Table showing results for November 2022

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6YV1	10940	2022-11-29	2020-04-27	3.4	4.09	3.01	3.7	0.002	0.58	0.0	0.04	12.66	0.00	2.272	8.02	1.85	1.0	99.0	0.0	-4.45	0.52	0.76	1.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2496	328	1	0	0	0	0	logfile
✔	7K1V	22630	2022-11-29	2020-09-08	4.6	4.95	—	4.8	0.008	1.12	0.0	0.06	15.77	0.01	2.159	13.77	0.40	11.0	89.0	0.0	-4.04	0.71	0.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4971	626	1	0	0	0	0	logfile
✔	6BNP	7116	2022-11-29	2017-11-17	4.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	56792	7160	22	0	16	0	0	logfile
✘	6XPE	22286	2022-11-29	2020-07-08	4.1	4.23	—	4.2	0.006	0.82	0.0	0.04	14.30	0.00	1.492	20.11	2.08	10.6	88.1	1.3	-5.36	0.60	0.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4292	554	4	0	8	0	0	logfile
✔	6F1V	4170	2022-11-29	2017-11-23	3.4	4.10	—	3.7	0.014	1.86	0.0	0.09	11.72	0.01	2.246	13.29	0.18	11.1	88.7	0.2	-3.46	0.46	0.69	0.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5164	628	2	0	0	0	0	logfile
✔	6LNi	0931	2022-11-29	2019-12-30	2.702	2.94	—	2.9	0.004	0.55	0.0	0.04	14.81	0.00	2.200	10.98	0.00	12.6	87.4	0.0	-6.05	0.48	0.82	5.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4920	600	10	0	0	0	0	logfile
✔	6VU8	21388	2022-11-29	2020-02-14	4.14	4.31	4.17	4.2	0.006	1.05	0.0	0.05	16.21	0.01	2.262	7.78	0.00	9.9	90.1	0.0	-4.91	0.72	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5249	669	2	0	0	0	0	logfile
✔	5WQ8	6676	2022-11-29	2016-11-23	3.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	56460	7440	15	0	0	0	0	logfile
✘	6VU5	21387	2022-11-29	2020-02-14	3.5	3.59	3.38	3.5	0.007	0.99	0.0	0.06	15.26	0.01	2.230	8.48	0.00	9.0	91.0	0.0	-4.94	0.72	0.75	1.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4657	576	2	0	27	0	0	logfile
✔	7M05	23609	2022-11-29	2021-03-10	2.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	57228	3636	12	0	4	0	28264	logfile
✔	7BP3	30143	2022-11-29	2020-03-21	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6080	788	2	0	0	0	0	logfile
✘	7CKR	30391	2022-11-29	2020-07-18	3.0	3.32	—	3.4	0.009	1.22	9.0	0.09	17.22	0.01	1.896	18.48	11.04	8.0	91.9	0.2	-2.89	0.45	0.60	2.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4094	597	3	0	1	0	0	logfile
✘	6V4D	21040	2022-11-29	2019-11-27	3.8	4.13	—	4.1	0.007	0.90	0.0	0.06	13.63	0.01	1.752	21.75	1.35	7.0	93.0	0.0	-3.84	0.49	0.80	2.10	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3095	422	1	0	0	0	0	logfile
✔	6PCR	20305	2022-11-29	2019-06-18	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72166	967	8	3015	1	0	0	logfile
✔	7KKL	22910	2022-11-29	2020-10-27	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53325	3360	27	0	63	0	26301	logfile
✔	6W4S	21539	2022-11-29	2020-03-11	3.2	3.63	—	3.6	0.004	0.57	0.0	0.04	14.38	0.00	2.176	8.30	4.45	5.6	94.4	0.0	-1.13	0.61	0.85	2.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4986	650	3	0	0	0	0	logfile
✔	6PZT	20537	2022-11-29	2019-08-01	3.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6062	932	2	0	0	0	0	logfile
✔	6Xi8	22191	2022-11-29	2020-06-19	3.64	2.63	3.78	2.0	0.010	1.69	4.0	0.11	15.14	0.01	1.333	6.79	0.77	9.0	91.0	0.0	-4.62	0.66	0.54	0.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5022	636	4	0	2	0	0	logfile
✔	7CXR	30495	2022-11-29	2020-09-02	3.4	3.32	3.43	3.7	0.007	0.87	1.0	0.06	16.56	0.00	2.199	12.99	3.39	6.6	93.1	0.3	-2.27	0.52	0.54	1.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5168	614	2	0	0	0	0	logfile
✔	7P5M	13201	2022-11-29	2021-07-14	3.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6204	788	8	0	12	0	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 23
• next →