cryo-EM Re-Refine

Table showing results for February 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7SWP	25478	2023-02-17	2021-11-20	3.8	3.74	—	4.0	0.008	0.92	0.0	0.05	12.87	0.01	2.202	40.14	0.00	12.1	87.9	0.0	-2.17	0.51	0.71	1.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3372	436	3	0	0	0	0	logfile
✘	6TU7	10590	2023-02-24	2020-01-03	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	7W9P	32371	2023-02-21	2021-12-10	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14817	1705	8	0	40	0	0	logfile
✘	7NG8	12309	2023-02-23	2021-02-08	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20173	1341	4	0	0	0	9979	logfile
✘	7XEo	33157	2023-02-23	2022-03-31	2.89	3.27	3.13	3.3	0.003	0.70	4.0	0.05	12.94	0.00	2.214	13.56	0.74	4.3	94.7	1.0	0.03	0.75	0.82	2.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19980	2456	4	0	0	0	0	logfile
✘	7BKD	12210	2023-02-25	2021-01-15	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24799	3177	18	0	26	0	0	logfile
✘	6NQ0	0477	2023-02-19	2019-01-18	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10140	1242	4	0	2	0	0	logfile
✘	6XZR	10666	2023-02-25	2020-02-05	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6KLL	0711	2023-02-20	2019-07-30	3.0	3.78	—	3.3	0.007	0.78	0.0	0.05	15.55	0.00	1.944	7.72	7.64	5.4	94.6	0.0	-3.74	0.68	0.87	3.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11748	1488	8	0	8	0	0	logfile
✘	7XQi	33397	2023-02-19	2022-05-07	3.7	4.27	3.41	4.0	0.006	0.72	0.0	0.04	14.16	0.00	2.304	5.68	2.27	2.1	97.9	0.0	-2.27	0.76	0.86	3.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9582	1176	6	0	0	0	0	logfile
✘	6oZC	20224	2023-02-25	2019-05-15	3.79	4.35	—	4.2	0.022	1.83	0.0	0.11	10.38	0.01	2.303	1.05	0.00	3.1	96.2	0.7	0.38	0.79	0.82	2.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25821	3027	54	0	186	0	0	logfile
✘	6oPC	20149	2023-02-27	2019-04-24	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30015	4455	13	0	48	0	0	logfile
✘	3J5Q	5776	2023-02-22	2013-10-28	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18556	2448	8	0	44	0	292	logfile
✘	7YPQ	34011	2023-02-17	2022-08-04	3.1	3.22	2.15	3.2	0.005	0.63	0.0	0.05	17.29	0.00	2.261	7.93	0.00	2.2	97.8	0.0	-0.66	0.52	0.79	2.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2915	327	2	11	0	0	0	logfile
✘	7W9M	32370	2023-02-21	2021-12-10	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14219	1710	7	0	18	0	0	logfile
✘	6NQ2	0479	2023-02-19	2019-01-18	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10140	1242	4	0	2	0	0	logfile
✘	6C9A	7435	2023-02-20	2018-01-25	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12182	1446	6	0	8	0	0	logfile
✘	6SJE	10215	2023-02-24	2019-08-13	4.1	4.27	—	4.1	0.003	0.59	0.0	0.04	13.69	0.01	2.264	4.35	3.06	2.1	97.9	0.0	-3.60	0.82	0.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24115	2847	4	68	0	0	0	logfile
✘	7LX0	23563	2023-02-28	2021-03-02	2.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72462	6699	60	0	447	0	0	logfile
✘	7V69	31739	2023-02-19	2021-08-20	3.4	2.24	—	2.0	0.003	0.65	0.0	0.04	12.64	0.00	2.096	13.22	0.00	2.9	97.1	0.0	-2.02	0.68	0.64	2.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8539	1122	5	0	0	0	0	logfile