Table showing results for November 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8BC4	15962	2023-11-16	2022-10-14	2.7	2.11	2.15	2.5	0.015	2.14	1.0	0.11	19.24	0.02	2.310	4.45	10.79	4.1	95.8	0.0	-4.88	0.59	0.76	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16440	2167	29	0	9	270	0	logfile
✘	6WNQ	21854	2023-11-22	2020-04-23	3.4	3.73	—	3.5	0.012	1.16	2.0	0.06	14.48	0.01	1.781	3.91	2.16	3.0	97.0	0.0	-1.62	0.76	0.85	2.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37024	4857	28	0	12	0	0	logfile
✘	8BE0	15996	2023-11-22	2022-10-20	2.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36361	2179	14	44	3	95	17924	logfile
✘	7PLo	13494	2023-11-20	2021-09-01	2.8	2.91	2.98	2.8	0.006	0.90	0.0	0.05	14.25	0.01	1.116	0.85	1.06	4.8	95.1	0.1	-0.63	0.76	0.76	2.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	78855	9754	35	55	16	0	0	logfile
✘	7ZK6	14756	2023-11-14	2022-04-12	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9310	1178	1	0	6	4	0	logfile
✘	7S6C	24868	2023-11-15	2021-09-13	3.1	3.69	—	3.3	0.005	0.74	0.0	0.04	14.16	0.01	2.068	4.24	0.00	4.0	96.0	0.0	-0.30	0.82	0.76	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	47369	3190	10	0	2	0	23420	logfile
✘	7D65	30589	2023-11-19	2020-09-29	2.94	3.09	—	3.2	0.008	0.94	0.0	0.05	16.96	0.01	2.328	1.94	0.14	4.3	95.7	0.0	-7.00	0.66	0.81	2.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26664	3168	22	0	55	0	0	logfile
✘	8E70	27932	2023-11-18	2022-08-23	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21097	2502	13	61	18	0	63	logfile
✘	6YP7	10865	2023-11-18	2020-04-15	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	71784	7002	77	0	325	0	0	logfile
✘	5Li0	4050	2023-11-21	2016-07-13	3.8	3.91	—	3.8	0.014	1.18	1.0	0.05	14.64	0.01	1.920	5.40	0.20	14.9	84.7	0.5	-5.64	0.75	0.79	1.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	140825	5396	58	4575	41	162	0	logfile
✘	7MBV	23748	2023-11-20	2021-04-01	2.8	3.34	—	3.0	0.003	0.59	0.0	0.04	12.63	0.01	2.280	6.88	0.00	2.3	97.7	0.0	1.48	0.77	0.82	3.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30804	3984	8	0	24	0	0	logfile
✘	6SWE	10324	2023-11-18	2019-09-20	3.1	3.79	3.08	3.3	0.012	0.98	0.0	0.05	16.06	0.02	1.948	7.44	1.17	12.0	88.0	0.0	-4.83	0.87	0.84	2.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22737	1523	21	486	9	18	0	logfile
✘	8CYD	27075	2023-11-20	2022-05-23	2.6	3.24	2.62	3.0	0.002	0.51	0.0	0.04	12.52	0.01	1.930	6.47	0.32	4.9	94.7	0.4	0.04	0.77	0.79	2.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28454	3663	6	0	0	0	0	logfile
✘	7MJM	23878	2023-11-21	2021-04-20	2.83	3.74	—	3.0	0.004	0.78	0.0	0.05	13.63	0.01	2.285	2.96	0.00	2.7	97.3	0.0	-0.95	0.83	0.79	2.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35096	4312	28	0	68	0	0	logfile
✘	7E9Q	31036	2023-11-21	2021-03-04	3.65	4.00	—	3.9	0.007	0.93	4.0	0.06	13.47	0.01	2.209	14.87	0.27	6.4	93.6	0.0	-2.42	0.68	0.73	1.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	33876	4338	12	0	27	0	0	logfile
✘	6SW9	10320	2023-11-17	2019-09-20	4.2	5.88	4.46	3.0	0.016	1.26	0.0	0.06	18.23	0.04	1.769	31.76	0.80	19.0	80.8	0.2	-5.60	0.85	0.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	70661	4508	47	1593	41	42	0	logfile
✘	8C0Z	16376	2023-11-16	2022-12-19	3.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15083	1972	10	0	17	0	0	logfile
✘	8CXN	27061	2023-11-14	2022-05-22	2.9	3.69	2.99	3.3	0.002	0.50	3.0	0.05	11.36	0.00	1.974	5.44	0.06	3.5	96.4	0.1	0.27	0.78	0.71	1.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	57131	3678	9	0	30	0	27987	logfile
✘	6oQT	20169	2023-11-22	2019-04-29	3.1	3.48	—	3.3	0.008	0.86	1.0	0.05	14.36	0.00	1.781	3.86	1.96	2.9	97.1	0.0	-2.11	0.78	0.88	3.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36971	4851	28	0	12	0	0	logfile
✘	6oQW	20172	2023-11-22	2019-04-29	3.1	3.49	—	3.3	0.005	0.82	5.0	0.05	14.42	0.00	1.924	4.66	1.75	3.3	96.6	0.1	-2.30	0.77	0.83	2.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36901	4847	28	0	12	0	0	logfile

• Page 1 of 528
• next →