Table showing results for June 2021

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6UC2	20725	2021-06-03	2019-09-13	4.48	5.01	4.26	4.8	0.016	1.93	0.0	0.08	19.83	0.01	2.208	12.08	14.82	7.6	92.4	0.0	-4.41	0.61	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28408	3624	16	0	24	0	0	logfile
✘	6YLF	10837	2021-06-02	2020-04-07	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6YTL	10919	2021-06-05	2020-04-24	3.82	3.67	3.70	3.7	0.005	0.76	0.0	0.05	13.89	0.01	1.929	9.79	0.00	3.4	96.6	0.0	-0.15	0.66	0.82	1.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	45782	5874	22	0	0	0	0	logfile
✔	5ZVS	6968	2021-06-03	2018-05-12	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7CWM	30483	2021-06-04	2020-08-29	3.6	4.19	—	3.6	0.008	1.04	2.0	0.07	9.90	0.01	1.512	21.95	0.54	7.7	92.3	0.1	-3.56	0.73	0.65	1.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30772	3883	26	0	44	0	0	logfile
✘	6XE6	22144	2021-06-01	2020-06-12	4.53	4.61	—	4.5	0.078	2.87	2.0	0.50	15.47	0.01	1.098	9.99	1.05	11.3	87.4	1.2	-4.98	0.52	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6530	826	1	0	6	0	0	logfile
✘	6QC4	4496	2021-06-03	2018-12-26	4.6	4.73	4.64	4.6	0.006	1.12	0.0	0.85	11.07	0.01	1.228	7.30	0.38	10.8	89.0	0.1	-3.76	0.73	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	96705	12008	81	0	85	0	0	logfile
✘	7C8D	30305	2021-06-02	2020-05-29	3.0	2.79	—	2.8	0.003	0.53	0.0	0.04	17.37	0.00	1.998	8.71	5.90	3.6	96.4	0.0	-2.80	0.71	0.76	3.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6359	792	3	0	1	0	0	logfile
✘	6Y5K	10700	2021-06-02	2020-02-25	4.2	4.47	4.20	4.2	0.004	0.75	0.0	0.05	12.95	0.00	2.096	10.23	0.00	2.6	97.4	0.0	-1.98	0.86	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10614	1335	9	0	6	0	0	logfile
✘	6oEE	20020	2021-06-03	2019-03-27	3.8	3.96	—	3.8	0.008	1.19	0.0	0.06	17.19	0.01	2.159	9.17	3.57	14.9	85.1	0.0	-4.60	0.35	0.74	0.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28000	3402	14	0	0	0	0	logfile
✘	5W3J	8757	2021-06-01	2017-06-07	4.0	4.33	—	4.1	0.045	1.54	0.0	0.14	8.29	0.00	2.262	6.50	0.00	8.7	90.2	1.2	-5.17	0.60	0.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6913	867	4	1	3	0	0	logfile
✘	6REY	4860	2021-06-02	2019-04-12	3.0	3.50	—	3.4	0.009	1.02	2.0	0.06	9.98	0.01	1.429	4.51	0.71	6.9	93.0	0.1	-4.99	0.76	0.87	4.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	70722	9562	32	0	4	0	0	logfile
✘	6QC3	4495	2021-06-03	2018-12-26	4.2	4.28	4.21	4.2	0.010	1.33	1.0	0.85	11.92	0.01	1.224	8.13	0.75	11.7	88.1	0.1	-3.94	0.67	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	96897	12010	84	0	77	0	0	logfile
✘	6QC2	4494	2021-06-03	2018-12-26	4.2	4.29	4.30	4.2	0.009	1.25	1.0	0.85	11.63	0.01	1.226	7.56	0.57	11.4	88.5	0.1	-3.91	0.69	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	96938	12000	83	0	93	0	0	logfile
✘	6VAF	21139	2021-06-02	2019-12-17	3.9	4.03	—	4.0	0.014	1.95	3.0	0.08	18.58	0.01	2.074	4.37	0.54	8.9	90.7	0.4	-3.45	0.73	0.75	0.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	41243	2429	5	58	0	0	20677	logfile
✘	6VAD	21137	2021-06-02	2019-12-17	3.3	3.38	—	3.4	0.014	1.71	1.0	0.08	16.59	0.01	1.974	4.90	1.13	6.2	93.5	0.2	-2.40	0.66	0.64	1.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37613	2321	2	0	0	0	19096	logfile
✘	6RDG	4817	2021-06-04	2019-04-12	2.9	2.99	2.90	3.0	0.005	0.83	0.0	0.05	13.99	0.01	1.951	6.35	0.22	3.6	96.2	0.2	-4.83	0.69	0.84	3.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	33964	4507	31	0	10	34	0	logfile
✘	6QBX	4493	2021-06-03	2018-12-24	4.2	4.27	4.22	4.2	0.007	1.17	0.0	0.85	11.36	0.01	1.227	7.10	0.40	11.2	88.6	0.1	-3.98	0.64	0.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	97049	12043	83	0	73	0	0	logfile
✘	6WXV	21964	2021-06-02	2020-05-12	3.3	3.75	—	3.7	0.007	0.88	2.0	0.05	13.16	0.01	1.217	9.50	0.47	5.5	94.4	0.2	-4.42	0.71	0.77	2.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10605	1319	5	0	15	0	0	logfile
✘	7JPW	22425	2021-06-02	2020-08-10	3.2	3.29	—	3.2	0.015	1.05	0.0	0.06	18.74	0.01	1.173	15.68	11.04	9.6	90.3	0.1	-4.54	0.69	0.85	2.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18583	2257	4	0	12	0	0	logfile

• Page 1 of 253
• next →