Table showing results for July 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6UUW	20902	2023-07-15	2019-11-01	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32438	4136	12	0	14	27	0	logfile
✘	6MHZ	9124	2023-07-04	2018-09-18	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7112	908	6	0	2	0	0	logfile
✘	6RKV	4912	2023-07-07	2019-04-30	4.6	4.86	—	4.5	0.002	0.53	0.0	0.04	12.80	0.00	2.207	7.23	0.00	5.3	94.7	0.0	-1.73	0.87	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15460	1784	8	64	0	0	0	logfile
✘	7EDX	31075	2023-07-14	2021-03-17	4.5	4.87	—	4.1	0.008	1.09	34.0	0.07	16.62	0.01	1.497	20.97	3.31	6.1	93.4	0.5	-3.70	0.67	0.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	81790	9837	46	154	10	0	0	logfile
✘	7QDS	13925	2023-07-07	2021-11-30	3.8	3.53	3.57	3.7	0.005	0.86	1.0	0.05	14.59	0.01	2.067	14.28	0.00	5.7	94.3	0.0	-0.33	0.80	0.82	1.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13798	1771	4	0	0	0	0	logfile
✘	6Jo6	9854	2023-07-19	2019-03-20	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	45099	3899	36	0	285	0	0	logfile
✘	7WLM	32588	2023-07-04	2022-01-13	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7308	603	9	0	51	54	0	logfile
✘	6R94	4768	2023-07-10	2019-04-02	3.5	2.44	—	3.6	0.012	1.01	1.0	0.07	26.38	0.01	2.114	1.78	0.00	3.0	96.6	0.4	0.29	0.74	0.70	2.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22367	803	10	290	0	0	9995	logfile
✘	7RL5	24516	2023-07-11	2021-07-23	3.8	3.61	—	3.8	0.013	2.04	24.0	0.11	16.71	0.02	0.524	3.05	2.05	3.3	96.3	0.4	-1.86	0.40	0.52	2.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	106032	6708	24	0	24	0	52716	logfile
✘	6ZDG	11173	2023-07-13	2020-06-14	4.7	4.97	—	4.8	0.004	0.50	0.0	0.04	8.99	0.00	1.891	7.24	2.41	3.9	96.1	0.0	0.05	0.71	0.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28548	1884	12	0	3	0	13995	logfile
✘	6RW6	10033	2023-07-17	2019-06-04	2.75	2.81	—	2.7	0.011	0.96	0.0	0.06	9.75	0.01	2.148	4.16	0.00	2.2	97.8	0.0	-3.68	0.85	0.87	4.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	98645	12425	5	0	0	0	0	logfile
✘	7E8C	31014	2023-07-18	2021-03-01	3.16	2.56	3.11	2.5	0.006	0.98	3.0	0.06	16.36	0.01	1.508	13.70	9.23	7.7	92.0	0.3	-1.93	0.71	0.70	2.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40225	5218	21	0	0	0	0	logfile
✘	6SGA	10177	2023-07-15	2019-08-03	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	137038	15423	77	463	790	0	0	logfile
✘	5YKG	6833	2023-07-20	2017-10-14	4.57	4.68	4.39	4.4	0.005	0.71	4.0	0.04	13.41	0.01	2.245	13.33	7.90	4.2	95.6	0.1	-2.42	0.73	0.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	50868	6536	16	0	12	0	0	logfile
✘	7DZ8	30926	2023-07-10	2021-01-23	3.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	69460	5986	55	0	471	0	0	logfile
✘	6PoD	20412	2023-07-03	2019-07-03	4.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53637	3427	20	0	25	0	26898	logfile
✘	6G53	4351	2023-07-20	2018-03-28	4.5	4.86	—	4.3	0.007	1.44	21.0	0.10	21.32	0.00	1.260	2.52	0.00	7.1	92.2	0.7	-2.88	0.67	0.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	49052	5912	37	1659	0	0	0	logfile
✘	8EFB	28077	2023-07-05	2022-09-08	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8947	1136	6	0	1	0	0	logfile
✘	7XT8	33442	2023-07-08	2022-05-16	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16812	1055	5	0	8	0	8287	logfile
✘	5GJV	9513	2023-07-10	2016-07-02	3.6	3.69	—	3.7	0.013	1.62	32.0	0.08	14.85	0.01	1.695	18.01	4.57	11.6	86.4	2.0	-5.08	0.54	0.79	2.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21904	2661	14	0	43	0	0	logfile

• ← previous
• Page 4 of 500
• next →