Table showing results for July 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7D74	30601	2023-07-16	2020-10-02	3.1	2.42	—	3.0	0.009	1.38	1.0	0.08	19.73	0.01	1.922	10.36	8.87	4.8	94.8	0.4	-2.46	0.51	0.65	2.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35353	4503	24	0	12	0	0	logfile
✘	8E97	27958	2023-07-10	2022-08-26	4.19	3.55	4.21	3.4	0.007	1.06	6.0	0.07	13.30	0.01	1.822	12.52	1.35	13.4	85.9	0.7	-5.58	0.60	0.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20374	3074	10	0	15	0	0	logfile
✘	6WXV	21964	2023-07-05	2020-05-12	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10605	1319	5	0	15	0	0	logfile
✘	7W9T	32372	2023-07-07	2021-12-10	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14841	1709	8	0	39	0	0	logfile
✘	6NQ0	0477	2023-07-05	2019-01-18	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10140	1242	4	0	2	0	0	logfile
✘	6oS9	20180	2023-07-06	2019-05-01	3.0	3.41	—	3.4	0.010	1.08	0.0	0.06	10.14	0.01	2.240	5.39	0.21	4.9	95.1	0.0	-2.70	0.67	0.82	3.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8969	1152	6	0	0	0	0	logfile
✘	7W9P	32371	2023-07-07	2021-12-10	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14817	1705	8	0	40	0	0	logfile
✘	7RAV	24387	2023-07-04	2021-07-02	3.3	2.69	3.21	2.4	0.004	0.93	0.0	0.05	15.84	0.01	2.224	16.68	1.17	16.7	82.9	0.4	-3.36	0.72	0.71	2.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6215	773	1	0	1	0	0	logfile
✘	7Eo4	31226	2023-07-04	2021-04-21	2.86	2.93	—	2.9	0.019	1.00	0.0	0.17	14.00	0.01	2.220	2.30	0.00	7.2	92.8	0.0	-1.38	0.60	0.71	2.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8302	1059	6	0	1	0	0	logfile
✘	6iRS	9721	2023-07-04	2018-11-14	3.3	3.44	—	3.4	0.011	1.36	0.0	0.07	12.69	0.01	2.150	13.11	3.66	8.8	90.3	0.9	-5.69	0.62	0.77	2.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7337	926	7	0	10	0	0	logfile
✘	6CNF	7533	2023-07-19	2018-03-08	4.5	4.70	—	4.4	0.006	1.16	9.0	0.06	13.86	0.01	1.905	40.19	0.74	17.9	80.5	1.6	-5.23	0.74	0.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	47675	5695	27	104	69	0	0	logfile
✘	7DX4	30895	2023-07-05	2021-01-18	3.6	3.96	—	3.8	0.007	1.00	0.0	0.06	9.71	0.01	0.766	7.28	0.23	6.0	93.7	0.3	-4.20	0.71	0.79	3.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8234	1027	6	0	5	0	0	logfile
✘	6WPW	21866	2023-07-05	2020-04-28	3.1	3.57	—	3.5	0.007	0.95	0.0	0.06	10.18	0.01	1.735	6.24	0.00	5.9	94.1	0.0	-4.62	0.57	0.80	4.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9262	1176	6	0	0	0	0	logfile
✘	7VoY	32062	2023-07-10	2021-10-15	4.2	3.14	—	3.1	0.009	0.97	0.0	0.10	14.41	0.01	2.056	16.17	1.25	4.6	95.4	0.0	0.99	0.45	0.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22119	2479	71	0	44	0	0	logfile
✘	7K9X	22755	2023-07-05	2020-09-29	3.8	3.44	—	3.7	0.008	0.96	0.0	0.05	15.20	0.01	2.254	6.36	6.12	3.8	96.2	0.0	-1.99	0.79	0.81	0.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10472	1372	4	0	0	0	0	logfile
✘	7AR8	11876	2023-07-05	2020-10-23	3.53	3.65	3.41	3.6	0.004	0.73	0.0	0.07	14.85	0.00	2.002	12.79	0.03	7.3	92.7	0.0	-0.59	0.78	0.83	2.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	61461	7676	64	0	55	0	0	logfile
✘	7WYB	32890	2023-07-04	2022-02-15	2.97	2.33	—	2.1	0.005	0.80	0.0	0.05	12.35	0.00	2.176	5.06	0.00	7.0	93.0	0.0	-1.33	0.66	0.61	1.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8757	1115	5	0	0	0	0	logfile
✘	7QHM	13976	2023-07-17	2021-12-13	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	94633	5886	67	0	88	416	45103	logfile
✘	7KDV	22830	2023-07-20	2020-10-09	4.59	8.08	5.28	6.0	0.005	0.85	0.0	0.05	12.44	0.01	2.109	12.96	0.98	5.4	94.2	0.4	-1.39	0.88	0.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	51696	6312	42	0	72	0	0	logfile
✘	7T92	25750	2023-07-10	2021-12-17	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18777	1159	8	0	25	0	9156	logfile

• ← previous
• Page 6 of 500
• next →