Table showing results for August 2021

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6oPC	20149	2021-08-10	2019-04-24	3.7	4.08	—	3.7	0.010	1.05	4.0	0.06	14.10	0.02	1.515	5.04	0.09	8.2	91.1	0.7	-4.20	0.79	0.71	1.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30015	4455	13	0	48	0	0	logfile
✔	3J0G	5275	2021-08-08	2011-07-21	4.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	108000	14160	240	0	0	0	0	logfile
✘	3J5Q	5776	2021-08-08	2013-10-28	3.8	4.64	—	7.1	0.010	1.45	0.0	0.09	20.92	0.01	0.275	102.90	29.72	6.4	93.1	0.5	-0.53	0.58	0.44	-0.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18264	2324	8	0	168	0	0	logfile
✘	6oF4	20042	2021-08-08	2019-03-28	3.2	2.71	—	3.6	0.010	1.19	0.0	0.06	15.12	0.01	2.091	11.17	2.54	19.6	76.8	3.5	-4.99	0.79	0.82	1.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10998	1422	4	0	0	0	0	logfile
✘	6DQV	7984	2021-08-12	2018-06-11	3.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	140358	8752	8	0	8	0	70218	logfile
✘	4V8Y	2421	2021-08-20	2013-07-20	4.3	4.35	—	4.3	0.026	1.73	246.0	0.10	19.96	0.02	0.030	35.19	23.07	10.6	82.9	6.5	-4.49	0.62	0.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	221288	12072	110	5354	711	0	7033	logfile
✘	6NWA	0524	2021-08-11	2019-02-06	3.48	3.70	—	3.6	0.005	0.89	0.0	0.05	19.31	0.01	1.223	8.17	0.28	4.1	95.9	0.0	-4.64	0.75	0.82	2.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	137509	12666	96	0	771	0	0	logfile
✘	5oJQ	3566	2021-08-09	2017-07-22	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-5.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	113346	14364	54	0	0	0	0	logfile
✘	5H1R	9571	2021-08-11	2016-10-11	3.6	4.23	—	4.2	0.014	1.36	0.0	0.07	13.16	0.01	1.968	29.64	0.94	12.9	85.7	1.4	-6.24	0.54	0.74	1.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	47440	5760	16	0	0	0	0	logfile
✘	5XJY	6724	2021-08-08	2017-05-04	4.1	4.17	—	4.1	0.010	1.29	0.0	0.07	12.18	0.01	2.200	9.20	1.27	14.1	85.8	0.2	-6.01	0.64	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12785	1901	1	0	12	0	0	logfile
✘	6FBS	4225	2021-08-08	2017-12-19	3.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-4.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13421	1665	5	8	3	0	0	logfile
✘	6GYo	0094	2021-08-08	2018-06-30	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17540	2004	8	0	48	0	0	logfile
✘	5GUP	9539	2021-08-08	2016-08-30	4.0	4.09	—	3.9	0.013	1.65	11.0	0.15	11.76	0.01	1.023	25.20	1.78	6.9	90.4	2.6	-2.02	0.70	0.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	109982	13895	107	0	77	0	0	logfile
✘	6DQN	7981	2021-08-12	2018-06-11	3.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	138876	8744	8	0	8	0	69396	logfile
✘	6FE8	4241	2021-08-08	2017-12-30	3.7	3.80	3.71	3.8	0.004	0.90	0.0	0.05	10.19	0.01	2.283	4.13	0.45	5.5	94.4	0.1	-3.46	0.72	0.78	2.51	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12479	1547	4	0	0	0	0	logfile
✘	5TR1	8454	2021-08-08	2016-10-25	3.95	2.78	—	3.8	0.016	1.80	44.0	0.18	13.33	0.01	2.107	5.25	2.23	4.6	95.2	0.2	-0.26	0.65	0.69	1.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12678	1648	8	0	2	0	0	logfile
✘	6RKD	4907	2021-08-09	2019-04-30	3.2	3.12	3.18	3.1	0.010	1.18	0.0	0.07	9.16	0.01	0.176	14.15	0.24	3.1	96.9	0.0	-3.60	0.69	0.82	4.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25290	3234	24	0	90	0	0	logfile
✘	6o1N	0593	2021-08-09	2019-02-21	2.9	3.21	—	3.8	0.011	1.37	12.0	0.07	11.02	0.01	1.856	9.06	1.51	6.4	93.1	0.5	-6.01	0.60	0.73	2.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19608	2448	4	0	0	0	0	logfile
✘	5LZC	4123	2021-08-17	2016-09-29	4.8	5.11	5.27	4.8	0.009	1.21	10.0	0.08	12.67	0.02	1.994	5.26	0.11	5.7	92.4	1.8	-1.87	0.82	0.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	152981	6432	64	4785	5	2	0	logfile
✘	6KiW	0693	2021-08-10	2019-07-20	4.0	4.12	—	4.0	0.006	0.89	0.0	0.05	22.54	0.01	2.182	4.29	0.00	9.1	90.9	0.0	-3.96	0.70	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20225	1809	16	289	1	0	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 276
• next →