Table showing results for April 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7AA5	11690	2023-04-25	2020-09-03	4.18	4.64	—	4.4	0.006	0.92	2.0	0.04	14.67	0.00	2.119	21.41	2.04	15.1	84.7	0.2	-4.78	0.69	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19705	2448	5	0	1	0	8	logfile
✘	7VDM	31923	2023-04-20	2021-09-07	2.98	2.90	—	3.0	0.008	1.29	0.0	0.07	13.54	0.01	2.261	4.17	0.22	4.5	95.5	0.0	-2.74	0.66	0.77	3.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8563	1096	7	0	1	0	0	logfile
✘	6ZZY	11589	2023-04-20	2020-08-05	3.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	54609	4594	44	0	379	0	0	logfile
✘	8EAL	27980	2023-04-28	2022-08-29	2.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28500	3534	18	11	16	15	0	logfile
✘	7Ji3	22343	2023-04-20	2020-07-22	3.46	4.28	—	4.0	0.005	0.79	0.0	0.05	13.46	0.01	2.365	6.77	0.00	3.6	96.4	0.0	-5.13	0.64	0.72	2.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6000	777	3	0	0	0	0	logfile
✘	7QEV	13942	2023-04-19	2021-12-03	2.9	3.46	—	3.1	0.009	0.86	0.0	0.05	13.68	0.00	2.164	5.92	0.00	4.3	95.7	0.0	-0.15	0.79	0.86	3.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3204	383	6	0	8	8	0	logfile
✘	8APJ	15572	2023-04-27	2022-08-09	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	126490	7873	60	0	36	0	62387	logfile
✘	7KHR	22880	2023-04-22	2020-10-21	3.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	61913	8212	44	0	36	0	0	logfile
✘	6LY5	30012	2023-04-29	2020-02-13	2.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	81344	6510	76	0	723	153	0	logfile
✘	6ZZX	11588	2023-04-21	2020-08-05	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	56369	4684	68	0	403	99	0	logfile
✘	6PC8	20299	2023-04-27	2019-06-16	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72169	967	8	3015	1	0	0	logfile
✘	6XP5	22284	2023-04-25	2020-07-08	4.2	4.73	—	4.3	0.004	0.90	0.0	0.05	14.32	0.00	2.131	14.90	0.27	15.9	83.2	0.9	-5.23	0.79	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21065	2707	15	0	221	0	0	logfile
✘	7ZQ9	14867	2023-04-21	2022-04-29	2.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	92130	4713	47	0	397	88	35670	logfile
✘	6RDZ	4836	2023-04-20	2019-04-12	3.5	3.36	—	3.4	0.009	0.96	1.0	0.06	14.94	0.01	1.846	6.04	0.43	5.4	94.4	0.2	-4.22	0.69	0.82	2.47	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53720	7099	37	0	11	0	0	logfile
✘	7Q3L	13793	2023-04-25	2021-10-28	2.21	2.93	2.31	2.6	0.008	1.50	26.0	0.12	15.22	0.01	1.876	2.99	2.50	3.2	96.8	0.0	-1.25	0.81	0.86	3.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20470	2440	16	41	4	180	0	logfile
✘	7UT6	26756	2023-04-24	2022-04-26	1.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16442	1998	12	0	8	415	0	logfile
✘	8APK	15573	2023-04-27	2022-08-09	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	126493	7873	61	0	36	0	62392	logfile
✘	7Pi0	13429	2023-04-28	2021-08-19	2.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	77465	7442	133	0	354	1724	0	logfile
✘	7VFF	31951	2023-04-22	2021-09-13	4.1	3.76	3.90	4.0	0.007	0.72	0.0	0.05	13.87	0.00	2.334	2.40	0.41	3.6	96.4	0.0	-0.82	0.79	0.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12579	1581	3	0	0	0	0	logfile
✘	7DXA	30902	2023-04-23	2021-01-18	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15162	1629	23	0	50	0	0	logfile

• ← previous
• Page 3 of 372
• next →