cryo-EM Re-Refine

Table showing results for April 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6oUA	20200	2023-04-20	2019-05-04	4.18	4.32	—	4.3	0.008	1.37	1.0	0.07	13.97	0.01	2.294	7.03	2.35	17.4	82.3	0.3	-5.89	0.72	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5208	637	3	0	0	0	0	logfile
✘	7MKE	23893	2023-04-29	2021-04-23	3.7	4.27	3.78	4.0	0.009	0.86	0.0	0.05	17.32	0.01	2.077	8.96	7.42	8.8	91.1	0.1	-2.11	0.88	0.86	1.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30641	3675	11	81	7	0	0	logfile
✘	7Y4S	33606	2023-04-20	2022-06-16	3.5	3.72	3.47	3.8	0.004	0.74	0.0	0.04	12.74	0.01	2.373	5.20	0.46	2.9	97.1	0.0	1.47	0.69	0.77	3.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4940	686	2	0	0	0	0	logfile
✘	4CE4	2490	2023-04-23	2013-11-08	4.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	65473	3572	40	1437	984	0	0	logfile
✘	6LHU	0899	2023-04-26	2019-12-10	3.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23169	1518	2	0	0	0	11483	logfile
✘	8EFQ	28088	2023-04-20	2022-09-08	3.3	3.58	3.24	3.6	0.004	0.81	0.0	0.05	8.64	0.01	2.298	3.12	0.00	1.4	98.6	0.0	-1.52	0.60	0.72	1.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7046	892	6	0	2	0	0	logfile
✘	7N0L	24108	2023-04-20	2021-05-25	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5270	626	4	0	2	0	0	logfile
✘	7Y6i	33641	2023-04-20	2022-06-20	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8176	938	8	0	37	6	0	logfile
✘	6WB0	21583	2023-04-20	2020-03-26	4.2	4.26	—	4.2	0.002	0.51	0.0	0.04	11.69	0.00	2.131	11.89	0.81	4.1	95.9	0.0	-4.46	0.79	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8518	948	4	77	0	0	0	logfile
✘	7DoK	30795	2023-04-22	2020-12-14	2.73	2.84	—	2.9	0.009	1.01	0.0	0.07	13.35	0.01	1.695	5.72	0.60	2.4	97.6	0.0	-2.40	0.71	0.85	3.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11534	1323	8	44	9	2	0	logfile
✘	7XV3	33479	2023-04-20	2022-05-20	2.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8347	1044	6	0	1	2	0	logfile
✘	7YJ4	33871	2023-04-21	2022-07-19	3.19	3.39	3.21	3.4	0.004	0.67	0.0	0.05	14.73	0.01	2.175	9.63	1.55	5.5	94.4	0.1	-0.72	0.60	0.73	1.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8985	1154	7	0	0	0	0	logfile
✘	8DKU	27491	2023-04-22	2022-07-06	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10644	1300	5	0	3	0	0	logfile
✘	3JAF	6346	2023-04-23	2015-06-08	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13865	1710	15	0	15	0	0	logfile
✘	8D4T	27196	2023-04-28	2022-06-02	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27974	1738	17	0	12	0	13710	logfile
✘	6LHS	0896	2023-04-26	2019-12-10	3.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22737	1456	2	0	0	0	11313	logfile
✘	6XEV	22154	2023-04-21	2020-06-14	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10545	1312	8	0	25	0	0	logfile
✘	7VNC	32038	2023-04-29	2021-10-10	3.7	3.77	—	3.7	0.009	0.77	0.0	0.05	14.16	0.00	2.149	9.92	0.00	6.4	93.6	0.0	-2.21	0.64	0.71	1.93	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26716	3325	22	0	51	0	0	logfile
✘	6VM2	21236	2023-04-23	2020-01-27	3.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15355	1815	15	0	20	0	0	logfile
✘	7SQ9	25380	2023-04-23	2021-11-04	2.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15810	1876	16	0	18	16	0	logfile