Table showing results for August 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7RBV	24403	2023-08-21	2021-07-06	3.6	3.85	—	3.8	0.005	0.79	0.0	0.05	13.64	0.00	2.167	6.90	0.19	8.0	91.8	0.2	-1.94	0.72	0.74	2.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30431	3718	40	0	111	0	0	logfile
✘	6XP5	22284	2023-08-16	2020-07-08	4.2	4.73	—	4.3	0.004	0.90	0.0	0.05	14.32	0.00	2.131	14.90	0.27	15.9	83.2	0.9	-5.23	0.79	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21065	2707	15	0	221	0	0	logfile
✘	7LiA	23365	2023-08-09	2021-01-26	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6279	767	5	0	27	0	0	logfile
✘	6ZZY	11589	2023-08-10	2020-08-05	3.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	54609	4594	44	0	379	0	0	logfile
✘	7JRo	22447	2023-08-12	2020-08-12	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12747	1492	17	0	26	0	0	logfile
✘	7UT7	26757	2023-08-14	2022-04-26	1.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16442	1998	12	0	8	415	0	logfile
✘	5WSG	6684	2023-08-19	2016-12-07	4.0	4.08	—	4.0	0.015	1.47	46.0	0.08	14.82	0.01	1.580	27.87	1.96	12.5	85.9	1.6	-4.87	0.46	0.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	76730	8620	51	376	883	0	0	logfile
✘	7DCo	30637	2023-08-18	2020-10-26	2.5	2.59	—	2.6	0.010	1.11	8.0	0.08	13.06	0.01	2.079	5.90	1.87	4.4	95.1	0.5	-3.91	0.53	0.65	3.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	129875	15294	91	556	24	1714	0	logfile
✘	7VAV	31866	2023-08-20	2021-08-30	2.8	2.66	3.31	3.2	0.002	0.49	0.0	0.04	13.26	0.00	2.035	3.96	0.00	1.5	98.5	0.0	1.80	0.63	0.80	2.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29520	3787	14	0	4	0	0	logfile
✘	7Y8A	33683	2023-08-09	2022-06-23	2.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53404	4518	49	0	502	0	0	logfile
✘	5XJC	6721	2023-08-12	2017-04-30	3.6	3.69	3.82	3.6	0.013	1.58	25.0	0.10	16.70	0.01	1.113	24.22	8.13	4.9	93.3	1.8	-1.84	0.46	0.53	1.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	116421	14184	59	405	24	0	0	logfile
✘	7ZDL	14653	2023-08-11	2022-03-29	3.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9029	1152	4	0	5	0	0	logfile
✘	8G1E	29668	2023-08-22	2023-02-02	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32649	4148	12	0	18	90	0	logfile
✘	6VL6	21231	2023-08-16	2020-01-22	4.6	5.00	4.54	4.6	0.019	1.46	0.0	0.09	11.38	0.01	2.431	0.59	0.00	0.9	99.1	0.0	0.45	0.87	0.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21504	2640	24	0	0	0	0	logfile
✘	6PNJ	20397	2023-08-17	2019-07-02	3.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	71511	6660	60	0	420	0	0	logfile
✘	7JMG	22393	2023-08-15	2020-07-31	4.5	7.15	—	4.3	0.005	0.93	0.0	0.05	9.82	0.01	1.373	7.38	0.27	10.3	89.6	0.1	-4.77	0.57	0.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	120756	13500	12	0	3608	0	0	logfile
✘	6Ji0	9831	2023-08-10	2019-02-19	4.2	4.40	—	4.2	0.007	1.15	0.0	0.06	11.77	0.01	2.204	7.43	0.86	12.9	86.9	0.3	-4.44	0.73	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	109772	14332	12	0	16	0	0	logfile
✘	7ToS	26037	2023-08-28	2022-01-24	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	8Gi9	40063	2023-08-10	2023-03-13	2.84	3.09	2.82	3.1	0.009	1.11	0.0	0.10	15.66	0.00	1.878	8.12	0.00	4.6	95.4	0.0	1.20	0.57	0.79	4.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6852	720	3	0	39	45	0	logfile
✘	8EU9	28609	2023-08-20	2022-10-18	3.48	2.61	3.59	2.9	0.006	1.06	0.0	0.06	17.26	0.01	1.528	5.67	0.00	3.6	96.4	0.0	-1.81	0.73	0.77	1.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28517	3660	16	0	6	0	0	logfile

• ← previous
• Page 7 of 542
• next →