Table showing results for November 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7DCC	30635	2023-11-21	2020-10-24	4.3	4.77	—	4.1	0.002	0.48	0.0	0.04	7.38	0.00	2.279	3.10	1.39	2.3	97.7	0.0	-4.06	0.73	0.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35019	4485	9	0	0	0	0	logfile
✘	7MDY	23784	2023-11-17	2021-04-06	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19595	1263	6	0	4	0	9862	logfile
✘	7X6Q	33025	2023-11-15	2022-03-08	4.5	4.41	4.61	4.3	0.009	0.73	0.0	0.06	9.96	0.00	2.197	0.93	0.01	3.2	96.7	0.2	-0.87	0.78	0.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64472	8440	16	0	0	0	0	logfile
✘	7W2Z	32268	2023-11-14	2021-11-24	2.8	3.01	—	3.0	0.009	1.13	1.0	0.06	14.53	0.01	2.078	8.01	0.82	3.6	96.3	0.1	-4.01	0.60	0.80	4.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9080	1154	7	0	3	0	0	logfile
✘	6Z0U	11023	2023-11-20	2020-05-11	2.9	2.99	—	2.9	0.007	0.73	0.0	0.05	13.19	0.01	2.040	10.02	0.52	6.5	93.5	0.0	-3.59	0.78	0.89	4.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	87288	10896	72	0	24	1392	0	logfile
✘	7W01	32233	2023-11-15	2021-11-17	3.3	3.43	—	3.4	0.011	1.11	1.0	0.06	15.95	0.01	1.717	9.85	0.60	13.3	85.9	0.8	-4.55	0.68	0.86	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12724	1598	1	0	7	0	0	logfile
✘	6Mi8	9126	2023-11-14	2018-09-19	4.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7139	911	6	0	2	0	0	logfile
✘	7VGS	31978	2023-11-16	2021-09-18	2.8	3.28	—	3.3	0.002	0.66	0.0	0.04	12.19	0.01	2.230	9.89	0.38	7.0	93.0	0.0	-1.16	0.67	0.75	2.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9700	1254	6	0	0	0	0	logfile
✘	7XTC	33446	2023-11-16	2022-05-16	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16301	1038	5	0	2	0	8097	logfile
✘	7XJZ	33238	2023-11-14	2022-04-19	3.9	4.23	3.91	4.0	0.004	0.59	0.0	0.04	12.64	0.00	2.218	6.48	3.13	4.2	95.8	0.0	-1.22	0.83	0.84	1.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9276	983	2	72	1	0	0	logfile
✘	7N4E	24148	2023-11-20	2021-06-04	3.8	3.85	—	3.8	0.004	0.72	0.0	0.04	17.45	0.01	1.705	13.32	3.45	4.3	95.7	0.0	-0.65	0.78	0.77	1.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29822	3559	10	89	3	0	0	logfile
✘	7N62	24192	2023-11-13	2021-06-07	4.0	3.42	—	3.9	0.006	0.82	0.0	0.05	13.98	0.01	2.203	21.20	0.00	14.9	85.1	0.0	-2.74	0.73	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5613	712	4	0	5	0	0	logfile
✘	8A1U	15089	2023-11-20	2022-06-02	2.86	2.69	2.74	2.8	0.004	0.56	0.0	0.04	15.92	0.00	2.034	3.69	0.71	1.7	98.3	0.0	1.90	0.57	0.72	2.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29956	1898	17	0	17	187	14698	logfile
✘	6WCZ	21618	2023-11-14	2020-03-31	4.0	4.24	—	4.0	0.009	1.22	0.0	0.06	12.53	0.01	2.085	14.60	2.55	12.9	87.1	0.0	-4.79	0.82	0.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9894	1231	2	0	2	0	0	logfile
✘	7XT8	33442	2023-11-16	2022-05-16	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16812	1055	5	0	8	0	8287	logfile
✘	6A69	6987	2023-11-14	2018-06-27	4.11	4.21	—	4.1	0.011	1.48	0.0	0.07	11.86	0.01	2.275	7.51	1.81	13.5	86.4	0.1	-4.69	0.61	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7851	1038	2	0	1	0	0	logfile
✘	7Ji3	22343	2023-11-13	2020-07-22	3.46	4.28	—	4.0	0.005	0.79	0.0	0.05	13.46	0.01	2.365	6.77	0.00	3.6	96.4	0.0	-5.13	0.64	0.72	2.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6000	777	3	0	0	0	0	logfile
✘	6ACH	9592	2023-11-18	2018-07-26	3.2	3.31	—	3.3	0.016	1.36	0.0	0.07	10.69	0.01	2.261	2.79	1.03	7.2	92.8	0.0	-3.92	0.74	0.81	4.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23240	2912	16	0	8	0	0	logfile
✘	7B5P	12043	2023-11-18	2020-12-05	3.2	3.34	—	3.3	0.009	1.00	1.0	0.06	13.44	0.00	1.894	24.69	1.78	8.9	89.6	1.4	-2.84	0.70	0.83	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22527	3013	3	0	0	0	0	logfile
✘	8EAH	27976	2023-11-20	2022-08-29	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28500	3534	18	11	16	15	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 528
• next →