Table showing results for December 2022

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✔	7A1D	11606	2022-12-18	2020-08-12	4.19	4.02	4.19	4.1	0.006	1.04	0.0	0.06	10.62	0.01	2.253	7.83	0.35	8.4	91.6	0.0	-4.40	0.83	0.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	33032	4252	4	0	0	0	0	logfile
✘	7D74	30601	2022-12-19	2020-10-02	3.1	2.42	—	3.0	0.009	1.38	1.0	0.08	19.73	0.01	1.922	10.36	8.87	4.8	94.8	0.4	-2.46	0.51	0.65	2.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35353	4503	24	0	12	0	0	logfile
✘	7LiW	23387	2022-12-18	2021-01-28	2.85	3.25	—	3.2	0.009	1.04	2.0	0.06	13.70	0.01	1.182	5.06	0.71	3.3	96.7	0.0	-3.80	0.74	0.87	4.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14598	1871	5	0	3	0	0	logfile
✘	7M4P	23663	2022-12-22	2021-03-22	2.86	2.57	—	2.7	0.011	1.14	5.0	0.07	14.52	0.01	1.213	5.92	1.93	2.9	97.1	0.0	0.36	0.54	0.72	3.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	48616	3142	6	0	9	0	24343	logfile
✔	7BK0	12195	2022-12-19	2021-01-14	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	57536	7411	34	0	0	0	0	logfile
✘	7E0H	30932	2022-12-18	2021-01-28	3.75	3.80	—	3.7	0.007	1.54	0.0	0.08	17.97	0.02	1.210	11.26	0.00	9.0	91.0	0.0	-3.64	0.68	0.76	1.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8017	661	6	0	57	0	0	logfile
✘	7AKJ	11813	2022-12-18	2020-10-01	3.8	3.63	—	3.6	0.005	0.83	0.0	0.07	13.19	0.01	2.143	6.11	0.09	2.9	97.1	0.0	-1.03	0.79	0.79	2.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31812	3930	30	0	96	0	0	logfile
✘	6ZY5	11550	2022-12-18	2020-07-30	3.6	3.95	3.56	4.1	0.011	1.17	0.0	0.09	13.75	0.01	2.219	6.20	0.15	1.8	98.2	0.0	-0.64	0.73	0.74	0.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13504	1520	8	60	2	0	0	logfile
✘	7CH7	30370	2022-12-18	2020-07-05	3.9	4.00	—	3.9	0.007	0.94	0.0	0.05	16.39	0.01	2.096	26.29	18.11	13.6	86.4	0.0	-4.81	0.69	0.81	1.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9198	1214	6	0	0	0	0	logfile
✘	7D72	30599	2022-12-19	2020-10-02	3.4	3.58	—	3.5	0.009	1.23	4.0	0.07	17.20	0.01	1.640	10.30	8.56	4.9	94.8	0.2	-2.44	0.74	0.83	2.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35458	4505	27	0	15	6	0	logfile
✘	7D5i	30582	2022-12-18	2020-09-26	2.79	2.96	—	3.0	0.005	0.71	0.0	0.04	13.37	0.00	1.220	6.64	0.00	8.3	91.7	0.0	-1.65	0.65	0.88	3.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6232	793	3	0	3	0	0	logfile
✔	7BiN	12192	2022-12-19	2021-01-12	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	81721	10887	56	0	0	0	0	logfile
✘	7D73	30600	2022-12-19	2020-10-02	3.0	2.48	—	2.7	0.011	1.23	7.0	0.07	19.92	0.01	1.302	10.11	10.36	6.3	93.4	0.3	-3.01	0.55	0.71	2.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35292	4495	24	0	12	0	0	logfile
✘	7CX2	30489	2022-12-18	2020-09-01	2.8	3.21	—	3.1	0.004	0.71	0.0	0.05	13.59	0.01	1.994	8.73	0.12	3.7	96.3	0.0	-2.13	0.69	0.82	3.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7930	1020	6	0	1	1	0	logfile
✘	7BL2	12215	2022-12-19	2021-01-18	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7MJK	23876	2022-12-19	2021-04-20	2.73	3.61	—	2.9	0.004	0.77	0.0	0.05	12.93	0.01	2.307	3.00	0.00	3.0	97.0	0.0	-0.85	0.86	0.82	2.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	34878	4389	30	0	60	0	0	logfile
✔	7M2W	23635	2022-12-20	2021-03-17	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39366	4827	16	0	4	0	0	logfile
✘	7M4V	23667	2022-12-19	2021-03-22	2.54	2.36	—	2.4	0.002	0.51	0.0	0.03	14.92	0.00	1.183	2.96	0.00	2.3	97.6	0.2	0.82	0.71	0.79	4.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	86404	3128	48	2847	162	802	0	logfile
✘	7E0i	30933	2022-12-18	2021-01-28	3.53	3.56	—	3.5	0.007	1.66	0.0	0.09	17.73	0.02	1.214	10.58	0.78	7.3	92.7	0.0	-4.03	0.57	0.73	2.10	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8033	677	6	0	58	0	0	logfile
✔	7LRE	23496	2022-12-18	2021-02-16	2.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8144	1004	4	0	2	0	0	logfile

• Page 1 of 443
• next →