	2.181	7.02	0.74	3.9	96.1	0.0	-0.94	0.72	0.82	2.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3693	471	4	0	1	0	0	logfile
✘	6LBH	0869	2023-02-19	2019-11-14	3.7	3.79	—	3.8	0.006	0.82	0.0	0.05	13.62	0.00	2.079	18.56	0.20	7.7	92.2	0.2	-2.87	0.75	0.83	2.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9219	1236	6	0	0	0	0	logfile
✘	6i53	4411	2023-02-21	2018-11-12	3.2	3.37	3.20	3.3	0.006	0.88	0.0	0.05	9.04	0.01	2.264	3.96	0.00	3.7	96.3	0.0	-4.72	0.52	0.70	4.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15362	1821	16	0	34	0	0	logfile
✘	7X76	33033	2023-02-24	2022-03-09	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64334	3793	18	168	15	0	31436	logfile
✘	7YET	33777	2023-02-20	2022-07-06	3.3	3.55	—	3.5	0.004	0.61	0.0	0.04	14.41	0.01	2.204	7.29	0.23	5.9	93.7	0.4	1.31	0.70	0.81	2.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11862	1493	6	0	1	0	0	logfile
✘	5GW5	9541	2023-02-24	2016-09-08	4.6	4.75	—	4.7	0.002	0.58	0.0	0.04	7.37	0.00	2.136	6.87	0.01	4.5	95.4	0.1	-3.73	0.74	0.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64544	8446	16	0	0	0	0	logfile
✘	7K10	22619	2023-02-19	2020-09-06	3.3	3.44	—	3.4	0.006	0.98	0.0	0.05	15.43	0.01	2.300	4.19	0.37	10.6	89.3	0.1	-5.28	0.72	0.77	2.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10037	1259	1	0	0	0	0	logfile
✘	5XNN	6743	2023-02-19	2017-05-23	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10020	854	8	0	72	0	0	logfile
✘	6VUM	21390	2023-02-21	2020-02-16	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14388	1636	8	0	22	0	0	logfile

• ← previous
• Page 4 of 353
• next →